先後前往常德、湖廣、陝西、鳳陽等地整訓軍備。
還訓練過海軍，防備倭寇。
甚至，去國子監考核過國子師生的學業。
朱元璋還讓他陪伴在朱允炆左右，以培養感情。
可以說，他就是老朱留給朱允炆的班底之一。
徐允恭也沒有愧對老朱對他的信任。
朱允炆要削藩時，他力主將朱棣的三個嫡子，扣押在應天。
即便這個三個孩子是他的親外甥。
可惜黃子澄反對，朱允炆就將三個人質全放走了。
然後朱棣就反了。
建文三年，李景隆大敗損兵十餘萬，他為全軍斷後，完美完成任務。
建文四年，在朝廷無將可用的情況下，他臨危受命披甲上陣。
在齊眉山數次擊敗燕軍，斬殺朱棣旗下大將數人。
適逢盛夏酷暑難當，燕軍久攻不利逐漸勢頹，建文軍扭轉局勢的機會似乎就在眼前。
然後，曆史上演繹過無數次的經典橋段來了。
有人進讒言，說徐允恭乃燕王朱棣的大舅子，所以不肯儘力作戰，否則燕軍早就敗了。
於是朱允炆以‘燕軍已敗，京師不可無良將防守’為由，一紙詔令將其召回。
燕軍兵臨長江畔，徐允恭以手中僅有的水師，數次擊敗燕軍水師。
使燕軍無法渡江。
然而朱允炆根本就不信任他，將水師交給了大將盛庸。
盛庸再次用實際行動，證明了朱允炆的愚蠢。
沒多久就遭遇大敗，將水師全部送給了朱棣。
朱棣由此渡過長江天險，順利拿下應天。
在這種情況下，徐允恭依然拒不投降。
朱棣念及他是徐皇後的親弟弟，隻是削去他的爵位，勒令在家中禁足。
但他的爵位，依然由他的兒子繼承，並傳承了下來。
徐允恭的表現，可以說允文允武，水戰陸戰皆通。（www.101novel.com）