神農管理部落，不望其報，不貪天下之財，而天下共富之。智貴於人，天下共尊之。他以德以義，不賞而民勤，不罰而邪正，不忿爭而財足，無製令而民從，威厲而不殺，法省而不煩，人民無不敬戴。
神農晚年，因為人族無人懂得匡術，而族人深受病痛折磨，神農有感於此，前往了深山老林，去尋找草藥，勢要為人族解決病痛，嘗儘百草，受儘折磨，寫出了《神農百草經》，傳於人族，終於功成身退，功德圓滿，自此成就地皇果位，在火雲洞中隱修，和伏羲一同鎮壓人族氣運。
在姬水河畔有一部落叫有熊部落，部落酋長名叫少典，少典娶妻有蠕肛。氏附寶。
有一天晚上，附寶見一道電光環繞著北鬥樞星。隨即，那顆樞星就掉落了下來，附寶由此感應而孕。懷胎二十四個月後，生下一個兒子，這孩子一生下來，就顯得異常的神靈。生下沒多久，便能說話。
到了十五歲，已經無所不通了。後來他繼承了有熊國君的王位。因為部落居於姬水，於是改姓為姬，正是日後的人皇軒轅。
軒轅和前兩位人皇不同，乃是秉持殺伐之氣人生，善於兵法，能征善戰，被闡教的廣成子收為弟子。
廣成子自然不敢怠慢，人皇之師，何等最貴，自然是儘心儘力，為軒轅分憂解難，並且傳授了玉清仙法。
此時恰逢九黎一族作亂，九黎一族乃巫人混居後裔，身有巫族血脈。其中有一人名蚩尤，證得了大巫真身，神通廣大，又有著八十一個兄弟部落，各個部落有鎮族銅人一具，九九八十一具銅人刀槍不入，不懼水火，打得炎帝部落節節敗退，無奈之下，炎帝部落向軒轅部落求援，自此掀開人皇之爭。
軒轅終究抵擋不住蚩尤神威，連戰連敗，百折不撓，最後唯有向老師廣成子求助，一時間闡教弟子紛紛下山，助軒轅擊敗蚩尤，就連天庭都插手其中，派遣了九天玄女下凡，幫助軒轅證道人皇。
雖然說所有的師兄弟都下山助軒轅一臂之力，想要積累功德，黃龍真人卻是絲毫不理會，一心參悟大道，爭取早日證道混元大羅金仙之境，卻是被某些人看在了眼裡，心中起了排擠之心，所以黃龍真人在闡教之中人緣並不好，隻和玉鼎真人、雲中子寥寥幾人有些交情。
刀兵一起，自然天道有感，洪荒之中漸漸充斥了一股殺氣和煞氣，讓無數人紛紛緊閉洞府，默運元神，查看天機，不敢涉入其中。
最後，軒轅黃帝在逐鹿之戰中擊敗了蚩尤，將蚩尤擒獲，可惜的是蚩尤修成了金剛不死之身，無論是刀劍斧鉞，還是眾位闡教弟子的靈寶，皆不能將蚩尤斬殺，幸好有著玄都法師領了聖人之命，奉上了老子煉製的軒轅劍。
軒轅劍不愧是聖人煉製，是一把聖道之劍。由老子采首山之銅為黃帝所鑄，劍身一麵刻日月星辰，一麵刻山川草木。劍柄一麵書農耕畜養之術，一麵書四海一統之策。其內蘊藏無窮之力，為斬妖除魔的神劍，日後得了軒轅功德，成就了後天功德至寶。
軒轅黃帝成功將蚩尤大巫真身、金剛之身分成了五份，蚩尤仍然不死，身體雖然被分裂，仍然想往一處合並，眾人大吃一驚，紛紛對蚩尤的神通感到震驚，黃帝無奈之下，將蚩尤的屍身的五部分，分彆命人埋到了五極之地鎮壓，這才算是結束這場人皇之爭，自此人族將九黎一族納入了人族。