抵抗失敗後，數十萬軍民慘遭屠戮，南京淪為死地。
1937年12月13日，《東京日日新聞》即現在《每日新聞》報道兩名鬼子軍官的"殺人競賽"。
鬼子第十六師團中島部隊兩個少尉軍官向井敏明和野田毅在其長官鼓勵下，彼此相約"殺人競賽"，商定在占領南京時，誰先殺滿100人為勝者。
他們從句容殺到湯山，向井敏明殺了89人，野田毅殺了78人，因皆未滿100，"競賽"繼續進行。
12月10日中午，兩人在紫金山下相遇，彼此軍刀已砍缺了口。野田毅殺了105人，向井敏明殺了106人。
又因確定不了是誰先達到殺100人之數，決定這次比賽不分勝負，重新比賽誰殺滿150名中國人。
這些暴行都一直在報紙上圖文並茂連載，被稱為"皇軍的英雄"。
……
"殺人競賽"之主凶為田中軍吉大尉，以其"寶刀"砍死中國人300餘人。
12月15日鬼子占領第2天:已放下武器的中國軍警人員3000餘人被集體解赴漢中門外用機槍密集掃射，多人當場遇難。
負傷未死者亦與死者屍體同樣遭受焚化。
夜，解往魚雷營的中國平民及已解除武裝的中國軍人9000餘人被鬼子屠殺。
又在寶塔橋一帶屠殺3萬餘人。
在中山北路防空壕附近槍殺200人。
12月16日鬼子占領第2天:位於南京安全區內的華僑招待所中躲避的中國男女難民5000餘人被鬼子集體押往中山碼頭，雙手反綁，排列成行。
鬼子用機槍射殺後，棄屍於長江以毀屍滅跡。
5000多人中僅白增榮、梁廷芳二人於中彈負傷後泅至對岸，得免於死。
鬼子在四條巷屠殺400餘人，在陰陽營屠殺100多人。
12月17日鬼子占領第4天:中國平民3000餘人被鬼子押至煤炭港下遊江邊集體射殺。在放生寺、慈幼院避難的400餘中國難民被集體射殺。
12月18日鬼子占領的第5天夜，下關草鞋峽。
鬼子將從南京城內逃出被拘囚於幕府山的中國難民男女老幼共57418人，除少數已被餓死或打死，全部用鉛絲捆紮，驅集到下關草鞋峽，用機槍密集掃射，並對倒臥血泊中尚能she
吟掙紮者以亂刀砍戮。
事後將所有屍骸澆以煤油焚化，以毀屍滅跡。此次屠殺僅有伍長德一人被焚未死，得以逃生。
大方巷難民區內鬼子射殺4000餘人。
成千上萬的婦女被強奸，鬼子不分晝夜並在受害婦女的家人麵前施行強暴。有些婦女被鬼子強奸了好幾次，往往有婦女受不住鬼子的折磨而死。除此之外，鬼子還強迫a
倫行為。估計當時發生的強暴案可能超過20000宗。
鬼子在南京進行了長達6個星期的大屠殺，中國軍民被槍殺和活埋者達30多萬人。
中華民族在經曆這場血淚劫難的同時，中國文化珍品也遭到了大掠奪。
據說，兒玉譽義夫還沒進南京城，他所搶來的金銀財寶因為太重，竟把一架飛往日本的軍用飛機給壓塌了，從此他改為隻收紅寶石、藍寶石及古書畫，以便於運回本國。