扶蘇回宮之後，仔細想了想屠戶說的話，他知道自己的政策肯定是有缺點的，但是他沒有想到缺點這麼快就來了，所以扶蘇回到了清心殿之後，立刻寫了一封旨意，這封旨意的內容主要就是如何實行科舉製度，科舉製度是中國曆史上在選官製度中最具有根本性的一次改革，這次改革改變了魏晉南北朝以來上品無寒門，下品無氏族的選官製度，雖然在之後的發展中，曆朝曆代還是由達官顯貴，名門望族，但是他們的特權相比之前要少了不少。
但是科舉製度在發展到一定程度的時候還是出現了弊端，明朝以後，尤其是明朝中後期和整個清朝時期，科舉考試城裡係統化的八股取士，這讓，明清兩朝的文人再也沒有了對新事物的探索和創新。扶蘇既然能夠在後世的眼光看科舉，那麼他希望憑借他和他所有大臣的努力，把科舉改進一番。
扶蘇在旨意中借鑒了明清的科舉考試方法和科舉考試流程，隻不過把有關八股的事情進行了剔除，隻保留四級考試製度，從童生試，鄉試，會試一直到殿試。，會試第一叫解元，殿試第一叫會元，殿試錄取分三甲。一甲三名，賜“進士及第”的稱號，第二名稱榜眼，第三名稱探花，合稱“三甲鼎”；二甲若乾名，二甲的第一名稱為“傳臚”，賜“進士出身”的稱號；三甲若乾名，三甲的第一名稱為“傳臚”賜“同進士出身”稱號。
考試的方法也與明清時期差不多，為了儘可能把科舉舞弊的事情的發生，為了有防止賄賂主考官的事情的出現，扶蘇用了武則天時期發明的糊名法，就是把考生的名字用一些東西糊住，不僅如此，扶蘇還製定了謄錄法，就是要有專人把考生寫的字謄寫下來，避免有考官能夠看出考生的筆跡。
為了避免有夾帶有與考試有關的答案或者書籍的人，所有的考生需要有一個專門寫試卷的地方，這個地方叫做貢院，考生之間用牆壁隔開，並且在考生進入貢院之前，都會被士兵搜身，防止有人夾帶不該有的東西。
還有就是不要讓人代考，這就容易多了，每個考生都會畫影圖形，供人辨識。而且還會在他們為官之後每隔一年就會對他們的真實性進行甄彆。
不同的是，隋朝時期發明的科舉製度，隻有儒家文化典籍作為考試唯一的標準，但是秦朝還處在百家爭鳴的時代，即便是秦始皇焚書坑儒，扶蘇提倡儒家的治世方法，但是其他的諸子百家還有不少人在學習，所以扶蘇並沒有限製考生的學派。
並且扶蘇在聖旨的最後讓刑部尚書狄仁傑製定關於科舉舞弊的刑罰。科舉的刑罰，扶蘇一改之前仁慈的風格，科舉舞弊的刑罰一定要嚴刑峻法，不留情麵。
扶蘇把這道旨意讓李蓮英和鄭和去謄抄一番，然後分發給吏戶禮兵刑工六部尚書，左丞相李斯以及醫部尚書孫思邈。因為戶部沒有尚書，所以交給戶部侍郎步騭，並且扶蘇要求他們兩天之後就要給自己意見。
正月二十七，這一天是順天百姓宰年雞的時候，從正月二十七這一天開始街道上就變得冷清了，絕大部分的百姓從今天開始不會再上街了。因此扶蘇這一天也沒有出宮，而是在宮裡研究如何改進科舉製度。
正月二十八，接到扶蘇聖旨的大臣們都上了一封奏折，最先上奏折的人是醫部尚書孫思邈，孫思邈乃是學儒家經典的人，在儒家的思想裡，不為良相，即為名醫，而且孫思邈就是寒門學子，所以他當然同意扶蘇對科舉考試的安排。
六部尚書中，蒙毅還是武將的想法，蒙毅隻管實行，不管決策，所以蒙毅在奏折中寫道：蒙毅並無異議，全憑陛下做主。陳平也同意扶蘇的科舉製度，他也是寒門出身，而且他也敏銳的感覺到，有了科舉考試，那他吏部尚書的權力就會水漲船高。刑部尚書狄仁傑與兵部尚書蒙毅一樣，全由扶蘇做主，禮部尚書和工部尚書也都沒有什麼異議。戶部侍郎步騭的資曆還不足以反對扶蘇，所以他也沒有反對扶蘇。
隻不過，左丞相李斯就不這麼想了，因為李斯現在就是名門望族，現在寒門學子要是有上升的通道，那他家族的人想做官可就不容易了。
所以李斯在奏折中寫到了科舉考試的弊端，比如說花費巨大，而且不易開展，所以他希望扶蘇三思。
扶蘇當然知道他的想法，隻不過他並沒有搭理李斯，既沒有反對，也沒有同意，扶蘇一道旨意把禮部尚書張紘，禮部尚書陳平，和戶部侍郎步騭招進宮來。
一炷香之後，這三個人都來到了清心殿。
“步騭。”
“臣在。”
“我大秦年底的收入以及明年的收入大概能有多少。”
“回陛下的話。我大秦今年一年因為休養生息，所以我大秦因為之前的戰爭和先帝橫征暴斂造成的傷害已經基本上被抹平了，而且範仲淹，王安石和劉曄三位太守的付出，讓西北邊境上比較貧瘠的三個郡變得比之前還富有了，我大秦的國庫裡，用一萬石的存糧。八千匹布帛。一千萬兩銀子。”
“好，在明年開始，朕就要實行科舉製度了，張紘，科舉考試要由你主持，童生試和鄉試都在地方上進行，你要與地方的官員交流一番，讓他們要在二月份集體召集文人進行考試。考過去的人成為秀才。童生試考過去的人要在明年八月進行鄉試的考試，鄉試要在每個郡的治所考試，鄉試考過去的人要在明年二月參加會試，會試要在京城考試，你與陳平為主考官。童生試，鄉試和會試都由你和陳平出題。”（www.101novel.com）