前情提要：富士博士為了尋找讓自己夭折的女兒小愛複活的方法，與火箭隊的合作，在新島上研究克隆技術。他複製了關都的最初的夥伴，接著又用夢幻的睫毛化石製造出了超夢。他還嘗試製造出具有小愛意識的生命體，他們與幼年的超夢成為了朋友。但實驗最終失敗，除了超夢外的克隆體都消失了，超夢險些失控。富士博士使用鎮定劑使其陷入沉睡，超夢也因此失去了這些記憶。
多年後，超夢再次蘇醒，對自我產生了疑問，暴走並摧毀了新島的實驗室。阪木試圖利用超夢的力量，但最後也無法束縛它，超夢從此銷聲匿跡。
立誌成為寶可夢大師的小智一行人依然進行著旅途。一日，當小智與寶可夢訓練家的戰鬥結束之後，他們收到一封由快龍送來的神秘招待券。招待券中自稱最強寶可夢訓練家的神秘主人邀請小智一行人參加宴會，好奇的小智他們毫不考慮地朝向新島的寶可夢城出發。
當一行人到達老海岸碼頭時，受超夢的影響，天氣不佳，前往新島的船隻暫停行駛。港口經理波佳為了不讓寶可夢和他們遭到任何的意外，堅決不讓眾人出航，女警君莎也讚同波佳的看法。但為了參加這場難求的宴會，眾多寶可夢訓練家選擇搭乘寶可夢渡海。正當小智煩惱無法前往新島之際，港口出現了一艘小船，船家答應讓小智他們渡海。可誰知船家原來是火箭隊三人組！好巧不巧地，小船被大浪打翻，眾人落入海中，小智和小霞趕緊叫出傑尼龜和寶石海星讓眾人抓緊，終於遊到新島。
在到達新島之後，一名很像寶可夢中心護士喬伊（實際上確實為喬伊，被超夢綁架並操控）的女子帶領小智一行人前往寶可夢城。而當領路的女子介紹最強的寶可夢訓練家出場時，沒想到出現在眾人麵前的竟然是超夢。其他訓練家一個接一個被打敗，他們的寶可夢也全部被克隆，然後克隆體與本體再次進行戰鬥。
後因夢幻的到來，更激怒了超夢，兩者在賽場大打出手。為了阻止超夢和夢幻的戰鬥，小智被攻擊並被石化，寶可夢們的淚水最終喚醒了小智。而被小智的行為感動的超夢與夢幻帶著複製寶可夢離開了新島，同時消去了所有在場人員和寶可夢的記憶，並把它們送回老海岸碼頭。
回想著關於前世的一些記憶，翔太站在一棟高樓上，看著在老海岸碼頭人頭湧動。
這些訓練家彼此相互吹捧，但實際上內心的都相互不服輸，這或許就是他們為什麼會參加這種來路不明挑戰的原因。
就在人們還在等待的時候，快龍從雲層中飛了出來，隨後朝天空大喊一聲。
訓練家們似乎聽到了某種信號，他們紛紛踏上已經租好的船，朝著信上標記好的目的地趕去。
“喂，叫我回來乾嘛？”
瑪夏多輕鬆的躺在躺椅上，手上拿著果汁，還有爆米花，正悠閒的曬著太陽。
翔太感覺這個家夥好像已經從伊布的陰影中走了出來，想了片刻，翔太開口說道：“我叫你回來的原因，是因為不想讓你麵對一級神的恐懼，或者說，我並不想讓你死在那裡。”
看著翔太有些嚴肅的眼神，瑪夏多從躺椅上坐了起來，想了片刻之後，他小聲的開口說道：“謝謝。”
“沒什麼，我隻是提醒你不要這麼鬆懈，時常待在我身邊的你，大概率也能從我的夢話中猜出一些事情。”
翔太轉過身，直麵瑪夏多繼續開口說道：“希望你不會沉淪在那種輕鬆愜意的氛圍當中，因為，我們時常處於危險當中，稍有不慎，便會輕鬆送命，而且你的生命，早就已經不屬於你了。”
聽了翔太的話，瑪夏多呆愣了一下，最後將手上的飲料丟棄在地上，化作黑影消失在了原地，估計又是吸附哪個影子去模仿訓練了。
翔太看著頭頂上緩緩飄過的白雲，再看一下他前麵那已經開始出現黑雲以及閃電的烏雲群。