這一天，也是工藤新一變小的開端。
他們的約會非常驚心動魄——坐個過山車，一趟下來，車還在，但有個乘客的頭沒了。
工藤新一解決完這一起梟首案，沒等歇歇，突然又發現，同乘的兩個黑衣男人非常可疑。
於是他在黑衣人們離開時，獨自追了上去。
……被他盯上的那兩個人，正好是琴酒和伏特加。
琴酒和伏特加要在附近進行一起秘密交易。所以他們先坐過山車觀察了周圍的情況，確定對方沒有埋伏。
誰知這麼一探查，卻被一個高中生偵探盯上了。
工藤新一跟到地方，躲在牆角，專注偷拍正在交易的伏特加。
正拍的高興，卻慘遭琴酒繞背偷襲。
琴酒一棍敲在工藤新一後腦勺上，把人撂倒。
他撿走了工藤新一的相機，然後低頭看著尚未死透的名偵探，給工藤新一灌下了一種尚在開發中的毒藥——atx4869。
這是雪莉正在研發的藥物。
據說被它毒死的人，體內無法檢測出毒素，看上去就像普通的猝死，可以成為完美犯罪。
琴酒灌完藥，放心的走了。
然而被他給予厚望的atx4869，卻沒能發揮他期待的功效。
這藥，隻是把工藤新一的身體變小了。
工藤新一醒後，震驚的發現自己成了一個小學生。
他逃回家，遇到了阿笠博士。
在博士的勸告下，工藤新一隱瞞身份，化名為江戶川柯南，決定去毛利家借住。
因為毛利蘭的父親毛利小五郎，開了一家偵探事務所，在當偵探。
而按照阿笠博士的腦回路，工藤新一需要：
用他出色的推理才能，幫毛利小五郎成為名偵探↓
名偵探毛利小五郎參與高等案件↓
通過那些案件，接觸到給工藤新一灌藥的黑衣人↓
從黑衣人那裡拿到atx4869的樣本↓
黑科技大佬阿笠博士研製出解藥↓
柯南重新變回工藤新一↓
以名偵探的名義舉報非法組織，把他們一網打儘。
……
柯南可能是剛被琴酒敲到了頭，腦子一時沒轉過來。
也可能單純是被“住進毛利家”蒙蔽了雙眼。
總之，他矜持的表示博士說的非常有道理，然後很聽話的跟著毛利蘭走了。
柯南和毛利蘭剛到偵探事務所樓下，就見毛利小五郎從事務所衝出來，打了一輛車。
——一個富豪的小女兒被黑衣人綁架了，富豪請毛利小五郎前去找出綁匪。
柯南一聽到“黑衣男人”這四個字，眼睛噌的瞪大，像打了雞血一樣，拖著毛利蘭一起擠上車，非要跟去破案。
至於那件案子……
江夏想起前因，略一猶豫，擰動車頭改變行進路線。繞到了附近那所“有殺氣”的中學的前門。
到了地方，停下來一看，門口掛著的牌子上，赫然寫著“二橋中學”。
江夏記得這個名字。
那個被“黑衣人”綁架的富二代小女孩，似乎就被藏在這所學校的某間倉庫裡。
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大佬們明天見（偷偷暗示）