最初寶劍騎士團的全名為“寶劍利沃尼亞兄弟騎士團”。組織架構完從上至下共分為二個等級。
第一級：貴族騎士，由參與殖民的各德意誌貴族組成，每名騎士轄下數十名武裝侍從；
第二級：普通侍從，包括效忠騎士團的民兵，以及服侍貴族的見習騎士和扈從。
這其中，作為騎士團之首的無疑是“寶劍騎士大團長”，擁有整個騎士團的最高權威，即是軍隊的總司令，又是最高行政長官。其次便是副團長、主帥、區隊長、騎士等下級騎士軍官。
不過有一點值得注意，由於寶劍騎士團是主教阿爾伯特一手組建的，所以教皇同意阿爾伯特獨立指揮騎士團，也就是說，寶劍騎士團需要聽命於主教阿爾伯特，這與其他騎士團直接聽命教皇不同，所以其地位自然不如三大騎士團。
隨著寶劍騎士團到處征戰，周圍的土著勢力自然十分敵視這幫騎士。公元1217年，愛沙尼亞人聯合羅斯人發動反擊，一支約6000人馬的聯軍攻入了利沃尼亞。時任大團長的沃爾金當機立斷，率領人數處於劣勢的3000騎士團主動迎戰。
雙方會戰於菲林森林地區。
兩軍布陣，寶劍騎士團以重甲騎士居中，以本土仆從為兩翼，擺出決一死戰架勢。相比之下愛沙尼亞軍成分混雜，顯得淩亂不堪。
果然，在雙方正式交戰中，寶劍騎士團更像職業軍團，而愛沙尼亞聯軍則如同匆忙上陣的民兵，鏖戰不久，寶劍騎士團左翼率先突破右翼斬殺敵軍指揮官。
此後數十年裡，寶劍騎士團越戰越勇，他們憑借自身優秀的戰鬥素養，以及來周圍勢力的增援，不斷周旋於教皇、丹麥、德意誌、羅斯等國之間，拉一派打一派。
到公元1227年，寶劍騎士團聯合其他三大騎士團，征服利沃尼亞大部，成為該地最大地主。
按說照此發展，寶劍騎士團應該能成為聲望不屬於三大騎士團的第四騎士團，然而崛起過快的寶劍騎士團內部問題重重。
首先是主教的關係。隨著寶劍騎士團的勢力越來越大，大團長自然不再願意屈居主教之下，於是他們公然提出獨立自主的要求，這使得騎士團與主教關係惡劣，最終雙方分道揚鑣，阿爾伯特不再為騎士團提供支持，另外還想法設法的削弱騎士團的領地。
其次是丹麥的強勢介入。看著富饒的愛沙尼亞地區，作為波羅的海強國的丹麥自然也想分一杯羹，於是他們的國王以獲得騎士團征服地為條件，援助寶劍騎士團，可是雙方同床異夢，丹麥妄想直接兼並騎士團的土地，騎士團卻隻想利用丹麥，最終雙方劍拔弩張，使得來自海上的援助徹底斷絕。
最後是騎士團內部問題。創業之初的騎士團披肩斬棘、艱苦樸素，但地盤越來越大之後，騎士團內部開始腐化墮落，騎士們酗酒享樂、聲色犬馬，再加上對當地土著的管理不善，起義時有發生，於是騎士團隻好用降低或者不收稅來緩和矛盾。此舉令騎士團的財政嚴重惡化，到後來已經無力雇傭更多的軍隊，還欠債無數。
寶劍騎士團的問題令教皇也很是不滿，於是教廷試圖讓條頓騎士團入主波羅的海，以取代孱弱的寶劍騎士團。事實上，作為德意誌最大的騎士團，條頓騎士團的地產雄厚，完全可以支撐更大規模的征服活動，這一點是到處欠債的寶劍騎士團所不能匹敵的。
意識到問題，寶劍騎士團大團長隻好向條頓騎士團尋求幫助，對方認為與其忙著治理利沃尼亞和愛沙尼亞，不如出兵攻打更加遼闊的立陶宛，並承諾會出兵支援。
結果公元1236年蘇勒之戰，寶劍騎士團集中7000人。由大團長沃爾金率領入侵立陶宛。結果大敗包括大團長沃爾金在內的幾乎所有騎士陣亡，騎士團至此沒落。
蘇勒之戰徹底斷送了寶劍騎士團，大團長及主要騎士陣亡後，條頓騎士團入住波羅的海，全盤接收了愛沙尼亞的土地，寶劍騎士團改名聖拉斐爾騎士團，淪為附庸。
小法爾內斯就是聖拉斐爾騎士團團長安德烈法爾捏森的後裔，瓊羅是聖米迦勒騎士團騎士，阿修雷是烏列騎士團後裔，而德意誌核心的條頓騎士團餘部則在革命後被改編為加百列騎士團。