頃刻，乾清宮內，百官爭得麵紅耳赤。
見狀，朱由校不曾阻撓，反而耐心聆聽各種思路，沒有完美的製度，卻有合適的製度，百官各抒己見，必然漸漸爭辯出適合朝廷的軍製。
百官爭吵中，朱由校漸漸清楚明軍各種弊端。
因為鎮戍製講究牽製，總兵與副總兵，參將，遊擊非垂直隸屬關係，相反總兵對三者沒法行使管轄權。
參將，遊擊將軍指揮權又為兵備道官吏掌控，總兵又失去後勤，監督權。
朝廷總兵數量稀少，但總兵僅是某鎮武將集團統帥，沒有朝廷調令則總兵鎮守一鎮，難以像兵備，參將進行跨鎮會戰。
這導致朝廷缺乏大規模作戰的將領，亦缺乏擅長野戰機動部隊。
朱由校思索良久，聯合以前的思路，腦海中漸漸有了思索，他輕輕敲了敲龍案，打斷正在爭吵的官吏。
霎時，百官安靜，目光齊聚朱由校身上。
朱由校徐徐起身走到玉階前，聲若洪鐘說：“諸卿所言，各有道理，國無防不立，民無兵不安。
朕提議廢大將軍府，五軍都督府，改設樞密院，為從一品，專掌軍政，掌天下兵甲機密之務，為最高統軍機構。
領宮禁宿衛，邊庭軍翼，征討戍守，簡閱差遣。平常操練隸屬軍隊，戰時奉命出征，截取情報。
其下設陸軍部，水師部。
陸軍部，依照東南西北中各省地理位置分布，分為五大戰區，最高統帥為都督，統領各戰區軍務。
水師部：由北到南海域分為北海，東海，南海三支水師，最高統帥亦為都督。
另外，調兵權歸屬總參，提出軍事建議，製定軍事計劃，提出戰略目標，發布軍令，協助朕指揮戰役。
兵部享受行政權，負責管理軍隊戶籍，軍隊征召和退籍，軍官升遷，兵器管理，退籍軍人管理，糧草軍餉調運，交割，諸卿以為如何？”
此言出，百官靜默。
今後各軍表麵歸兵部統轄，實際征兵，編製，升遷，後勤歸兵部，練兵統兵歸樞密院，調兵作戰歸總參。
與以前兵部，五軍都督府相比，大幅強化軍事後勤，卻收回兵部調兵權。統兵，作戰轉交給樞密院，總參。
少頃，朱童蒙神色憂慮的詢問：“陛下，臣支持強化軍事後勤能力，然而，臣認為陛下的安排不妥，臣建議，不設總參或總參為陛下智囊，兵部保留調兵權，樞密院賦予統兵權，單獨設後勤總部負責後勤。”
楊肇基出聲附和說：“陛下，臣認為朱尚書的建議更合適，該強化後勤，而非削弱兵部，蒙古之戰，陛下提前調運糧草，事實證明，軍餉糧草充沛三鎮兵勇無後顧之憂，亦能爆發出驚人戰力。”
聞言，朱由校微微吃驚，沒想到朱童蒙，楊肇基格外關注軍事後勤，他目光迅速轉向其他人尋求答案。
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