早在第二十九個千年（M29）的時候，帝皇創造了名為【原體】的強大基因造物，計劃將原體作為自己的大將，率領二十支星際戰士軍團為人類帝國征戰銀河。
但是因為一場事故，還處在胚胎時期的原體們，被卷入一場亞空間爆炸中，分散到銀河係各處。還沒長大就與他們的“父親”——帝皇分開。
時不待我，人類世界毀滅迫在眉睫，雖然失去了原體，帝皇還是親自率領星際戰士軍團發動了收複人類領土的大遠征。而就在大遠征中，帝皇陸續找到了失散的原體們。
這些據說擁有帝皇本人基因的強大戰士、完美領袖以軍團領導者的身份，重新回歸帝皇麾下，加入他大遠征的偉大事業中來。
在原體的帶領下，星際戰士軍團以雷霆之勢消滅了無數敵人，迅速收複了一個個人類世界。
其中，戰功赫赫的第十六軍團原體荷魯斯·盧佩卡爾，被帝皇授予【戰帥】的光榮頭銜，代替他率領大軍繼續完成剩下的大遠征。
而帝皇本人則返回泰拉，進行某項秘密的研究。
正是這項決策，為人類帝國的再次分裂埋下了禍根。
星際戰士視原體為父親，原體視帝皇為父親，尊敬與崇拜，忠誠地追隨著自己的父親。但或許是大遠征近戰過於順利，帝皇並未意識到，他和原體的父子關係並非那麼融洽。
而在人類世界重新迎來光榮複興的背後，有某些強大邪惡的力量，早已滲透到人類世界和星際戰士軍團之中。
005.M31，第三十個千年的第五年，名為【荷魯斯之亂】的人類曆史上最大的叛亂事件，在伊斯特凡星係上揭開序幕。
戰帥荷魯斯，帶領其他八位原體以及整整九個星際戰士軍團突然發動叛亂，猝不及防之下，對人類帝國造成重創。叛變之初就有整整三支忠誠派星際戰士軍團被幾乎成建製的屠殺消滅，第十軍團鋼鐵之手的原體費魯斯·馬努斯更是當場戰死。
事後證明，戰帥和這些軍團投靠了混沌陣營——存在於亞空間中的邪惡勢力，【混沌惡魔】。在惡魔幫助下，戰帥荷魯斯帶領叛軍一路推進到帝國中樞，神聖泰拉，並大兵壓境朝自己的母星發起狂轟濫炸，包圍了帝皇所在的皇宮。
一如古老的戲劇一樣，弑父情節不斷上演，逆子謀奪皇位，荷魯斯誓要誅殺墮落的帝皇，自己應當榮耀加冕為人類之主。
007.M31年，荷魯斯終於如願以償在泰拉上和帝皇對決，以單對單決鬥這種古老而榮耀的方式來決出誰才有資格統治人類。得到混沌諸神力量加持的荷魯斯力量無比強大，而帝皇卻是人類甚至整個銀河係有史以來最強大的靈能者，幾乎可與諸神比肩。
那一戰昏天暗地，日月無光。據說兩人戰鬥碰撞產生的餘波都足以撕裂泰拉，毀滅一顆星球。
最終，帝皇贏得了這場艱難戰鬥的勝利，親手斬殺了叛徒逆子。但自己也身受重傷，不得不坐上名為【黃金王座】的裝置，終身不得離開，並且無法再直接領導帝國。
更糟糕的是，禍首雖已伏誅，但叛軍勢力仍在，並且投入了亞空間惡魔的陣營，在混沌勢力庇護下逃入亞空間，分散到銀河各地作亂。從此之後成為帝國的附骨之疽，一直為帝國帶來混亂。
而被帝皇視為繼承者們的忠誠派【基因原體】的相繼失蹤，更是讓帝國陷入了群龍無首的境況。
帝國進入了凡人統治的時代，十二個最重要的權力機構首腦組成的【泰拉至高領主議會】，成了帝國的實際統治者。