華麗大型慶典也結束了，小智卻接到了達馬嵐奇會長的電話，希望他能幫助寶可夢護林員完成一項任務。
小智一問集合地點，就在枯葉市附近的濱海。小霞卻要趕緊回去華藍市，在石英高原跟小智分彆了。
小遙也準備好了，跟小智去趟濱海後，帶小勝回趟家，就去成都地區找小瞬。
小智和小剛要去神奧地區，小勝也想回家將這快一年在小智和小剛身上學到的東西學以致用，幫助千裡照顧橙華道館中的寶可夢。
在解決完這次的事情後，四人的旅行隊伍也將結束了！
......
濱海附近的海底，一艘巨大的潛艇正在朝海中的一顆紅色圓形被黃色光電纏繞透明的藍色精靈蛋靠近。
這顆精靈蛋被一個玻璃罩子帶進了潛艇中。
船長打扮的大叔癡迷的看著眼前的精靈蛋，毫不掩飾自己的野心，大笑道：“這個東西將會實現本大爺的野心，你等著吧，海之王冠！”
大叔是這艘潛艇的船長名叫幽靈！
在幽靈將要碰到精靈蛋的時候，一個穿著他手下製服的金發青年，將精靈蛋搶先護在懷中。
幽靈沒有想到居然會有一個意外出現，怒道：“你在做什麼？！”
金發青年道：“我是不會讓它成為你實現野心的道具！”
幽靈讓手下全部都上，一定要將精靈蛋搶回來。但是金發青年的身手十分敏捷，全部躲開了攻擊，他抱著精靈蛋往計劃好的路線逃離。同時他聯絡這護林員的總部，道："我是傑克，總部聽到請回答！"
護林員聯盟總部說話的是個女生，道：“阿傑，你也太慢聯絡了吧！任務順利嗎？”
傑克道：“我已經拿到精靈蛋了！現在就準備離開了！”
“你的速度有夠慢的！”
“你不知道我在這裡刷了一個月的地板哎！”
“好了，回來的時候小心一點！”
“好！”
傑克掛斷了通信裝置，麵對把他團團包圍的船員和幽靈本人，他一點都不慌亂，拿出了捕獵遊標捕獵了一隻巨翅飛魚順利逃走！
小智他們這邊離開了石英高原後，目前正在橫穿一處巨大的荒野。頭頂的太陽十分炎熱，小智和皮卡丘還好，但小剛三人顯得無精打采的。
小遙問道：“小剛，你確定是這條路嗎？”
小剛道：“應該是沒錯才對！”
小遙道：“那你能告訴我城鎮在什麼地方嗎？”
小勝拿出寶可夢領航員道：“話說，寶可夢領航員收不到信號，我們應該是迷路了！”
小遙抓狂道：“怎麼又迷路了！”
小智道：“好了小遙，我們總不可能走回去吧！隻能繼續向前了！”
隨著時間的推移，小智他們的水所剩無幾。小勝停下了腳步，他的水壺已經沒有水了，隻能看看自家姐姐那裡還有沒有，他道：“姐姐，口好渴，你的水給我喝！”
小遙將自己的水壺遞給了小勝，道：“不可以全部喝掉哦！給你！”