就在撤軍的路上，遼王開始考慮明軍從天山撤退的初步善後問題，派人火速通知西域諸將到迪化城商議善後方案，讓經營南疆的郭英和朱大能撤軍。
遼王還是擔心朱大能孤軍深入，一時吃不下南疆那麼大的地盤，反而陷入南疆泥潭。
儘管遼王每次征戰，儘量把出彩的機會留給朱大能，但是朱大能總是有些讓他的小心臟受不了。
在經過故唐西海舊城和吉祥城的時候，宋瑛的步兵團配屬一個迫擊炮連留了下來，就地駐守，卡住帖木兒軍從伊犁進犯北疆的咽喉通道，掩護大軍撤退。
二月二十六日，遼王帶著警衛連先行回到迪化城。
此時魏國公徐允恭、開國公常升等人已經奉旨回京，都督宋晟奉旨以甘肅總兵官的身份節製天山南北諸路兵馬。
北路軍的薛台等人，南路軍的朱大能、火真和兩位羽林衛指揮使，都還在後麵。隻有郭英、宋晟、宋忠、李堅、袁宇、薛?等將領匆匆趕到了迪化。
事起突然，遼王也無暇和諸將商議，果斷宣布了撤軍方案。
郭英和李堅帶來的京軍，袁宇帶來的晉王護衛，薛?帶來的燕王護衛，先行撤離天山，各回原防本衛。
遼東軍原來人員，除留下郭驥的步兵第一團和宋瑛步兵第三團，駐守天山南北外，其餘人馬撤回遼東。
宋忠帶來的肅州中護衛還剩下四千來人，暫時留在庭州配合後期屯田，等內地移民到達後再撤離天山。
編入火真騎兵第一團的西安中護衛騎兵，撤到哈密後連同西安左護衛一起，撤回西安，向秦王複命。
遼東軍在河西和天山擴編的人員還剩下三千來人，都交給宋晟，加上宋晟新帶來的三千河西步兵，總共六千來人，組成留守兵團，分駐迪化、吐魯番和哈密三地屯守。
宋晟小心翼翼地問道：“殿下，如此一來，留守西域人馬估計隻有一萬三千人左右，也就是兩衛兵馬，恐怕勢單力薄，獨木難支啊。”
遼王說道：
“都督放心，撇開朱大能南征斬獲不說，帖木兒汗國前後損兵折將十餘萬，應該沒有膽量再和大明叫板。”
“萬一遇到帖木兒大舉進犯，你就通過仆固義、安克帖木兒等當地部落首領，按照與明軍一比一或一比二的比例人數，就地招募義勇，進行協防。回朝之後，我會向朝廷申請為仆固義、安克帖木兒二人封王。二人必將效忠大明。”
“我再讓薛台騎兵第四團和背嵬軍的部分火槍留給你們。戚祥和整個炮兵團暫時留在迪化，指導河西軍訓練炮兵，待河西軍熟練掌握大炮操作要領後，再讓炮兵人員回遼東歸建。”
聽說遼王要把整個炮兵團的裝備都留給他，剛剛恢複甘肅總兵官之職的宋晟激動熱淚盈眶。
安排好人員，遼王又提出一個分配處理繳獲物資的初步方案。