而聖唐大軍一直未對新朝停止進攻，曾經一度攻入京都，黃巢軍露宿霸上，調知官軍不整，且諸軍不相繼，引兵還襲之，自諸門分入，大戰長安中，宗楚、弘夫死，軍士重負不能走，是以甚敗，死者什八九。
這一次黃巢恨城民協助官軍，於是縱兵屠殺，血流成河，謂之洗城，而黃巢未派大軍追擊唐軍，讓唐軍有喘息機會。
逃往川地的僖宗反攻，九月，齊軍將領朱溫在同州與王重榮交戰中，投降唐軍，被聖唐廷任命，並賜名全忠。
而聖唐將軍李克用部一萬餘人南下，齊軍大將趙璋戰死，華州、蘭田相繼失守。
黃巢不敵，撤出長安，逃入商山，沿途拋棄黃金珠寶，聖唐大軍爭寶竟不急追，後以齊將孟楷為先鋒，攻逼蔡州，聖唐軍守將秦宗權戰敗投降，之後圍攻陳州，遭遇聖唐軍將領趙犨頑強抵抗，大小數百戰，始終未能攻拔其城，齊將孟楷挺進豫州的途中，中俘犧牲。
黃巢聞知孟楷遇害，大怒，部隊屯於溵水，掘塹五重，百道攻之，誓為孟楷報仇，聖唐大軍在陳州附近的西華大敗黃思鄴，齊軍退軍故陽裡，陳州之圍遂解。
之後黃巢引兵向汴州行進，尚讓以五千精銳直逼大梁，聖唐將軍李克用率兵五萬，自河中南渡，連敗齊軍於太康、汴河、王滿渡。
黃巢隻好轉戰魯地，同年三月，朱溫大敗黃巢於王滿渡，黃巢的手下李讜、葛從周、楊能、霍存、張歸霸、張歸厚、張歸弁等投降朱溫；而黃巢殘部向東北逃亡，又遇李克用於封丘，時遭大雨，黃巢集散兵近千人奔兗州，李克用軍晝夜馳，糧儘不能得巢，乃還。
隨後聖唐將軍時溥派李師悅率兵萬人，與降將尚讓緊追其後，黃巢入泰山，聖唐將軍時溥大將張友與尚讓率之眾掩捕黃巢。
黃巢攻打陳州失敗之後，一路被聖唐軍緊追，最後退到泰山狼虎穀，見大勢已去，他對外孫林言道：“我本想為國討伐奸賊，革新朝政，但功成而不退，以致失敗。現在，我的腦袋不能便宜了彆人，你拿去獻給天子吧，還能圖個富貴！”
林言不忍下手，黃巢毅然自刎，於是林言割了黃巢的首級，然後將黃巢的兄弟，妻子等人都殺了，準備去投降聖唐大軍，但路上遇到一隊野蠻的聖唐軍隊，他們將林言殺了，砍下其首級送給了聖唐軍將領時溥。
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由黃巢以及王仙芝所領導的起義軍雖然被撲滅，但它攪動了聖唐的半壁江山，導致聖唐末期國力大衰。
而叛變聖唐農民起義軍的朱溫，被聖唐王廷賜名全忠，用以為將，朱溫鎮壓義軍，重兵在握，他以河南為中心，極力擴大勢力，逐漸成了聖唐末期最大的割據勢力。
朱溫追殺黃巢殘部，立了許多功勞，僖宗很高興，對他多有嘉獎，但不久之後，年輕的僖宗莫名其妙就死了，僖宗一生大部分時間都在逃亡，不過卻死在長安，當時他剛剛回到長安不久，在武德殿駕崩。
僖宗一死，朱溫失了後台，開始被人欺負。
僖宗死的時候太年輕，僅有二子，還全部早夭，他駕崩後，宦官們擁立了他的弟弟為昭宗，僖宗當初寵幸宦官田令孜，但田令孜此時早已被殺，掌權的宦官是楊複恭、劉季述等人，但是他們不識時務，都以為天下還可以像當年那樣，由宦官挾天子以令天下，殊不知時代早已經變了。
昭宗和僖宗全然不同，他一點都不喜歡宦官，一直想除掉這些人，但是他手上沒有兵權，昭宗很有心機，故意挑唆楊複恭與乾兒子楊守立反目，最後將他們二人都除掉了。
昭宗還想平定藩鎮，他組建新軍，又充分利用各藩鎮之間的矛盾，取得了一些成績，但是，此時李唐王朝氣數已儘，他怎麼努力都是白搭，後來禁軍被藩鎮擊潰，唐朝的嫡係部隊蕩然無存，至此唐朝再也無力中興了。
晚唐的皇帝中，並不都是昏庸之輩，昭宗和文宗、武宗、宣宗一樣，都是有勇有謀有政治智慧的人，但是昭宗接手的攤子，實在是爛得掉底，就算太宗複生也填不了這麼大的坑，不過昭宗也算是在力所能及的範圍之內，做了他能做到的最大努力。
鳳翔節度使李茂貞駐地離長安很近，而昭宗想利用朱溫的力量對抗他，於是朱溫和李茂貞狠狠對掐一場，起初李茂貞與宦官聯手，挾持了昭宗，但是朱溫很能打，圍困鳳翔一年多。
而李茂貞實在是打不過朱溫，隻好殺了宦官，將昭宗送出去，朱溫這才撤軍。
朱溫帶著昭宗返回長安，路上兩人長談了一番。
朱溫問昭宗，為何天下落到這番地步？陛下並不糊塗，卻為何無力治國？
昭宗不敢說藩鎮的事，隻好說宦官專權，掣肘為禍。
朱溫說，此事很容易解決，於是，返回長安當天，將京城所有宦官全部抓起來關到內侍省，全部殺掉，一個不留。
朱溫對昭宗說：“現在再也不會有宦官專權的事情發生了。”
昭宗沉默不語。
昭宗封朱溫為三軍副總司令，又封他為梁王，並賜了許多榮譽稱號，還經常寫詩送他，想以此籠絡他的心，但是朱溫根本不吃這一套，依然將其軟禁，並且朱溫對昭宗逼迫的越來越狠。
昭宗心知大勢已去，大唐朝馬上就要壽終正寢了，但是，他毫無辦法。
正月，昭宗車駕過華州之時，百姓在路邊呼萬歲，昭宗趕緊叫人停車，親自去對百姓們說：“彆叫我萬歲，我早就不是天下之主了！我現在四處漂泊，將來不知道會死在哪裡呢？”
八月十一日夜，朱溫的手下忽然闖宮，昭宗當時心知不妙，從床上爬起，穿睡衣躲在柱子後麵，但被搜出殺死。
昭宗死後，朱溫立昭宗兒子為帝，即哀帝，不久之後，星曆9070年，朱溫通過禪讓的形式，奪取了哀帝的帝位，代聖唐稱帝，建國號金，改年號為開平。
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