一平看著小智和甲賀忍蛙，驚訝道“這場對戰時我輸了，但是剛才的那個狀態頭領！”
半藏點了點頭道“一平，帶小智去祠堂吧！”
一平道“是！”
一平帶著小智去了祠堂，二平和三平則帶著希特隆他們在村子裡觀光。忍者村的祠堂在地下，小智走進其中就看到了祠堂中供奉的三幅畫像，一幅是勇士雄鷹，一幅是食蟻爐，最中間的那幅是甲賀忍蛙，但姿態與小智般甲賀忍蛙的形象幾乎一樣。
一平介紹道“據記載，很久以前村子裡忍者與忍者之間相互戰鬥是常規，那個時候挺身戰鬥保護村子的就是這三隻寶可夢，而這三隻寶可夢的領導著就是中間的那隻甲賀忍蛙。其實我也是因為這樣才選擇呱呱泡蛙當夥伴的。小智先生，相信你也看出來了，英雄甲賀忍蛙和你的甲賀忍蛙的外形很像。”
小智道“或許我的甲賀忍蛙就是英雄的後代吧！”
忽然間，天空中出現了許多隻得盔甲鳥，它們齊齊使用了加農光炮進行掃射，似乎要將忍者村夷為平地。
地下祠堂中的小智和一平也聽到了報警裝置響起的聲音，小智道“敵襲？”
一平道“應該是了！我去看看，小智先生你去找三平保護頭領。”
小智道“小心點！”
小智找到三平和希特隆他們並不難，莎莉娜問道“小智，外麵發生了什麼事？”
小智道“盔甲鳥襲擊了村子！三平你們大家先去半藏先生那裡！”
三平道“我知道了，跟我來！大家往這邊走！”
小智帶著皮卡丘來到了外麵，十萬伏特擋下了加農光炮，小智道“沒事吧！大家不要驚慌。一平疏散大家去避難，這裡就交給我了！”
二平帶著妙蛙花站在了小智的身邊道“大哥，我留下幫小智先生！”
一平道“你們小心！”
小智道“這群盔甲鳥訓練有素，不是野生的寶可夢，像是先頭部隊來擾亂我們的。那就速戰速決，達克萊伊使用黑洞！”
達克萊伊出手，空中的幾隻盔甲鳥瞬間就被放倒，一隻隻直直墜落了下來。
但襲擊忍者村的人真正的目標是忍者村的首領半藏！
三平和希特隆他們來到半藏的房間沒過幾分鐘，一股刺骨的寒意朝眾人襲來。三平擋在了莎莉娜和柚麗嘉的前麵。一個戴著雙斧戰龍麵具的男人出現在門口，他的身後的幾人也戴著寶可夢的麵具。
男人道“忍者村的頭領半藏，我們是前來要你本人的！”說著他身後的兩人一躍而起，往地上扔了東西，瞬間黑霧就遍布了房間，眾人的視線都被模糊了。
男人的阿利多斯趁機用吐絲將半藏捆了個嚴嚴實實，半藏老爺子沒有任何反抗就被帶走了。希特隆和莎莉娜派出了寶可夢前去追擊，長尾火狐和倫琴貓被一隻劈斬司令攔下了，才藏帶著龜足巨鎧支援下的情況下，最終還失去了這群人的蹤跡。
一平和小智追到這裡的時候，那群人已經完全不知道往哪個方向跑了。
三平道“一平哥怎麼辦？頭領被人帶走了！”
小智都說了讓他們保護好頭領，他卻還是被人帶走了，三平對此很是自責。
一平道“我派人去找！”一平吩咐了二平和三平先留在了村子裡安撫村民們，自己帶著人去找，隻是什麼都沒有找到，這群人似乎很熟悉忍者村的路線。
夜晚，眾人圍在一起商量怎麼去救半藏。才藏道“帶走頭領的應該是景友！要不然不可能會這麼熟悉村子裡的路線。”
一平道“我記得他，他曾經也是一個很優秀的忍者！我們要救出頭領很難！”