秋七月，負責監察百官的禦史台官員李定、何正臣、舒亶等人接連上章彈劾蘇軾。彈劾的導火索正是上表中的這兩句話。認為蘇軾是攻擊朝政，反對新法。還從蘇軾的其他詩文中找出個彆句子，斷章取義，羅織罪名。比如“根到九泉無曲處，世間惟有蟄龍知“兩句描寫兩株檜樹挺拔不曲的雄姿，抒發自己不為權貴折服的豪邁感情的詩句，被他們作為指控蘇軾對神宗”不臣“的依據。
神宗都大為惱火，親自批示，七月二十八日，台吏皇甫僎攜吏卒急馳湖州勾攝蘇軾。
當時駙馬都都尉王詵與蘇軾交情深厚，秘密遣人告訴當時任南京幕官的蘇轍，蘇轍立馬派人往湖州告知蘇軾。當時皇甫僎快馬如飛，但是由於兒子生病在潤州停留半日。故蘇轍人馬先到，蘇軾提前知道消息後立即告假，由通判祖無頗權攝州事。皇甫僎到達湖州後，態度十分強硬的將蘇軾押解赴京。
蘇軾被下獄了，與蘇軾關係密切的親友，如蘇轍、司馬光，甚至連過世的歐陽修等20人都受到了牽連。
烏台詩案一出，凡是與蘇軾有關聯的都受到了牽連，梁府為了撇清，將梁師成母子趕出了梁府，梁師成的生母也因此一場大病撒手而去！
年幼的梁師成千裡尋父，曆儘千辛來到了東京，而蘇軾此刻還在大獄生死未知。
新黨還在窮追猛打，想通過打倒蘇軾牽涉進更多的人來達到自己的目的。
禦史舒亶不但認為牽連入案的王詵、王鞏都罪不容誅，甚至因收受譏諷文字，不申入司的張方平、司馬光、範鎮等也都該殺頭，其言曰：“收受軾譏諷朝政文字人，除王詵、王鞏、李清臣外，張方平而下凡二十二人，如盛僑、周邠輩，固無足論。乃若方平、司馬光、範鎮、錢藻、陳襄、曾鞏、孫覺、李常、劉攽、劉摯等，蓋皆略能誦說先王之言，辱在公卿士大夫之列，而陛下所當以君臣之義望之者，所懷如此，顧可置而不誅乎？”
不過蘇軾的那些友人們也沒有放棄，舊黨更是竭力營救，一旦蘇軾被殺，就代表了舊黨全麵敗退，曹家聯係上了光獻太皇太後曹氏！
蘇軾陷獄之初，太皇太後已在病中，接連幾日，看到皇上神色頗不愉快的樣子，便問：“官家何事數日不懌？”
“更張數事，皆未能就緒。有蘇軾者輒加謗訕，甚至形於文字。”
“莫非就是軾、轍兄弟？吾嘗記仁宗皇帝當年策試完畢後，回到宮來，喜道：朕今日為子孫得太平宰相二人，雖我老矣，已不及用，朕將留遺後人。”
太皇太後問這二人現在何處，皇上對以蘇軾現方係獄，曹太後說：“以作詩係獄，得非受了小人中傷。攈至於詩，其過甚微，吾已病矣，不可再有冤濫，致傷中和。”說著，這病中的老太太流下淚來。
神宗天性純孝，事兩宮，晨昏定省，必恭必謹。聽了太皇太後的話，心中一震，一邊恭答道：“謹受教。”一邊也流下淚來。
十月間，太皇太後的病勢已很沉重，神宗要大赦天下為太皇太後求壽，太後說：“不須赦天下凶惡，但放了蘇軾就夠了。”