眼見自己人慘死在刀斧之下，片刻之間連屍體都被分食一空，朱清膽寒壓過了心中的憤怒。幸得多年海盜生涯練就的強悍心理，才沒有讓其當地崩潰。冷靜分析之後，他決定撤退。出發時他帶了五十人，在路途中病死了四人。剩下的四十六人中，還有十一人身患疾病，扣除照料人員之後，能投入戰鬥的隻有不過三十人。這點人手即便有火器護身，也絕對不是參加血祭的數千阿茲特克人的對手。
經過長途跋涉之後，朱清一行回到了新蜀州。在路途中，隨行人員又病死了六人。新大陸的地峽氣侯與流求相似，朱清一行雖做了應對疫病的準備，但登陸半年以來仍然病死了近五十人。疾病已超過惡劣海況、食人部落和野獸，成為探險隊員死亡最主要的原因。實際上，朱清一登陸，就花了大力氣挖排水溝、建公廁，用白石灰刷牆刷屋，還清理垃圾、燒開水喝，為每個隊員配毛巾......。這些在流求通過驗證的措施，能有效減少疾病的發生和死亡率。
疾病造成如此之高的死亡人數，原因既在於水土不服，也因為新大陸地峽的惡劣環境。海上長途航行使探險隊員身體虛弱不堪，繁重的勞動又進一步加劇了這種情況，使得潛伏在身體內的病原體開始爆發，讓體弱者紛紛病倒。新蜀州城一帶氣侯多變，時常是驕陽日曬和傾盆豪雨交替，加之遍布泥沼，孽生著大量的傳播疫病的昆蟲蚊蠅。雖然有隨行醫生的救治，仍有不少探險隊員仍死於疾病之下。
探險隊剛登陸時，新蜀州周邊土著各部落對這些陌生外來者，部分報以敵視，部分態度友善，大部分則是懷著好奇心理。其中少數友善部落篤定，這些乘著漂浮房子的外來者，是其部落傳說中的神。於是他們貢奉了大量的糧食和金銀，還幫助探險隊搭建房屋，讓朱清一行渡過了最困難的時刻。大批土著勞動力的到來，讓新蜀州的建設進度加快了不少，但也帶來了麻煩。少數隊員由於生活不檢點等原因，在饑渴難捱之下，與當地土著婦女進行了深入淺出的交流。有的人在此過程中，患上了新大陸特有的性病。這種性病被隨行的隊醫根據其特點和傳播方式，恰如其分地命名為“花柳病”。
如果說本地疾病給探險隊員造成的隻是困擾的話，那麼外來疾病則給土著部落造成了致命的打擊。就在探險隊登陸時，疫病已經橫行肆虐於周邊，使得各個土著部落人員紛紛病倒，有的部落人口甚至十不存一。這使得不少土著部落對朱清一行報以敵意，認為是他們帶來了惡魔。疫病橫行也讓阿茲特克人也不敢輕易前來地峽，抓取俘虜和征收貢奉，這也是新蜀州能順利完工的重要原因之一。
實際上在朱清帶人登陸之前，有的土著部落便流行了疫病。這些疫病是餘福或更前批的探險隊員無意間帶去的。朱清不知道的是，外來者帶去的流感、天花、痢疾這些疾病，對新大陸的土著來說，簡直是生化武器。他們與世隔絕數萬年，身體免疫係統根本就無法抵抗這些疾病。在今後的歲月中，正是這些疫病讓各個部落人口大減，有的部落甚至因此而滅族。
歐陽軒在給流求下達探索新大陸任務之初，便專門為探險隊撰寫了手冊，其中的注意事項提到，要推廣霹靂軍的衛生防疫措施，儘可能幫助土著部落抵抗疾病。餘福率領的探險隊在新大陸隻作了短暫停留，獲得了土豆、番薯、玉米等植物之後便匆匆回航。在他之前的探險隊，要麼全軍覆滅於食人族成了食物，要麼葬身在叢林泥沼之中，根本來不及落實其理念。朱清登陸之後，倒是做好了探險隊自身及友善部落的衛生防疫措施，對於其他土著部落卻是無能為力。
消滅傳染源、隔離病人、切斷疾病傳播途徑這些措施，雖然並不能杜絕疫病的發生，卻減緩了流行程度。加之探險隊醫熬製的中草藥和科學精心的照料，將友善土著部落的疫病死亡率降到了三成左右。其他部落便沒有這種好運了，死亡率往往在七成以上。特彆是有些敵對土著部落，由於保留著食人的習俗，捕獲分食了探險隊的病弱者，直接吃進了病原體，死亡率在九成以上，甚至整個落部全部病亡，無一幸免。
在血祭現場見識過阿茲特克人的殘忍，又目睹其龐大的武士的數量，朱清回到新蜀州的第一件事，便是加固城防。他先是派人召回了在附近海岸探索的船隻，又下令增高堡牆，加深壕溝。眼下探險隊員隻剩下了三百餘人，其中不少人是病號，有戰鬥力的隻有兩百餘人。這兩百人中，又有一半左右正在返回的船隻上。守衛新蜀州的隻有不足一百人，另有友善部落的數百名武士。這點人數，讓朱清實在沒有底氣。
朱清決定固守新蜀州。除了等待流求後續探險隊的到來外，他要借用時間打敗阿茲特克人。在往返特諾奇提特蘭城的過程中沿途襲擊探險隊的部落並不多，除了土著向導繞開了危險地段外，也因為大部分部落十分好奇這些外來者，隻敢遠遠跟著。他還敏銳地發現，沿途的有些土著部落雖然窩棚數量極多，但活動人數卻少。不少村落死氣沉沉，顯然也在流行疫病。朱清相信，阿茲特克帝國雖然強大，但疫病將會使逐漸虛弱。疫病流行的時間越久，其攻打新蜀州的可能性越低。
隻不過事情並未如朱清所預判的那樣發展。二個月後，上萬人阿茲特克大軍的仍然出現在了新蜀州城附近。事實上，由於分食了生病的探險隊員，阿茲特克也發生了大規模的疫病，首都特諾奇提特蘭城伏屍遍地，連城中的貴族也死了一半。對於此次疫病的流行，那些愚昧的祭司聲稱這是神發了怒，需要大量的鮮血來取悅神。隻不守在屠殺上萬附屬部落的民眾之後，疫病仍在肆虐。祭司們又聲稱，需要那些外來者的鮮血來澆灌大地，用其血肉來獻祭神，才能平息疫病流行。
攻打新蜀州的軍隊雖然有上萬人，但阿茲特克人隻有一小半，還是一部分是其盟友特斯科科人和特拉科潘人，大部分則是其附庸部落。除了路途遙遠之外，也是因為特諾奇提特蘭城疫病流行，以貴族為主體的精銳美洲虎和雄鷹戰士死傷慘重。後兩者不僅裝備了棉甲、木盾，還普遍配備了鋒利的黑曜石刀斧，是阿茲特克軍隊的核心，也是其控製壓榨附庸部族的主要戰力。其附庸部族的戰士，則往往是赤身裸體，所持不過是削尖的木棍、木棒和笨重的石製刀矛而已。
仗還沒有開打，進攻新蜀州的阿茲特克大軍便土崩瓦解了，原因僅僅是幾聲炮響。實際上，新蜀州的守軍並不是炮擊敵人，而是在進行試射。在土著大軍看來，火光、雷聲和煙霧顯然是神才會有的法術，這些奇怪的外來者真是傳說中的神使？疫病也真是神對拒絕歸降者的懲罰？惶恐之下，美洲虎和雄鷹戰士隨即轉身逃跑，附庸部落的士兵見狀，也紛紛四散而逃。
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