有文獻記錄的中國曆史從三皇五帝、夏朝、商朝、周朝開始，由於中國曆朝曆代朝廷對對周朝記錄的曆史非常重視，因此周朝史官記錄國家的曆史文獻得到了比較係統而完整的保留，因此周朝的相關曆史文獻是研究中國史前文明即華夏文明的重要曆史依據，當時周朝記錄的史前曆史是否真實可靠仍然是我們不能繞開的問題，因此我們隻能根據目前我們已經掌握的人類文明發展史，並結合周朝、漢朝記錄的從三皇五帝到夏朝、商朝和周朝等的曆史文獻，來對中國史前文明即華夏文明進行分析，抽絲剝繭，去偽存真，儘可能真實地還原一個真實的華夏文明全貌。
根據中國曆史研究的成果，夏朝建立於公元前2100年至公元前1600年之間，這表明夏朝建立於距今4100左右，這個時期正好是那次嚴重影響人類文明進程的小冰河期結束的關鍵時間節點，也是古蜀國三星堆文明被毀滅的時間段，也在華夏族立族立國，號稱統治天下的時間節點上。
夏朝退出曆史舞台後，商朝建立於公元前1600年至公元前1027年。
商朝滅亡後，周朝建立於公元前1027年至公元前256年。
按照中國文化傳統，黃帝是華夏族創始人和始祖，根據《史記》中《五帝本紀第一》記載，“黃帝者，少典之子，姓公孫，名曰軒轅。生而神靈，弱而能言，幼而徇齊，長而敦敏，成而聰明。”
“軒轅之時，神農氏世衰，諸侯相侵伐，暴虐百姓，而神農氏弗能征。於是軒轅乃習用乾戈，以征不享，諸侯鹹來賓從。而蚩尤最為暴，莫能伐。”
“炎帝欲侵陵諸侯，諸侯鹹歸軒轅。軒轅乃修德振兵，治五氣，藝五神，撫萬民，度四方，教熊、羆、貔、貅、、虎，以與炎帝戰於板泉之野，三戰，然後得其誌。”
“蚩尤作亂，不用帝命。於是黃帝乃征師諸侯，與蚩尤戰於涿鹿之野，逐禽殺蚩尤。而諸侯鹹尊軒轅為天子，代神農氏，是為黃帝。天下有不順者，黃帝從而征之。平者去之。披山通道，未嘗寧居。”
“東至於海，登丸山，及岱宗。西至於空桐，登雞頭。南至於江，登熊、湘。北逐葷粥荀彧，合符釜山，而邑於涿鹿之阿。遷徙往來無常處，以師為營衛。官名皆以雲命，為雲師。置左右大監，鑒於王國。萬國和，而鬼神山川封神與為多焉。獲寶鼎，迎日推策。舉風後、力牧、常先、大鴻以治民。順天地之紀，幽明之占，死生之說，存亡之難。時播百穀草木，淳化鳥獸蟲蛾，旁羅日月星辰水波土石金玉，勞勤心力耳目，節用水火材物。有土德之瑞，故號黃帝。”
“黃帝二十五子，其得名十四人。”
“黃帝居軒轅之丘，而娶於西陵之女，是為嫘祖。嫘祖為黃帝正妃，生二子，其後皆有天下：其一曰玄囂，是為青陽，青陽降居江水；其二曰昌意，降居若水。昌意娶蜀山氏之女，曰昌仆，生高陽。高陽有聖德焉。”
“黃帝崩，葬於橋山。其孫昌意之子高陽立，是為帝顓頊也。”
司馬遷記錄的這段文言文給後人留下了豐富的曆史信息，一個基本的信息是，黃帝的領導華夏族和同盟軍，平定了國家動亂，擊退了炎帝的挑戰，消滅勁敵蚩尤，從此登上帝王，並使華夏族成為國家的新貴族，登上人類文明的曆史舞台。
那麼，是什麼原因導致這場改天換地的戰爭？我們認為，距今4300年至距今4100年間的那場嚴重的小冰河期，迫使北方農牧民族南下翻越秦嶺進入四川盆地避難，於是爆發了軒轅黃帝領導華夏族及其同盟軍，與神農氏、炎帝和蚩尤等地方勢力，在四川等地區爆發戰爭，最終黃帝獲勝，並發生了古蜀國宗廟（即三星堆文化遺址）被毀的曆史慘烈事件。
司馬遷生活於公元前145年至公元前87年，西漢左馮翊夏陽（今陝西韓城市）人，是西漢的史學家、文學家、思想家。司馬遷早年生活在家鄉，十歲隨父入京，先後向古文大師孔安國、今文大師董仲舒學習了《尚書》《春秋》公羊學，對儒、道等各家學說有廣泛的學習。由於師出名門，年輕時便在西漢朝廷中任郎中，並奉命出使中國西南等地。 漢武帝元封三年（前108年）繼父職任太史令，並開始著手編寫《史記》，後因替李陵辯解，觸怒武帝，被處腐刑，出獄後，發憤著書，於征和元年（前92年）左右完成了這部巨著， 完成不久後即去世。由於《史記》是中國古代第一部係統而客觀地記錄中國曆史的文史典籍，因此司馬遷被世人稱為“史遷”“太史公”“曆史之父”。
司馬遷作為有良知及品德的西漢高級知識分子和史官，他肯定全麵地閱讀，並深刻理解了西漢朝廷裡保存和收羅的關於中國地區民族及國家起源及曆史的典籍文獻。但是司馬遷創作《史記》時，華夏文明草創初期即黃帝時代已經過去2000多年，加上在黃帝時代漫長的歲月裡，由於戰火頻繁，部落統帥機關遷徙不定，因此能夠保留下來的關於黃帝和華夏族的曆史典籍文獻肯定非常有限，同時由於過往朝代的統治者和文化精英們為掩蓋和美好本族曆史，導致曆史真相掩蓋和篡改，能夠流傳下來的反映真實曆史的典籍肯定不多，而能夠流傳下來的典籍往往內容零散、邏輯混亂、矛盾重重、晦澀難懂。
因此，司馬遷在創作這段史前曆史時非常為難，司馬遷在《史記》《五帝本紀第一》結尾時說：“自黃帝至舜、禹，皆同姓而異其國號，以章明德。故黃帝為有熊，帝顓頊為高陽，帝嚳為高辛，帝堯為陶唐，帝舜為有虞。帝禹為夏後而彆氏，姓姒氏。契為商，姓子氏。棄為周，姓姬氏。”
“太史公曰：學者多稱五帝，尚矣。然《尚書》獨載堯以來，而百家言黃帝，其文不雅順，薦紳先生難言之。。非好學深思，心知其意，固難為淺見寡聞道也。餘並論次，擇其言尤雅者，故著為本紀書首。”
這段文言文的基本意思是：因為華夏族位列始祖的都同為有熊姓氏，因此黃帝、顓頊、嚳、堯、舜為五帝；禹、契、棄等三帝，雖然都有立國統治天下，但是由於與黃帝不同姓氏，因此不能列入五帝之列。這就是大多數學者對五帝的定義。然而在古籍《尚書》中，記載華夏始祖時，隻從堯帝開始往後記載，為什麼會這樣呢？因為過去的百家大學者們認為，保留下來的敘述黃帝事跡及言行的典籍文章不“雅順”，“薦紳先生”們都不敢說！（太史公）不是那種好學深思、明白古人用意的文人，因此，太史公也敢憑著自己淺見寡聞來妄言古人！但是我並湊論述，選擇那些對先帝論述還算“雅順”的史料，編著為《五帝本紀第一》。
為什麼司馬遷寫《史記》時臨淵履薄、戰戰兢兢呢？因為漢朝是華夏族的國家，黃帝是華夏族頭號始祖，如果黃帝和華夏族有缺陷、瑕疵和汙點，將意味著漢朝統治者及其宗族的尊貴、正統、輝煌曆史都是瞎扯，同時漢朝統治階層的文治武力和道德教化也將變得蒼白無力，因此漢朝肯定要不成文規定，一切關於黃帝和華夏族“不雅順”的事件和言論一律不能寫入《史記》之中，否則司馬遷就要受到比宮刑更嚴酷的懲罰。但是，司馬遷心裡也清楚，去掉那些“不雅順”的內容，後人將無法讀懂黃帝時代及其後代的曆史，這使司馬遷非常痛苦和為難，因此，司馬遷在維護帝王及王族的名譽、地位、統治和利益的基礎上，寫出了《史記五帝本紀》這篇神話般使人感到雲裡霧裡、莫名其妙的華夏曆史。
我們認為《五帝本紀》基本上保留曆史事件梗概和基本過程和結果，隻是將對黃帝和華夏族“不雅順”的內容和言論進行掩蓋和修改，以此滿足漢朝統治者的文化價值需求。
在地理方麵，劉家是中原華夏族後裔，漢朝建都長安，主要統治中原地區、秦川地區、四川地區和長江以南地區，漢朝立國初期中原地區、秦川地區等黃河流域地區是華夏族傳統地盤，江淮地區和長江以南地區、四川地區等地區一直是百越等民族的居住地。為了漢朝為了順利征服和統治中國南方地區，漢朝史官肯定要將華夏文明的起源地放在北方，營造一種“北尊南卑”地理文化觀念，在編寫《史記》時，司馬遷肯定要滿足漢朝廷這個原則性文化需求，因此司馬遷發揮文人機智，將很多涉及華夏族重大曆史事件的地點改成北方地名，實在不好改的地點隻能進行含糊化處理。
在社會方麵，西漢是中國曆史上第一個將儒家思想確立為國家正統思想和道德規範的朝代，儒家思想是一套建立在父係氏族宗法製度基礎上的社會治理體係和道德規範。而西漢之前有秦朝、戰國、周朝、商朝和夏朝等曆史時期，在這些曆史時期裡，王朝和民間都存在母係氏族製度與父係氏族製度並存和混雜的狀況，因此，在財產歸屬、宗族倫理、貴賤次序、道德教化等社會管理方麵非常混亂，如養男寵在母係氏族社會是正常現象，合理合法。但是養男寵在父係社會卻是殺頭大罪；養女寵在父係氏族社會裡很正常，但是在母係氏族社會裡養女寵者要被亂石砸死！因此，在西漢朝廷堅決反對和打擊母係氏族社會殘留下來的製度、習俗和思想，西漢朝廷稱這些母係氏族社會殘留東西為“蠻夷狡夏”，夷、夏都是古代對女性的稱呼。因此，司馬遷在《史記》中儘可能不論述母係氏族社會內容，儘可能采用父係氏族社會的世界觀和價值觀去創作文章。
在道德方麵，在古代社會公認和朝廷認可的道德精神和規範就是法律，道德是判斷事物對錯，司法審判、定罪和量刑的標準，因此道德非常重要。西漢是中國第一個推行父係氏族社會的國家，因此建立父係氏族社會的道德體係和規範，清除母係氏族社會的道德體係和規範是朝廷文化建設主要任務。同時，由於西漢朝廷將儒家思想作為全社會的正統思想，因此一些與儒家思想相抵觸、矛盾和衝突的思想和言論都必須清除。儒家思想重要內容是倫理、忠孝、仁義、和善、平等等價值觀和道德規範，但是西漢之前朝代和社會並沒有這些價值觀和道德規範，奴役、壓迫、殘害、盜竊、搶劫、奸淫、狡詐、殺伐、滅族等罪惡的事情，在西漢之前的朝代和社會裡被視為正常之事，甚至這些醜惡行為被社會普遍認識是有能力、智慧、勇氣和權勢的象征。
因此，司馬遷之所以不敢將黃帝的事跡和思想完全表達出來，肯定漢朝統治者認為黃帝及華夏族崛起上位的曆史事實，有損華夏族的聲譽；有損西漢社會的民族融合及團結；不利於西漢社會價值觀、道德體係和規範的建設。但是，司馬遷在《史記》上留下的曆史線索，足夠讓我們還原當時黃帝及華夏族經曆的曆史事實。一下是我們本著客觀、科學、中立和公正的態度還原的華夏曆史。
在距今4300年前，當小冰河期使東亞大陸北方變得越來越寒冷和乾旱時，由於北方居民大量南遷逃難，今陝北神木市高家堡鎮石峁村的石峁王城（經過科學研究，我們認為石峁王城是華夏族最早的部落總部基地）開始變得一片荒涼，華夏族年幼的公孫軒轅跟隨父王少典及母後等，他們將跟隨最後一批南遷的華夏族朝廷官員、衛隊和軍隊，告彆華夏族石峁王城，踏上南征四川的艱難之路。
此後，幼小的軒轅跟隨父王少典及華夏族勇士們在四川地區避難、拚搏、創建偉業。
根據《世紀》記載，軒轅從小天資神靈聰明，思想敏銳，能言善辯。長成後，軒轅應該繼承王位成為華夏族的首領，他當政時，正趕上古蜀國的統治者及階層神農氏集團衰敗，古國各地群雄並起、戰事頻繁、民不聊生的動蕩年代（這是由於從北方及高原地區進入四川盆地的難民，與當地人民和官府爭奪生活物資及自然資源而引發的衝突和戰爭）。
為了本族的生存及發展，軒轅訓練和整頓本族軍隊，去征討那些不向朝廷納貢稱臣的部族，軒轅及華夏族的征討行動得到古蜀國諸侯貴族們的響應、支持和歸附。在這次征討戰爭中，軒轅遇到了強勁的對手蚩尤，蚩尤生性暴虐凶猛。在古越語中，蚩chi是黃牛和牛車，尤you是具有自由身份的男人，直譯的意思是“乘坐牛車的男帥”，在母係氏族社會裡，能夠乘坐牛車出行的隻有貴族首領和使官，因此這個解釋與現代人對蚩尤形象的描述一致，蚩尤是一個牛頭人身的戰神，當然，蚩尤chiyou連讀能讀成瑤、姚、猶youjew（這是猶太人的中英文簡稱）。
在平定叛亂的過程中，軒轅的另一個強勁對手是炎帝。當時炎帝準備要要從湖北宜昌（古稱夷陵）侵略蜀地，討伐蜀地的諸侯貴族，於是諸侯貴族都歸順具有軍事實力的軒轅。於是軒轅組織強大軍隊，與炎帝在“板泉之野”決戰，經過三次戰役後，軒轅與炎帝打成平手，最終握手言和，到達了維護軒轅在蜀地的統治地位，同時華夏族承認炎帝在湖北地區統治權。
隨後，蚩尤作亂，不服從“帝”的命令和管製，於是軒轅受命於帝，征招諸侯聯軍討伐蚩尤。軒轅諸侯聯軍與蚩尤集團軍在“涿鹿之野”決戰，蚩尤集團軍被消滅，蚩尤被擒獲，剝皮示眾，殘忍殺害。
此後，諸侯開始稱呼軒轅為“天子”，擁護軒轅取代神農氏稱帝即黃帝。軒轅稱帝後，天下有不順從的反叛者，黃帝帶兵去征討他們。平定完這裡，又去那裡平定。因此黃帝隻能“披山通道，未嘗寧居”。
最後，黃帝統治疆土東到大海；西到“空桐”；南到江水；北到“葷粥”。國土穩定之後，黃帝和華夏族過著遷徙不定、居無定所的流浪生活，黃帝設立營衛和朝廷管理國家。
黃帝固定行宮在“軒轅之丘”，他娶了西陵之女“嫘祖”為正妃，嫘祖生了兩個兒子，一個是玄囂即青陽，長成後他居住在江水之濱；另一個是昌意，長成後他居住在若水之濱。昌意娶蜀山氏之女昌仆為正妃，昌仆生高陽。
黃帝駕崩後，他葬在橋山。黃帝的孫子、昌意的兒子高陽立為帝，就是“五帝”之一的顓頊帝。