為了前往綠嶺市，小智他們正在島與島之間渡海旅行。
小剛拿出了地圖道：“前麵有個叫瑞弗勒的小島，通信船將會在這裡停半天，傍晚的時候再次出發。”
小勝期待道：“那我們可以在島上好好逛逛，要是能遇到罕見的水係寶可夢就好了！”
小遙道：“說不定島上還有美味的餐廳！啊，你們看，那裡有隻跳跳豬！”小遙看到一根浮木上站著一隻跳跳豬。
這時一道浪打來，小剛當即立斷道：“巨牙鯊，去救跳跳豬！”
巨牙鯊將差點溺水的跳跳豬拖到了船上，小剛關切問道：“你沒事吧！”
跳跳豬似乎被救了很高興被救了，跳來跳去的。意外卻發生了，跳跳豬撞到了船邊，頭上的珍珠掉到了海裡。
跳跳豬焦急的哭了起來，小智他們將身上的水係寶可夢都派出去尋找跳跳豬的珍珠，隻是一眾寶可夢尋找了很久，直到船都靠岸了很久，都沒有找到，大海撈針形容的就是現在這個情況了。
一眾寶可夢都陸續返回，沒有任何一隻找到跳跳豬的珍珠。
跳跳豬看上去很是傷心，小剛安慰道：“隻能給跳跳豬再找一顆珍珠了！”
小勝疑惑道：“小剛怎麼找啊！”
小智解釋道：“找珍珠貝！珍珠貝的所產的珍珠就是跳跳豬頭上的珍珠。”
小遙道：“現在也隻能這樣了，在小島上應該找珍珠貝也不難。”
一群人找著找著，遇到了一個身穿白大褂的研究人員。那人道：“這隻跳跳豬的珍珠？”
小剛解釋道：“它的珍珠掉到海裡了，現在我們在找珍珠貝希望幫它再找一顆珍珠。”
那人道：“原來如此，我叫伊崎就是在這座島上的研究所研究珍珠貝的，也許我能幫忙。”
小剛道：“真的嗎？謝謝你了！”
伊崎帶著小智一行人到研究所裡，隻是研究所的珍珠貝都沒有新誕生出珍珠的。突然跳跳豬很興奮的看著展櫃裡一顆藍色的珍珠。
伊崎抱歉道：“跳跳豬那顆藍色的珍珠還在調查，所以不能給你。現在也隻好去珍珠貝聚集的地方找找看了。”
跳跳豬再次失落，小剛將其抱在懷中安慰道：“沒事的，我們會幫你找到一顆新的珍珠的。”
小智他們前往了野生珍珠貝棲息的海灘，但研究所裡的這顆藍色珍珠被火箭隊的人給盯上了。三人組翻牆進入帶著珍珠跑路的時候，被石頭絆了一下，那顆藍色珍珠竟意外的滾到了跳跳豬的身邊，跳跳豬很開心的將珍珠頂在了頭上。
伊崎道：“這不是研究所的那顆藍色珍珠嗎？跳跳豬，請你還給我好嗎？”
跳跳豬不願意，它好不容易又有珍珠了，又不是在研究所拿的，而是自己滾到它身邊的，跳跳豬不願意還給伊崎。
跳跳豬逃跑了！
逃跑的時候，跳跳豬又跌倒了，這次藍色的珍珠意外跟海灘上的一隻珍珠貝的粉色珍珠更換了，小智他們找到跳跳豬的時候，它頭上的珍珠已經變回了粉色。
小遙道：“怎麼會是粉色的？”
伊崎道：“這確實是粉色的珍珠，那藍色那顆呢？”
在附近玩耍的孩子走了過來道：“我們知道是怎麼回事！剛才這隻跳跳豬摔倒了，頭上的藍色珍珠就跟那邊那隻珍珠貝的珍珠調換了！”
小勝道：“你們看還真的是哎！”
小勝所指的那隻珍珠貝的貝殼中就是那顆藍色珍珠。
小智上前道：“珍珠貝，這顆藍色的珍珠對伊崎先生很重要能不能還給我們呢？”
珍珠貝搖了搖頭。
伊崎也拜托道：“珍珠貝，拜托你了！”