處理完雪拉比事件後，小智等人重新踏上旅程。
在抵達淺紅市外圍的某處小森林時，他們遇到了一所忍者學院。
在好奇心的驅使下，一行人在這個忍者學院內上了一天的體驗課。
體驗課期間，小剛在收服了一隻新的神奇寶貝——愛哭樹。
這隻愛哭樹名副其實，是一隻很喜歡施展假哭招式騙人的小家夥。
離開忍者學院後，小智等人花費大半天時間，抵達了淺紅市的神奇寶貝中心。
“小智，你送回來的神奇寶貝球，我都收到了，另外小智你要的吞食獸、頓甲、電擊獸，我傳過去了，你注意查收！”
一到神奇寶貝中心，小智就將部分神奇寶貝傳回研究所，最主要傳回去的還得是新收服的雷公。
至於索要傳說過來的三隻神奇寶貝，是小智打算挑戰下一個對戰設施需要用到的精靈。
也就在小智進行精靈交換之際，小遙的傑尼龜不知為何跑出神奇寶貝中心，朝著不遠處已經荒廢的火車站跑去。
等小遙反應過來之時，傑尼龜已經跑出老遠了，她匆忙將伊布精靈蛋交給小剛照料，隨後追了上去。
小智抬頭看了一眼烏雲密布的天空，又掃了一眼神奇寶貝中心之外的環境。
熟悉的場景，讓小智回想起一段特殊的劇情。
那是一段穿越時間改變曆史走向的劇情，改變劇情的主角是小遙、傑尼龜、喵喵。
想到穿越時間，小智不由想起雪拉比，於是在掛斷電話後，他將波導之力儘數散發出去，探尋幫助小遙穿越時間的神奇寶貝到底是什麼。
強大的波導籠罩下，很快，他就有了新發現。
火車站正門矗立的巨大鬆樹，確實有雪拉比的波導反應，隻是這個反應很微弱，應該的雪拉比曾在這棵鬆樹停留過。
同時還有火車站內還有一股很特殊的波導反應，他能肯定那就是雪拉比穿越時間的特殊波動。
確定了沒有危險，小智也就沒有乾預小遙的時間穿梭之旅的想法。
………
廢棄火車站內。
小遙在一個老婦人懷中找到，偷偷溜走的傑尼龜。
“原來這隻傑尼龜是你的啊！”老婦人和藹淡笑道。
小遙點點頭，“是的，它突然亂跑出來，給您帶來麻煩，真的很抱歉！”
老婦人寵溺地看了傑尼龜一眼，“沒關係，這孩子它很可愛，況且神奇寶貝活活潑潑的才是最健康的，不是嗎？對了，你叫什麼名字啊？”
“我叫小遙，老人家請問您是……”
“是嗎，還真是個好名字，小遙你叫我阿國嫂就行了。”
阿國嫂剛做完自我介紹，天空就下起小雨。
“哎呦，今天的天氣也並不怎麼好，趁著雨勢並不大，小遙，你先回去吧！”
“嗯，不過阿國嫂你在這裡做什麼呢？”小遙疑惑地詢問道。
“我在等從其他城市開來的火車，這裡曾經是這條車道的終點站，火車會穿過這個隧道開過來……”阿國嫂緬懷道。
小遙看著破舊損壞的軌道，低聲道“可是這個車站……”
“那個人會回來的……”
阿國嫂的眼眸中露出一抹希冀。