到了503年的9月份，由阿方索德阿爾布克爾克率領的葡萄牙船隊抵達科欽外海，順利地會見到科欽君主，並幫助他驅逐卡利卡特軍，返回大陸。
阿爾布克爾克對於馬拉巴爾海岸先前的局勢並不了解，為此，他立馬谘詢幸存的商棧負責人和傳教士有關於達伽馬返航之後發生的事。
“尊敬的司令官閣下，我該如何稱呼您。”葡萄牙在科欽的代理商滿臉感激，還恭敬地行禮，好像阿爾布克爾克是國王一樣。
司令官的簡短地回答道：“阿方索德阿爾布克爾克，隻是奉國王之命將香料運回裡斯本罷了。還請你告訴我你們遭遇了什麼可怕的事。”
阿爾布克爾克先是詢問索德雷兄弟的下落，依照他在非洲得到的消息，達伽馬返航時安排了索德雷兄弟率領一支小艦隊留守。
“司令官閣下，索德雷兄弟罪有應得，天主讓他們接受了應有的懲罰。”代理商的話語讓阿爾布克爾克有些疑惑，不過他沒有直接插入問題，而是耐心聽完代理商對事件的敘述。
“尊敬的國王曼努埃爾陛下曾為索德雷兄弟指派封鎖紅海航道的命令，但陛下的命令本意是好的，卻被這兩個混蛋執行歪了。在達伽馬司令官返航後，作為唯一有能力保衛葡萄牙利益的索德雷兄弟選擇不顧同胞死活，借著曼努埃爾陛下的命令去自己襲擊商船撈油水，等到紮莫林進攻……我們根本抵達不住，還好還有兩個富有榮譽感和責任心的船長選擇留下幫忙，這才在天主的庇佑下逃出生天。
“至於索德雷兄弟，天主給予他們的懲罰便是海難！其中諸多船員無法忍受良心的譴責和天主的懲罰，自發地將頑固的二人殺死，這才平息天主的憤怒，讓他們能夠將這一喜訊告知我等。”
阿爾布克爾克消化著代理商的這兩段話，雖然在科欽還有葡萄牙戰艦存在，可負責指揮的索德雷兄弟已經身亡。然而卡利卡特對科欽的威脅依然存在，這是個大麻煩。
“這真是不幸。”阿爾布克爾克不知是為了索德雷兄弟還是科欽的葡萄牙商棧感歎一句。
自他出航以來，不幸的事似乎就纏上了他。今年曼努埃爾為船隊指派了兩個司令官——阿方索和他的堂兄弟弗朗西斯科。但弗朗西斯科在南大西洋斃命，剩餘船隻的指揮權就這樣全部集中至他一人之手。
等他費勁艱險抵達馬拉巴爾海岸時，卻突然發現局勢糜爛，需要他出手整理，而曼努埃爾給他的命令僅是為裡斯本采購香料，沒有其他授權。
這就意味著，為了保衛葡萄牙的利益，他需要違抗國王陛下的命令。
沉吟一會，他說道：“我想覲見科欽的統治者，有要事與他相商。”
“好的，司令官閣下，我這就去聯絡，還請您靜候佳音。”代理商再度行禮後轉身離開。
阿爾布克爾克很快就麵見到科欽君主，他先是得到了印度人的感謝：“若非閣下及時趕到、出手相助，我很可能就要死於島上。”