《鋼鐵俠3》剛開始的劇情發生在林天祥還很年輕的時候。
他在一個學術交流會議上認識了一名女植物學家李雅。
她發現了一種絕境病毒，這種病毒能夠通過改變植物基因讓其快速修複自身。
同時也有可能運用到人體身上，實現殘肢重生。
李雅想要找林天祥談論學術，而林天祥卻想和她探討一下人生。
因此還放了一個自己狂熱粉絲雷齊的鴿子，讓其獨自一人在天台吹了一晚上的冷風。
而後時間回到複仇者聯盟裡的紐約大戰後。
林天祥因為幾次麵對外星人的失利而患上了火力不足焦慮症。
一心一意的撲在改進鋼鐵裝甲上。
完全忽視了自己的女友兼公司管家的張維薇。
經過林天祥的研究，他成功將自己的鋼鐵裝甲升級到了ark42。
這套裝甲具有遠程操控和自行組裝的能力。
與此同時，林天祥所在的城市周圍還出現了一名叫林曼的恐怖分子。
到處殺害平民且製造恐怖襲擊。
並揚言要拿掉阿美莉卡總統的腦袋。
那個被林天祥放了鴿子的瘸腿男人雷齊也出現了。
這次他全身健全，一點也看不出殘疾的跡象。
他找到張維薇，向其展示了基因編輯技術。
想要和狂瀾集團合作開發，推廣市場，但被拒絕了。
林天祥的彆墅裡，張維薇向林天祥抱怨七夕都找不到人，還用ark42這麼一個機器人來糊弄自己。
林天祥則表示自己心裡很亂。
自從紐約大戰後他發現自己隻是一個躲在鋼鐵殼子裡的普通人。
沒有了鋼鐵裝甲，他不是複仇者聯盟裡任何一個人的對手。
黑寡婦娜塔莎都比自己強。
陷入了深深的自我懷疑。
雖然女友的安慰讓他暫時安心了不少，但在當晚就做噩夢召喚了ark42。
突然出現的鋼鐵戰甲嚇了張維薇一跳，她當場表示不想過這種擔驚受怕的生活。
不久後，林天祥的手下發現林曼的手下和一個人交易了特殊物品，不久後這個人就發生了爆炸。
手下也因此身受重傷。
林天祥立刻站出來指責林曼，說他是個懦夫，恐怖分子，他一定會將其繩之以法。
此時多年前的女植物學家找到了他，還沒等兩人開始討論，一個導彈就飛進了林天祥的彆墅。
林天祥連忙控製ark42組裝在張維薇的身上保護她的安全。
他也被爆炸波及摔倒在地，同時他頭上的樓板因為爆炸即將掉落。
在千鈞一發之際，張維薇操作著ark42來到了林天祥的上方幫助他擋住了樓板。
“這次換我來保護你了。”
這一幕讓觀眾直呼太帥了。
但危機還在繼續，林天祥讓張維薇帶著李雅先行離開。
在兩人來到安全區域後，ark42從張維薇身上解體，飛到林天祥的身上。
雖然林天祥擊落了一架飛機，但由於ark42處於測試階段，還沒有加載戰鬥模塊。
最後他被自己的彆墅廢墟埋葬在海底，好在還有飛行功能，逃了出來。
林天祥準備去以前查到的林曼老巢，但在中途ark42卻沒電了，他隻能拖著它來到了一處小鎮。
暫時在一處廢棄的倉庫裡安身。
期間結識了一名小男孩，在小孩的幫助下他獲得了一個鎧甲勇士的兒童手表，一個充電的地方以及一個老舊筆記本電腦。
他終於可以修理ark42以及向其充電。