張宣率軍抵達台南港之前，孫勝夫便率軍撤退到了內陸十裡處。這個距離既遠超戰船火炮的射程，又不致於過份接近叢林。霹靂軍雖然在台南帶開辟了大量的農田，但相對廣闊的叢林來說仍然是小部分。蠻荒的密林不管對流求軍民和海匪來說，充滿了太多不可知的危險——疫病、猛獸、山洪，還有神出鬼沒的食人生番。
孫勝夫命令手下修築營壘，又砍伐樹木立起了柵欄，開挖了壕溝。眼下已是五月初，流求的雨水變得極為充沛。挖壕溝主要目的是防洪排水，防止疫病的流行。雨水之下土牆極易被淋垮，這也是立柵欄而不是築土牆的原因。圍攻台南堡的海匪幾經折損又幾經補充，現在仍有四千人五十餘門銅炮，糧食也能支撐一段時間。孫勝夫期望蒲壽庚能重新奪回澎湖，重新獲得製海權。即便不能奪占流求，至少能將他和尤永賢兩部救出來。
張宣率領了二百名士兵前往台南堡，這些士兵屬於第二分艦隊陸戰營。該陸戰營共有五百人，有三百人正駐守澎湖。之前泉州府在澎湖設立有巡檢司，駐紮有廂軍一百餘人。海匪將澎湖作為輜重基地之後，將巡檢司的廂軍全部殺了滅口。餘柱已經決定要將澎湖作為流求的前哨，為此將在澎湖的各個關鍵地點興建數個定居點和一個大型堡壘。
李杆子眼見張宣率軍前來，自然是十分高興，急急地衝到堡壘門口迎接。他的熱情讓張宣差點暈倒——實在是太臭了。台南堡麵積仄窄，又入駐超過其一倍的士兵，加之用水不足，生活條件自然好不了那裡去。在這圍城的三個月時間裡，守軍都沒有洗過澡。當下李杆子身上的味道，集腥醃酸的大成且十分濃烈，這讓張宣全身鹹腥味的糙漢子都受不了。
這種情況也不是李杆子願意出現的，千餘人的吃喝拉撒都在狹小空間，垃圾廢物也扔在堡壘周圍。在高溫烘烤和雨水浸潤之下，出現這種情況十分自然。李杆子眼見張宣作乾嘔狀，突然醒悟過來，急令搬來大量的甘蔗酒。張宣足足灌了半葫蘆酒，才勉強壓下了心中的翻滾。陸戰營水兵也有樣學樣，紛紛痛飲起甘蔗酒起來。
由於技術原因，流求公司榨糖後的甘蔗渣仍有不少糖分，如果丟了十分可惜。歐陽軒得知情況後，便寫信建議將用來釀酒。流求糧食並不富餘，自然也缺乏酒精這種重要的物資。餘柱命人按歐陽軒的辦法進行了生產，果然大獲成功。這種酒不僅便宜，產量也極大，頗受軍民歡迎。台南堡中便庫存了大量的甘蔗酒，這也是在圍城期間十分惡劣環境，卻沒有發生疫病的重要原因。
鑒於台南堡衛生狀況十分惡劣，李杆子組織了人手進行了徹底的清潔，將積存的垃圾焚燒一空。張宣則派人用船將堡中的傷員運往台北，那裡有更好的醫治條件。陸戰營的水兵接管了台南堡防務後，李杆子帶著人到海邊痛痛快快洗個了乾淨。眼下第二分艦隊除了小部分戰船在澎湖之外，大部分的火炮戰船都進駐了台南堡。有這些戰船的保護，根本不再怕海匪趁機來襲。
就在台南堡的守軍在酣暢洗澡之際，台中的海匪也在集體淋浴——被迫的。一場瓢泊大雨不期之至，將夏大根駐守屯墾點的土牆衝塌了不少。幸得豪雨讓道路變得泥濘，也灌滿了壕溝，使得海匪無法趁機進攻。屯墾點在大雨之下都如此，防排水更差的海匪營地更糟糕，人員、物資和帳篷都泡在水中。雨水退後，營地內更是一片泥漿，人員幾無立錐之地。
在受阻於夏大根的頑強抵抗後，尤永賢也曾試圖繞路進攻台中。隻不過要在參天的叢林中砍伐出一條通道，實在太難。海匪眼下不僅缺乏工具，更缺乏糧食。砍伐不到一裡地，那些海匪便個個精疲力竭，渾身如兩隻散了架一樣，還在流求偵察兵的襲擊損失了幾十人。怨聲載道之下，尤永賢隻得放棄。
尤永賢又派了二百人前往台北以探虛實。這股海匪在食人生番和流求偵察兵的沿途截殺下，在損失了一半的人手後，完成了任務。他們帶回的消息讓尤永賢背脊發涼——台北方向至少有上萬裝備精良的士兵，正在往台中方向趕來。按照其行軍速度來看，十日之內便會趕到台中。
大雨給台中的交戰雙方都造成了不利影響，但對海匪尤其不利。雨水浸泡使壕溝和土牆垮塌，削弱了屯墾點的防禦，泥濘的道路也拖緩台北方向而來的流求大軍步伐，但給海匪帶來的卻是致命一擊——糧食全完了。流求氣侯炎熱，被水泡濕的糧食幾在日內便腐爛發臭，甚至有發芽了。
壓垮尤永賢的最後一根稻草是蒲師文慘敗和澎湖丟失的消息，這意味著糧道斷了。短期缺糧還可以苦捱，大不了摘野果吃野菜，但大軍長期缺糧便是死路一條。尤永賢手下的海匪本來就是烏合之眾，靠著胡蘿卜加大棒，才免強將他們壓製住。如今陷入絕境，他已無力約束這些刀口舔血的悍匪了。
思索片刻之後，尤永賢便率軍投降了。除了極少數海匪不願意投降逃入叢林之外，台中的六千餘名海匪悉數做了俘虜。這些海匪雖然凶悍，卻已被戰火和炎熱折磨得個個精神萎糜，目光渙散。其中還有一千餘人是傷病員，如果戰事再拖下去，他們必死無疑。眼見勝利無望，投降還能撿回一條小命，便都乖乖繳了武器。
得知台中海匪投降的消息之後，台南的那四千海匪也投降了。雖然他們短期內並不缺糧，彈藥也充足，但已成孤軍，士氣極為低迷。眼下流求大軍自台北、台南步步逼近，海上退路也被切斷，遲早也會彈儘糧絕。更重要的是孫勝夫乘機溜走了。這孫勝夫是個老狐狸，他在退往內陸之時，悄悄在海邊密森中藏了幾條小船，眼見情況不妙，便率了部分心腹腳底抹油。
至此，曆時三個月的流求戰役結束。上島的一萬五千海匪被全殲，除了病死戰死和逃入叢林的幾百人外，其餘皆被俘。加上被俘的海匪水手，二萬海匪共有一萬三千人做了俘虜，隻有一千餘人逃了回去。這些逃回去的，大都是駕駛輕快小船和來往於泉州與澎湖運輸的海匪。前者逃跑極快，後者則是聞風即遁。除此之外，流求還繳獲了大量的糧草武器。最有價值的還是兩百餘門銅火炮和六百餘艘各型船隻。
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