喵喵將差不多娃娃們騙走後，就不裝了，按動了手裡的遙控器後就用籠子將皮卡丘和牙牙關在裡麵。
皮卡丘將計就計，沒有反抗的和牙牙一起被喵喵從通風口扔了下去。
當小智三人和喬伊小姐來到保管室中的時候就發現了全部的精靈球以及皮卡丘它們都不見了。
小智道“喬伊小姐，麻煩你聯係君莎小姐不用去吊橋，去金輪鎮的方向。”
喬伊小姐道“我知道了。”
小智三人往通風口跳了下去，居然跳到了幽靈列車的正上方位置。
喵喵的聲音傳來道“寶可夢中心裡的所有精靈球都到手了。”
武藏道“第一階段的目標完成，小次郎剩下的交給你了。”
小次郎點了點頭，用無線電聯係了塞格博士，道“塞格博士，第一階段任務完成，可以啟動第二階段了。”
小智他們鑽進了車廂中，皮卡丘早就用鐵尾逃脫了出來，他們將自己寶可夢全都重新帶在了身上，剩下的精靈球用火箭隊的箱子全部搬到了車廂後麵的門口。
此時的北尚和南廈也利用了麻麻鰻魚王的電擊快速的追擊在了火箭隊的幽靈列車後麵，小智的手機響了起來，小智接了起來道“北尚先生你們到了嗎？”
北尚道“我們已經到正後方的位置了。”
小智道“艾莉絲，天桐準備好了嗎？”
兩人答道“好了！”
小智道“北尚先生、南廈先生你們接好精靈球。”
艾莉絲和天桐打開車廂門將車廂中的剩下的所有精靈球往後一扔，終於在出隧道前將精靈球交給了北尚和南廈，剩下隻差對付火箭隊了。
火箭隊聯係上了駕駛直升飛機的塞格博士，想要通過空中運輸的方式將車廂中的精靈球帶走。喵喵走到了後麵，確定精靈球的情況，但卻見到了小智三人。
“皮卡丘，使用鐵尾。”
“皮卡！”皮卡丘帥氣的一記鐵尾直接將車廂的連接口切斷。
天桐道“小智看到了就是那個。”
“藤藤蛇就決定是你了，使用藤鞭。”
藤鞭拉住了控製軌道方向的開關，車廂就順利與車頭拉開了距離。
一架直升飛機衝出緊緊追在車廂的方向，小智道“等你很久了！藤藤蛇飛葉風暴，皮卡丘十萬伏特！”
飛葉風暴加上十萬伏特直升機的螺旋槳成功被毀，即將要墜落。
“天桐，艾莉絲！”
“好！”
“花椰猴使用日光束！牙牙使用龍之怒！”天桐和艾莉絲同時下達了命令，加速了車廂的移動。
“比雕、大王燕、姆克鷹交給你們了。”
小智三人翻身坐到三隻飛行係的寶可夢身上，小智道“往那邊比雕，使用暴風！”
比雕對著火箭隊三人所在的車頭就直接使用了暴風將其掀翻，皮卡丘的十萬伏特直接將他們轟飛。
“好討厭的感覺啊！”
小智三人回到雷文市的時候，君莎小姐傳來消息他們找到了墜落的直升機，隻是裡麵的人已經不知所蹤了，而且那節車廂也不知所蹤。