控製台中海域之後，張宣並沒有率軍南下澎湖。第一分艦隊隻有幾十艘戰艦，除留下一部防守台北外，還派了十幾艘監視大陸方向，以防宋軍水軍殺回馬槍。兵力分散之後，第一分艦隊在台中海域隻有三十餘艘戰艦。這點數量即便前往澎湖，也不太可能改變戰局，畢竟那邊的宋軍戰船數量也極為龐大。張宣決定留在台中海域，防止宋軍戰船來援。
進攻台南的宋軍從泉州出發之後，一路在澎湖登陸，一路直撲台南堡。澎湖雖然位置重要，但麵積不大又不產糧食，故霹靂軍隻駐紮了一個團的正規軍，另有一個團的基乾民兵。這些基乾民兵是水軍，雖然平日也在訓練，但主要是在捕魚，對付小股海盜倒沒有問題，但要與官軍水軍作戰便力有不逮了，更何況此次官軍船隻數量如此龐大。故當黑壓壓宋軍船隻來襲之時，澎湖的霹靂軍團長便令基乾民兵撤離，自己領了正規軍留在島上。
霹靂軍在澎湖港口附近有一個大型堡壘，島上其餘地方和附近的小島上另有十餘個崗哨和塔樓。在宋軍船隊來襲之前，這些地方的士兵便奉令撤回了主堡，來不及帶不走的東西全部焚毀，包括四門沉重的要塞炮。這些舊炮自毀之後，將來把銅鐵料回爐重鑄，又可以鑄成新火炮。流求與巴蜀的人流、物流聯係頗為暢通，在得到了總部人材、技術的支持後，流求的火炮工藝得到了大幅提升，威力增加了不少。
宋軍雖然數量眾多，又有大量的攻城武器，也有不少火炮，但急切之間卻也拿堅固的澎湖堡毫無辦法。當然，如果不惜代價用命去填，攻城技術極為嫻熟的宋軍，倒也能拿下澎湖堡，畢竟守軍隻有一千五百人。有了蒲壽庚的教訓，宋軍決定用偏師對堅城利堡圍而不打，隻要將霹靂軍守軍鉗住即可，主力則直撲後方。隻要控製了腹地的兵工廠、屯墾點、礦山，即便霹靂軍艦隊回防也無可奈何。沒有了後勤補給，艦隊戰力將會急劇下降。
進攻台南的宋軍也是按照這個策略，在將台南堡圍困之後往後方突進。隻不過與進攻台中堡的宋軍一樣，他們也遭到了沿途屯墾點的頑強阻擊。擋在前方的這些屯墾點，平民和糧草物資早已搬空，而守軍在頑強抵抗之後，每每趁夜遁去。在地雷、火炮和火槍的阻擊下，每拿下一個屯墾點，宋軍都要死傷千人以上，而收獲卻寥寥無已。宋軍雖然人數眾多，但如果按這個消耗下去，用不了多久，便會傷亡過多而喪失進攻能力。
過了些時日，台北大軍撤退和台中登陸宋軍進退兩難的消息傳來，使得在台南的宋軍也開始惶恐起來。正在此時，被征調而來的蒲壽庚等海商的戰船偷偷溜走了。他們本被派在外圍，警戒從南洋而來的霹靂軍艦隊。作為在海上討生活的商人，他們消息十分靈通，預判也十分準確，頗有“春江水暖鴨先知”的預感。眼下流求南方雖然沒有霹靂軍艦隊影子，但吃過大虧的他們卻嗅察到危險的味道。
多米諾骨牌效應之下，不少宋軍戰船也開始紛紛逃跑。沿海製置司的水軍本就不願意與霹靂軍為敵，加上陸上的進攻死傷慘重寸步難行，心中更無戰意。投奔霹靂軍的昔日同僚又偷偷送來不少書信，還在陣前齊聲高喊曹植的那首七步詩：“煮豆燃豆萁，豆在釜中泣。本是同根生，相煎何太急？”，聽者莫不動容。眼見情勢如此，宋軍主將隻得下令退兵。實際上，退兵也是無奈之興。由於腐敗導致軍紀渙散，宋軍隻能打順風仗，一遇重挫或士氣低落往往潰散甚至一敗塗地。如果不退兵，一旦戰事不利，局勢將會變得更加糜爛。
宋軍的進攻行動拖拖拉拉，但撤退卻十分迅速，不到十日便從台南和澎湖回到了泉州。除了士卒厭戰的原因外，也是因為得知了南洋的霹靂軍艦隊正在急速回援，這個消息來自蒲壽庚。他手下的商隊在星島發現霹靂軍第二艦隊在大規模補給，顯然是在作遠航的準備，便派了快船回來報信。霹靂軍強大的主力艦隊在錫蘭，斷不可能再派艦隊往西，隻可能是派往兵力空虛的流求。蒲壽庚得出這個結論後，當即召回了自己的船隊，也將信息報告給了臨安。
雖然蒲壽庚對霹靂軍惡意滿滿，不僅糾結海盜攻打流求，還暗通齊亞德，慫恿大食和波斯海商與霹靂軍為敵，甚至為他們通風報信，但鑒於其在大宋市舶司的官方身份，霹靂軍並沒有對其趕儘殺絕，而是允許其繼續經營南洋貿易。作為交換，霹靂軍的商船同樣也可以在大宋沿海自由貿易。流求雖然糖產業利潤極為豐厚，但與絲綢、茶、瓷器等大宗商品貿易相比，收入也不能相比。更何況從南洋運回來的貨物和新大陸運回來的金銀，也需要大宋這個龐大的市場才能消化掉。
就在宋軍退回泉州的三日之後，餘老挖率領的第二分艦隊趕回了台南。眼見台南警訊解除，他派了一支偏師前往澎湖，自己則率主力前往台中。此時在台中登陸的五千宋軍已經進退不得，陷入兵書上的死地了。由於海上補給線被切斷，他們即將彈儘糧絕。他們也沒有打下一個屯墾點，甚至還有被反推的危險，更沒有“以戰養戰”的可能。在台北的危機解除之後，餘柱緊急從台北調了一個團前往台中，使得台中的霹靂軍陸上戰力達到了一萬餘人，正規軍便有六千人。
登陸台中宋軍是沿海製置司最精銳的陸上戰力，正是他們頻繁襲擊史天澤、張柔、李璮等漢軍世侯的後方，才穩住了兩淮戰場上宋蒙兩方的均勢。霹靂軍不急於攻打他們，除了想讓其糧草耗儘的原因，也頻繁派人招降他們。隻不過，這些宋軍卻不肯投降，他們還心存幻想，苦巴巴地等著沿海製置司的戰船前來解救。隻不過等待的結果是一種煎熬，而等待的結果往往是失去。他們等來的不是援軍，而是霹靂軍第二分艦隊的到來，這成了壓垮他們的最後一根稻草。“識事務者為俊傑”，台中的宋軍在麵對生存還是死亡這個問題是，顯然會選擇前者。
消息傳到臨安，引發朝野的一片嘩然。趙禥和一乾重臣怎麼也不相信，朝廷大軍居然拿不下小小的流求，要知道沿海製置司此次可是出動了大小戰船二千餘艘和四萬餘人，另有輔助船隻和民夫無數。正是憑借著天下無敵的水軍，臨安才得以對付金軍與蒙軍偏一隅，甚至暫時逃到海上避難。朝廷如此強大的水軍居然敗走流求，加上能攻下大理與交趾的陸上實力，顯然證明了霹靂軍與朝廷有分廷抗禮的實力。細思極恐之下，就連一直老神在上的賈似道也惴惴不安起來。如果霹靂軍前來報複，如果他們與蒙古人聯合，這大宋江山怕是保不住了。
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