第章：
.“閩之奸徒，聚食於澳，教誘生事者不下二三萬人。粵之盜賊，亡命投倚為患者，不可數計。”——出自《崇禎長編》崇禎三年五月條。
2.在7世紀初期，全世界隻有歐洲、明朝、日本在造船時用鐵釘連接，其中日本用鐵釘造船的曆史不到00年，此前是學的朝鮮木釘造船，6世紀才從明朝學去鐵釘造船。此外正如本章所言，從阿拉伯半島到印度半島都是用縫合船板技術，東南亞諸島則是捆紮船。
3.“餘鄉二三百裡內，若輩皆好穿絲綢、縐紗，且色染大類婦人。生員讀書人家，儘為女人紅紫之服，此亂象也，餘每見驚心駭目。近日改得古詩一首：昨日到城郭，歸來淚滿襟。遍身女衣者，儘是讀書人。”——萬曆年間李樂《見聞雜記》
第2章：
、“三十二年七月，西洋紅毛番長韋麻郎駕三大艘至彭湖，求互市，稅使高寀召之也。有容白當事，自請往諭。見麻郎，指陳利害。麻郎悟，呼寀使者，索還所賂寀金，揚帆去。”——出自《明史沈有容傳》，韋麻郎即威布蘭德範沃韋克，是荷蘭東印度公司前身老牌公司派往亞洲的第二支艦隊的副司令，曾率荷蘭商船首次抵達摩鹿加群島的德那地，該島和蒂多雷是全球僅有的兩個丁香產地，為老牌公司帶來了巨額利潤。
2、“近日福建抽稅太監寀，謬聽方士言:‘食小兒腦千餘，其陽道可複生如故’。乃遍買童稚潛殺之。久而事彰聞，民間無肯鬻者，則令人遍往他所盜至送入。”——出自沈德符《萬曆野獲篇食人》。此事在《明史》中亦有記載，稱其“碎顱刳腦以食”。
3、“皇帝以呂宋久相商賈，不殊吾民，不忍加誅。又海外爭鬥，未知禍首。又中國四民商賈最賤，豈以賤民興動兵革。又商賈棄家遊海，壓冬不回，父兄親戚共所不齒，棄之無所可惜，兵之反以勞師。終不聽有司言，爰降旨特行令所在，遣使傳諭爾等酋長部落，令鹹改悔，畏天守善，其海外戕殺姑不窮治。爾等當思皇帝浩蕩之恩，中國仁義之大。”——出自萬曆三十一年馬尼拉大屠殺當事福建巡撫徐學聚《報取回呂宋囚商疏》。
第3章：
“又據千總陳士瑛稟稱：蒙差同洋商黃合興二船往咬留吧宣諭，至三角嶼遇夷船四隻，稱咬留吧王已往阿南國去，未得回文。又發夾板船五隻，直抵彭湖，要來互市。黃合興力止不允，撥番七名，將二船同夷船齊進大泥。瑛等謁大泥王。大泥酋稱：‘咬留吧酋各處吊回夾板船，要往彭湖，若不允市，必動乾戈’。蓋阿南即紅夷國，而咬留吧、大泥皆番種結連，情形昭然可睹。”——出自《明季荷蘭人侵據澎湖殘檔》。
咬留吧即巴達維亞，荷蘭東印度公司的亞洲總部，今印尼首都雅加達。大泥，即今泰國北大年，荷蘭人在泰國最早的商館於602年在此設立。
黃明佐生平事跡史料不多，主要參考台灣學者翁佳音《十七世紀的福佬海商》一文。
第4章：
關於李國助的生平，最早進行考證的是日本學者岩成生一的《明末僑寓日本支那貿易商一官augustin李國助之活動——華人甲必丹李旦考補考》一文，但該文並沒有考證出李國助的結局。
《荷蘭平戶商館日記》中倒是記載了李國助之子的結局，原文是“635年0月日，海賊augustin之子因其父是海賊而被綁在十字架處死”，後人有猜測李國助在此之前已被鄭芝龍除掉。
第5章：
.三百千即《三字經》、《百家姓》、《千字文》的合稱，這三本啟蒙書的重字率很低，共計有2200多個不同漢字，古代私塾都是一年內教完，學識字的效率比現代教育高得多。
2.李國助所走的路線是日本朱印船貿易的西洋航線，據岩成生一考證，604607年朱印船貿易遍及9個國家和地區，607年後開始集中於交趾（安南阮主廣南國）、東京（安南鄭主北河國）、柬埔寨、暹羅（泰國）、高砂（台灣）、呂宋（菲律賓）等六處。
3.澳門媽閣廟始建於弘治元年。嘉靖年間，葡人在浙江雙嶼的貿易基地被閩浙總督朱紈率軍摧毀，遂輾轉來此，詢問當地居民此處的地名，卻被誤解成問廟名，答稱“媽閣”。葡人遂音譯為“macao”，於是便有了這個西文名字。
4.無色無味的慢性毒藥並不是武俠小說裡才有，中世紀歐洲曆史上就有用於宮廷陰謀的所謂“篡位粉”，實際上就是金剛石粉末，長期服用可致死。
第7章：
.根據最新發現的鄭芝龍親自主持編修的族譜，鄭氏家族在福建安海傳承十二代，開枝散葉人丁興旺。早在鄭芝龍之前好幾代，鄭氏族人就有很多以海貿為生，客死菲律賓、澳門、台灣等地的鄭家人比比皆是。
2.本章所言日荷外交摩擦即著名的濱田彌兵衛事件，關於荷蘭人在日本幕府麵前有多慫，英國人亞當克盧洛專門寫了一本書，書名是《公司與將軍:荷蘭人與幕府時代日本的相遇》。
3.東番是明朝人對台灣的稱呼，台灣這個名字來自荷蘭人所居的大員，在清代才普遍用於稱呼全島。
4.擔是重量單位，擔就是00斤。
第章：
、“天啟二年春，海賊謝天佑劫掠廣海、電白各洋，多等自備船隻，捉獲賊首黨孽百餘人，縛送軍門，金牌功票證。”——出自《報效始末疏》，收錄於韓霖《守圉全書》。
該疏署名“委黎多”，即澳門議事會理事官（procurador），是現存最早的一份澳葡當局上奏明廷的奏章。疏中所言葡人助廣東軍門平海賊謝天佑事宜未見其他史料，在西文文獻中記載此戰共殺海盜500餘人，生擒數百。
2、“廣中素無水寨之兵，遇有警急，方才召募兵船，委官截捕。夫賊起然後募兵，則卒非素練，安可必其決勝!賊滅而兵即散，則不旋踵而賊複入矣。”——出自吳桂芳《請設沿海水寨疏》，收錄於《蒼梧總督軍門誌》。
3、“閩五水寨，各有兵船，福、興、泉、漳沿海地方不過十日之程，督府總戎檄書馳取官民船隻，旬日可集。廣中無水寨兵船，又道裡遼遠，一公文來往，非四五十日不能到。而東莞民間烏船，時出海南各處買賣，官取數十之船，非月餘不能集。”——出自俞大猷《正氣堂集》。
第9章：
、“廉（州）為漢合浦郡，號珠海，多盜。”——出自申時行《賜閒堂集》
2、“雷、廉東洋海麵，有烏料雙桅廣船一百餘隻，每犯楊梅、斷網一帶珠池，偷盜珠螺。”——出自《明神宗實錄》
3、“安南叛賊範子儀、範子流等率眾寇欽州，百戶許鎮與戰於龍門港，死之。命都指揮俞大猷督兵勦之，伏誅。”——出自崇禎《廉州府誌》
第20章：
.官廳是船長辦公待客之所，一般位於艉樓一層，和上甲板平齊。尾大艙指的是船尾最大的艙室，一般位於上甲板之下水線之上，是船長的臥室。
2.朱印船並不是一種船型，而是指獲得幕府頒發的出洋貿易許可“異國渡海朱印狀”的倭國海船。
朱印船裡的中小型船隻大多是福船，但是大型船隻卻多由倭國豪商自造，結合了福船、蓋倫船、安宅船的特點。如荒木宗太郎的荒木船、末次平藏的末次船、角倉了以的角倉船、末吉孫左衛門的末吉船等。
本章末次船的尺寸參考嘉慶年間跑中日貿易的金全勝號福船：船身長43.6米，寬2.74米，深9.米，吃水深4.6米，主桅36.4米，排水量975噸，載重量609噸。