科學研究和教學讓歐陽軒激情澎湃，卻總是突然其來的軍政事務打斷。雖說霹靂軍的日常政務由李爽統攬，軍務則有黃大根、曹二狗、餘柱等人負責，但下山之後軍政事務量呈幾何級增長，治理難度也成倍增加，仍有許多重大事情需要歐陽軒來拍板，或者召開軍政聯席會來決定。雖然提倡少開會、開短會，卻仍有許多會議在等著歐陽軒。因為這些會所議決的事項實在太重要，涉及重大的政治和民生，關乎霹靂軍治理的根本。僅在六月上旬，他便主持了二場軍政聯席會議，所幸冗長的會議並沒有白費功夫，決定了幾個關鍵事項。
第一項是入籍製度。當下霹靂軍治下人口已達二十萬人，這些人除了川西土著外，也有不少來自外地移民，夷蕃之民也不在少數。受優惠政策和安定環境的吸引，霹靂軍治下的人口還在持續不斷的增長。誰是霹靂軍公民，誰能能享受霹靂軍的優惠政策，便成了個頗具爭議的話題。歐陽軒堅持華夷一體的思路，認為隻要在居住境內並登記在冊，並認可霹靂軍理念者，皆是霹靂軍公民，理所當然能享受各項福利。他的這個理念被其他人認為太過寬容，最終被通過的方案則要嚴苛了許多。
軍政聯席會議對霹靂軍公民的定義為：認同霹靂軍理念，熟練掌握漢話或有貢獻者，履行霹靂軍的各項義務，並經登記在冊者，才能稱為霹靂軍的公民。這項定義將相當部分人排在公民之外，尤其是夷蕃之民及勞改營的戰俘。對於這些不具有公民身份者，聯席會議也作出了規定，其可以佃種土地或到工礦業或務工，在霹靂軍轄區生活三年並會說漢語後，即可登記為在冊公民。聯席會議還對有貢獻的情形作了解釋，即在政治、軍事、經濟、科學、醫學等方麵有一技之長者，即便不會說漢話也可以成為公民。在霹靂軍正規軍的夷蕃戰士便符合這一條件。
第二項是田畝製度。剛下山時霹靂軍已經通過了有關田畝製度，實現了耕者有其田的目標，甚至以不納糧來吸引流民來屯墾，對於立功受獎及傷殘士兵的獎勵也用土地來獎勵。這項製度前提是有大量的無主田地，但也存在爭議。江源常元之所以背叛，便是因為其手握數千畝地契，卻未獲得霹靂軍認可，試圖投靠蒙古人以重獲土地所有權。另外，土地買賣、繼承和使用等方麵也不甚明確，故由李爽牽頭製定了新田畝製度。
新田畝製度仍然堅持歐陽軒提出的均田製和防止土地兼並的思路，明確不承認荒蕪土地的地契。對治下的耕地實行承包田和永業田並行的製度。即根椐土地肥瘦，每個成年男子可授30至100畝作為承包田，兒童和婦女減半，並隨人口增減而調整，但每戶承包田不得超過一千畝。承包田作為公有土地，隻可耕種不可繼承。可以繼承和買賣的並作為私產為永業田。永業田的來源除了買賣外，最主要的來源為軍功、科技發明等獎勵，或撫恤、傷殘的補償，每戶也不得超過一千畝。
第三項是基層治理。常元的叛變主要是因為他個人私欲得不到滿足，但也反映了霹靂軍基層治理的薄弱。如果他的上級能精細點，如果管理製度能再嚴密點，常元不可能形成團夥，進而裹脅那麼多人參與叛亂，所謂“主將無能，累死三軍”。前車之鑒，後事之師，霹靂軍高層的一致意見是須加強對基層的治理，特彆是基層官員和管理人員的選拔使用。
霹靂軍最基層的單位是屯墾點，再往上則是鄉與縣。按照新的製度，各縣除了設縣長外，另有兵、刑、戶、禮、工、吏六科，分彆負責武備軍事、司法刑獄、財稅商貿、教育衛生、工礦業和官吏管理。鄉大多設在大的屯墾點，除了鄉長外，隻設兵、戶、禮、工四名吏員。屯墾點仍然按照以前的設置，屯長仍由民眾推選產生，但須符合新的標準。鑒於未來很長的一段時間霹靂軍都將處於戰事狀態，故新的製度明確規定，屯長、鄉長必須有從軍經曆並識字。選拔縣、鄉的吏員，除了考核對應專業知識外，有從軍經曆的也優先錄用。
第四項是軍製問題。當下霹靂軍實行常備軍和基乾民兵相結合。聯席會議認為耕戰一體模式在常備軍與基乾民兵中，應有適度區彆。曾勇等人借鑒唐時府兵製和宋軍普遍采用的募兵製，提出了常備軍職業化和基乾民兵府兵化的方案，並提議控製民兵數量，獲得了通過。當下霹靂軍常備軍四個旅加上參謀部直屬的部隊隻有五千五百人，但參加訓練的民兵卻有五萬人之多，這其中不乏弱冠少年和白發蒼蒼老者。
按照新的軍製，當下常備軍數量不變，武器裝備仍由軍需部門統一提供。常備軍士兵專司訓練和作戰，非特殊情況不再從事生產活動，其分配的土地由所在村屯代為耕種，並核減家人的勞役。按照曾勇的建議，基乾民兵數量控製在二萬左右，仍然采用耕戰一體模式，核減本人承擔勞役，所需衣服糧食和冷兵器武器自行購買，平日訓練所需火器和戰時所需則由軍需部門統一提供。
新的軍製看似士兵比民眾吃虧，實在不然。霹靂軍治下的民眾雖然不納糧，但仍需要在農閒承擔大量的勞役，如自帶糧食和工具修路、修溝、修築堡壘等勞役，也是十分繁重。隻不過這些勞役，相比蒙古人的殘殺掠奪和其他州府官員敲骨吸髓的壓榨，實在不值一提。歐陽軒等霹靂軍高層也不願增加民眾的負擔，隻不過當下的生產力水平下，唯有如此才能維持運轉和對抗凶殘的蒙古人。
新的軍製命令一出，常備軍士兵倒是情緒穩定，在民兵隊伍中反倒引起一片慌亂。原因無它，想留在基乾民兵中的人太多了。按照霹靂軍製度，即便成不為常備士兵，成為基乾民兵也是好處多多，在政治上意味著有了做官的資格，在經濟上意味著可以減免勞役，也意味著可以通過戰功獲得永業田。本著從戰鬥力和軍事需求出發，此次基乾民兵的編製倒有一半分給了工礦業和沿河一帶屯墾點，其餘地方分配的名額實在不多。以致其餘屯墾點紛紛要求增加編製名額，這讓負責此事的餘柱焦頭爛額，手忙腳亂了好長一段時間。