碇真嗣已經不想重啟世界了，碇源渡也已經接受了每年七夕見妻子的現實，而碇唯則前去探索宇宙。
人類在浩瀚的宇宙中非常渺小，碇唯知道隻有多收集情報才能保護人類。要知道連使徒都是來自宇宙深處，這說明宇宙中肯定存在了不得的文明。
雖然《死海文書》說一切都是由世界樹開始的，使徒和人類的不同是因為使徒吃了生命之果，人類吃了智慧之果，朗基努斯之槍是世界樹的樹枝，但這是古代人類的藝術創作，其中摻雜了大量的宗教想象。雖然《死海文書》內確實記錄了所有使徒的存在，也記錄了亞當和莉莉絲的沉睡地址，但並沒有解決使徒到底是從哪裡來的這個問題，也沒有解決為什麼主導融合可以重啟時間線。
使徒來自宇宙這是可以確定的，因為在月球上也有一個神秘的巨大物體，遠古人類對使徒的了解太少，所以添加了很多的想象。
不過就算渚薰也不知道使徒到底是什麼，他們的存在好像就是為了融合，但為什麼融合，渚薰也不知道，就好像是預先設定的情報。有時候也是細思極恐，或許使徒和人類很可能是被某一種更高級的文明設計出來的。
如果真的有製造使徒的文明，那麼碇唯一定要找到他們，不管花費多少時間也在所不惜。其實她覺得根本不用每年和家人團聚，畢竟她早就決定犧牲小家為大家，從她成為改良選擇派開始，她代表的就是改良選擇派，而不是自己。
當年劉邦父親被項羽抓了，項羽要煮了他，劉邦沒有說讓大軍進攻，而是說‘分一杯羹’。因為劉邦是首領，他不能從個人角度思考問題，士兵們跟著他並不是為了他個人的私事，而是為了自己能有飯吃。
碇唯既然是改良選擇派的創始人，如果碇源堂被使徒抓了，那麼她也隻能說一句‘分一杯羹’。她不能為了家人耽誤改良派的使命。
所以這家人都有了各自的選擇，碇真嗣也已經長大，他現在也有自己的工作，已經不需要父母的安排了。他已經接受了分分合合的現實，接受社會運轉的規則。
一個主張會分為原教義、改良派、篡奪派、反對派，不僅僅是seele如此，可以說是任何的大勢力都會這麼發展。然後不停地對抗合作，吞並消滅，最後再次統一。統一之後再次分開……
碇真嗣已經很清楚人類社會的規律就是如此，一旦接受了這種設定就不會覺得有什麼問題了。
seele就是接受不了這樣的設定才會想著融合，才會設計《人類補完計劃》，希望人類靈魂融為一體，這樣就萬事大吉了。可惜融合之後還是會分開，融合並不是終點，隻是起點。人類分裂的狀態才是融合的終點。
“好了，差不多搞定了。”杜蘭表示三個主角都有幸福的結局了，迪妮莎也再次收集了一大堆綾波麗克隆體。這些克隆體裡都有莉莉絲的靈魂碎片，都是完整的人，隻是需要教育。