通過天之箭橋之後，小智三人來到了飛雲市。
飛雲市是合眾地區有名的大都市，也是合眾地區最大的城市，這裡的摩天大樓比比皆是很是壯觀。飛雲市的特產——飛雲冰淇淋，小智三人現在的目的地就是售賣飛雲冰淇淋的小店。
艾莉絲驚呼道“飛雲市真的好大啊！”
天桐道“我聽說這裡的飛雲冰淇淋很好吃哦！”
小智道“反正飛雲道館賽預約的是明天，我們乾脆就去吃吧！我請客！”
艾莉絲帶著牙牙跑了起來，喊道“太好了！”
穿過飛雲市中央區域的時候，在這裡他們見到了亞緹。小智自從進入中央區域後，波導之力傳遞給他的感覺就很是不安。
小智道“亞緹先生！”
亞緹道“是你們啊！小智你來看，樹上的蟲係寶可夢們好像很不安的感覺啊！”
艾莉絲道“我聽說大災難來臨的時候，蟲係寶可夢就會開始焦躁。”
亞緹道“是啊，蟲係寶可夢具有察覺到人類無法察覺到的電磁波，這點在科學上已經被證實了。”
小智來到了亞緹站的樹下，釋放出了波導之力，道“確實！有大量的百足蜈蚣正在地下從那個方向移動來飛雲市。”
亞緹道“地下水道嗎？那個方向是荒野名勝區裡的河流！”
“等一下，這麼說來！以前也曾經有過這種事情，就是荒野中生活的寶可夢們通過這個地下水道遷移到飛雲市裡來了。難道是荒野名勝區出事了？”
小智道“我們先去調查一下吧！”
四人來到了地下水道中，往前走了沒有多久就看到了一隻百足蜈蚣卡在了水管中，尾巴上下晃動想要掙脫出來的樣子。
艾莉絲道“好像卡的很難受的樣子哎！”
小智道“我來吧！”小智將波導之力集中在手上，將百足蜈蚣抱了出來，他又用常磐之力治療了它。
眾人被聲音吸引，抬起頭的時候看到了百足蜈蚣群正在地下水道中穿行。
小智道“不好了，地麵上也都是百足蜈蚣了！”
四人帶著那隻被小智救下來的百足蜈蚣來到了地麵上，市民們的尖叫聲不斷。
君莎小姐騎著摩托車來到了小智麵前道“小智搜查官，您在飛雲市就太好了！現在大量百足蜈蚣正在飛雲市中引起騷亂！”
小智道“君莎小姐，你組織市民去緊急避難吧！剩下的交給我們了！”
君莎小姐道“好的！對了，我們已經請紅豆杉博士調查原因了！”
小智道“紅豆杉博士嗎？我知道了！”
就在這時，不遠處傳出了爆炸聲，亞緹道“那是寶可夢中心的方向！”
當小智他們趕到的時候，訓練家們已經對百足蜈蚣發起了攻擊。修帝也在，他拿出了他的燈火幽靈，使用噴射火焰攻擊百足蜈蚣。
“達克萊伊，就決定是你了！使用惡之波動擋下來！”
一道黑影彈射了出去，惡之波動將在場所有訓練家的噴射火焰擋了下來。
小智道“現在大家都住手！”
修帝看到達克萊伊跟在小智身後，義正言辭道“這些百足蜈蚣一味的攻擊人類，驅逐他們是理所應當的事情，你不幫忙也不要來礙事！”
小智拿出了自己的證件道“我是寶可夢搜查官，我命令大家住手！有不聽的我的達克萊伊也不是吃素的！”
小智還是第一次生這麼大的氣，他也從來沒有過用寶可夢威脅過人的先例，修帝是第一個，不過現在小智可沒有時間管他。
艾莉絲道“老師說得對，大家看百足蜈蚣們也沒有進攻啊！要不是你們先發起的攻擊，它們怎麼會反擊呢！”
天桐道“大家都先去避難吧！這裡交給小智！”
一個身穿西裝的大叔也趕到了這裡，小智道“您就是飛雲市的市長吧！我是寶可夢搜查官小智，現在飛雲市的警戒工作由我接手，亞緹先生您有辦法將百足蜈蚣們先集中到中央區域嗎？”