反觀大明，完全是農業時代的巔峰，糧食平均畝產是歐洲的三倍以上，人口是整個歐洲的四倍。[注都是西方學界大的主流觀點，即十七世紀初歐洲總人口約為6100萬，而此時的明朝後期總人口為“超過兩億”；歐洲糧食畝產40-80斤(單位已換算)，明朝糧食畝產200-250斤。]
在這種條件下，且高務實的前期改革基本已經順利完成，他開始琢磨如何“處中國而治萬邦”，這有什麼問題嗎？
在他看來，隻要朝廷改變思路，開始將發展當做延續統治的正確道路，不斷推動社會生產力的進步，那麼大明就是那個真正的“天選之國”，而且沒有“之一”。
數日之後，隨著調查的深入，越來越多的涉案官員被揭露出來。這些官員大多屬於心學派，他們在南京皇宮修繕案中或主動參與、或被動涉及，但無一例外都存在不同程度的問題。
經過仔細的審查和討論，朝廷最終決定對這些涉案官員進行分類處理，以儆效尤。處理方案大致分為四個檔次
降調西域對於涉及程度較深，但尚有可用之處的官員，將其降職調往西域，參與當地的建設和管理。這些人雖然犯了錯誤，但考慮到他們的能力和對朝廷的貢獻，給予改過自新的機會。
冠帶閒住對於涉及程度一般，但已不適合繼續擔任原職的官員，剝奪其官職，保留其榮譽性的“冠帶”，令其回家閒住。這些人雖然犯了錯誤，但錯誤性質不算嚴重，給予其反省和退隱的機會。
革職為民對於涉及程度較重，已無繼續為官甚至保留名譽必要的官員，直接革去其官職，貶為平民。這些人已經明顯犯了錯誤，而且錯誤性質較重，造成了一定的危害，朝廷不再保留其官員身份。
永不敘用對於涉及程度甚深，且性質極其惡劣的官員，不僅革去其官職，還要將其列入黑名單，永不敘用。這些人的錯誤性質嚴重，對朝廷造成了極大的損害，必須給予嚴厲的懲處。
據統計，此次涉案的七品以上官員共計四十一人，其中被降調西域的有八人，冠帶閒住的有十二人，革職為民的有十五人，永不敘用的有六人。
這一處理結果在朝野引起了極大的震動，雖然四十一人說少不少，說多好像也不多，但要知道這僅僅是一次工程弊案，涉及範圍也不大，若是往常，處理三五個人也就差不多了。然而這一次卻不是處理幾個人，而是把涉案官員一掃而空，輕重緩急分得清清楚楚，可見朝廷的重視程度之重、應對規格之高。
在處理完這些涉案官員後，高務實再次被召入乾清宮中。朱翊鈞對他的處理表示了充分肯定，同時也提醒說，離京日久，自己已經收到了不少奏疏催促回京。
高務實原本以為朱翊鈞難得出京一回，應該會希望在南京多待一大段時間，甚至趁機去彆處遊覽一番，想不到他居然主動提及回京之事，真是頗為意外。不過高務實畢竟不是佞臣，當即表示聖駕隨時可以還京，內閣也會趕緊做出相應安排。
事後高務實悄悄找陳矩了解情況，陳矩似乎有些為難，最後說了幾句模棱兩可的話。高務實理解的意思是龍體欠安……聽陳矩的描述，似乎南京的氣候更容易讓皇帝痛風複發。
這下破案了，南方確實比北方更容易發生痛風，發作時的痛苦程度也是南方遠勝北方。朱翊鈞原本就患有痛風症，在北京都不時發作，現在來了南京，那肯定是遭老罪了。
至於陳矩為什麼不好明言，這倒簡單——皇帝的身體情況屬於高度敏感問題，原則上是不能隨意泄露的。之所以還能告訴高務實一點，那也是因為高務實身為首輔，不能對皇帝的身體狀況一無所知。
隨著南京皇宮修繕案的調查和處理逐漸落下帷幕，在聖駕籌備北返期間，朝廷的注意力再次轉向了西域的局勢。劉綎統帥的軍隊已經在西域展開了平叛行動，而高務實也在積極籌備後勤和財政支持，確保平叛行動的順利進行。
同時，高務實也不忘對南京的官場進行整頓，清除心學派的影響，確保實學派的主導地位。在這一過程中，他也不忘與南京的勳貴們進行溝通和協調，確保他們對朝廷的忠誠和對實學派官員大舉調往南方的支持。
在高務實的努力下，南京的局勢逐漸穩定下來，而西域的平叛行動也在穩步推進。朱翊鈞對高務實的工作多次表示肯定，賜食也越來越多，但同時也催了一催北返的安排。
大概過了半個月，在聖駕北返的前一天，高務實上了一道疏文，名為《請廣用舉人以固西域疏》，全文如下
臣高務實謹奏
臣聞天子之於邊陲，猶手足之捍頭目，未有不先營治以安民者也。今西域既入版圖，而叛亂時起，民心未安，此誠廟堂之所憂也。臣竊以為，兵戈之外，文治尤急，故敢昧死上言，祈陛下眷顧。
自複西域以來，皇威遠播，然官吏鮮少，治理未周，此亂之所由生也。臣愚以為，欲求西域之寧，必先立治之本，而本之立，非賢吏不可。
觀今日之勢，西域官缺甚多，尤缺實乾之才。蓋因邊地苦寒，非有誌者不往。故臣敢請陛下，廣開舉人授官之路，勵有誌之士，赴邊為官，以充官僚之闕，以固治道之基。
臣請陛下明詔海內，凡舉人有誌於邊，朝廷將優予官職，且邊任者，遷轉之機，優於中土。如此，則不僅能解官缺之急，亦能振士子之心，育成國之乾城。
臣又請，朝廷宜增文化之澤於西域，建學館，興教化，促民風之化，減紛亂之由。
臣知此議推行不易，然臣堅信，得陛下聖斷，上下齊心，無不可克之難，無不可成之業。
臣高務實誠惶誠恐，頓首百拜，謹奏以聞。
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p這章是昨天的，因為昨天夜跑意外發生了一點扭傷，回家洗了個澡就先睡了，所以拖到今天，不過也多更了一點點……
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