朱由校回宮，對工部，軍器局進行大刀闊斧改革。
強勢合並軍器局，兵仗局，火器監，鞍轡局等各種製造火器的部門，組成新的軍器局。
大肆提高軍器部，使其等級同六部平級，安排徐光啟擔任首任軍器尚書，其內設火藥局，槍炮局，子彈局，軍械局，機械局，專利局。
火藥局研究和生產火藥，槍炮局研究和生產槍炮，子彈局研究和生產子彈，軍械局負責生產各類槍炮。
機械局負責生產各類槍炮以外的東西，譬如水力磨床，腳踏的磨床等。
專利局，毋庸置疑，保護匠人權利，若研究產品暢銷，立馬獲得豐厚報酬，快速改善生活。
同時，他施行嚴格檢驗機製，設計七級工匠薪酬，頒布高額獎勵機製，對技藝精湛的匠人授予官職，更大力推行專利製度，希望提高各類火器質量，促使工匠不斷推陳出新。
諸事妥當，朱由校向孫元化，張燾，韓霖，畢懋康等普及標準化，流水線生產模式。
大朝日，朱由校增添軍器局，他抓住機會踢走工部內傳統守舊的官吏，提拔黃克纘，焦毷、何汝賓，薄玨，瞿式耜，李天經，陳於階，李之藻等精通西學，或擅長槍炮的官吏進工部，軍器部。
頃刻，朝廷內，突然冒出一股新勢力，即掌控工部，軍器部的西學派。
為鼓勵技藝精湛的匠人加入軍器局，減輕保守派的阻力，朱由校讓黃宗羲等管理的大明日報刊印出售報紙，普及朝廷改革，提高百姓對火器的認識，和對專利的普及。
早前大肆出售大明日報，向百姓宣傳推行攤丁入畝，開海，重賞，賦稅改革等，效果出奇的好，使秦王，張夢鯨，張鳳翼在北直隸，山東，河北速度大大加快。
這次，除在匠人內引起軒然大波外，軍隊反應平平，朝廷好些官吏更百般阻撓，甚至有大臣上書聲稱火器乃奇技淫巧，認為漢唐沒有火器依然能擊敗蠻夷，為什麼漢唐能，大明就不能呢。
特彆是他在工部，軍器部安排西學派官吏，直接引起不少保守官吏的批判，尤以程朱理學為代表的文官為主，各種上奏希望廢除軍器局，驅逐徐光啟，孫元化等西學派。
朱由校的反駁方法挺簡單，除安排黃宗羲，方以智，張采等撰寫文章，刊印在大明日報宣傳火器的好處，批駁守舊官吏不思進取的做法。
為震懾朝廷宵小，他帶文武百官去軍器局試驗場，讓兵勇試射兩炮，同時，亮出三段擊射擊術，震懾彈劾的官吏。
此舉，震懾諸多官吏。
不過，大明頭鐵的官吏官吏更多，黃宗羲，方以智發報批判不思進取的士紳，結果召來孔貞運為首的大批士紳針鋒相對。
雙方唇槍舌劍，朱由校沒有任何乾預，還是那句話鑼不敲不響，理不辯不明，大明需要解放思想，與時俱進。
他希望大明內部通過不斷辯駁，逐步碰撞新的火花，產生出各種新思想，漸漸改變程朱理學一家獨大的現象。
此時，他更在乎槍械，火炮的製造。
這陣子，他通讀趙士禎神器譜，獲悉遼東連同各軍鎮難以推廣鳥銃等火器，非常重要的原因是兵勇的惰性，不願更換火器，更不願訓練新的火器。
他親眼見到鳥銃，魯密銃，掣電銃的威力，改進火藥，火箭溜，紅夷大炮，現在要做的是將部分樣品大批量生產。
既然北軍惰性嚴重，何不從新招募的京營，五軍，開始訓練呢。
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