靈智粒子在攻陷主係統的防禦，單兵王30則是在中層圍剿進入的靈智粒子，隨著靈智粒子的不斷隱藏靜默，星係方麵好像又成功控製了中層係統，重心又轉移到了尋找兩隻神秘小隊，王新此時和師尊、莉莉絲形成三支星係守護小隊，在中層的各個區域運動。
配合著星係方麵的指令，尋找神秘小隊，王新也是在尋找星係的所有秘密小隊，逐漸地識彆出了五支，而另外一支小隊和自己一樣在不斷變換識彆碼，到處被漏洞，從靈智粒子反映的單兵王30來看，這應該就是當初緊急處置小組那樣的隊伍。
王新三名隊長就開始在係統通信中，不斷報告緊急處置小組的信息，讓更多的星係小隊注意到，開始尋找和圍剿，不過秘密小隊顯然也在暗中尋找第二個神秘小隊。
幾支隊伍在中層廣大區域開始了躲迷藏，已經讓形勢變得複雜起來，而主係統的入侵也在悄無聲息地進行，單兵王30被一點點同化複製，破解完成後，靈智粒子又開始了改造成為單兵王35，這也讓王新的主係統入侵格外順利，隨著新型單兵王成功改造，王新手中的大量單兵王30也開始升級。
這樣一來主係統入侵成功了，而且越來越多的單兵王35隨著主係統的能量，在各處留下，最後終於和靈智粒子一起到達了核心外圍，這裡有係統的物理防禦，也有係統的防禦衛兵，又是一場納米電子戰，不過王新並沒有啟動這些靜默的單兵王35和靈智粒子。
和幾支星係秘密小隊的周旋還在繼續，不過現在明顯是緊急處置小組被有意針對了，各小隊在逐漸接近，也在疑惑另一支隱藏小隊在哪裡？終於師尊小隊開始變換識彆碼，露出破綻，讓各小隊終於找到了兩個目標。
臨時太空堡壘外層的戰鬥基本結束，除了王新這一路，另外的二路也攻入內部，外麵遠處的天魔主力艦已經成功各自擊潰了一艘星係方麵的艦船，千星裡之外戰場核心的大型星際爭霸也在進行著，天魔主力也是趁機攻打真正的星係太空堡壘。
王新從控製的星係飛船得知，星係太空堡壘在召回前來襲擊的星係艦隊，首先是飛船馳援，但是沒有料到這支臨時突擊艦隊，一開火就損失了主力艦，臨時太空堡壘變成了星艦獨自一艘，正在和天魔三路突擊隊鏖戰，無暇顧及，脫不了身。
這些飛船陸續從星艦起飛，對天魔突擊隊實施最後一輪打擊，然後就飛去馳援了，三百艘飛船分三路對天魔打擊，王新操控著自己掌握的飛船，對自己這一路不要轟炸，然後平安度過了這波星係的反撲。
其它兩路就慘了，飛船是無差彆轟炸，震蕩波群扔到突破口，星艦內部有屏蔽層，可以保護中部和內部，其它兩路天魔士兵正在外部建立基地，向中部進軍，而王新這一營已經是進入中層，借助著屏蔽層，完美度過危機。
震蕩過後，另兩路是損失慘重，進攻暫時受挫，開始清理進攻通道，讓天魔士兵休整，充能準備重新攻擊。
王新這邊巧妙引導星艦的幾隻秘密小隊，成功和緊急處置小隊交手，而師尊也是吸引一個小隊穿插遊走，徹底將局麵搞亂。
王新在靈智粒子解析完主係統的能源和通信後，開始切斷掌握的能源供給，削弱星艦的反應能力，向深處核心區域前進，將幾支秘密小隊甩在身後，莉莉絲小隊也在配合師尊，二對一有把握。
主係統發現了能源短缺，物理防禦衛兵前來搜尋，靈智粒子是第一次和物理防禦衛兵交手，好在是又升階過，能夠抵住對方源源不斷的能量粒子攻擊，又有大量的單兵王35輔助，不斷攻克能源倉，切斷對方的能源借給，終於是再下三處能源倉後，物理防禦衛兵也後繼無力了。
擺在王新的前麵就是星艦的核心了，核心遭到了攻擊，秘密小隊也被召回，係統的終極保護啟動，中層區域一步步放棄，星係方麵開始收縮，然後將核心部分封閉，切斷與外部的聯係，達到自保。
同時外部區域開始自爆啟動，這是要切割多餘的部分，斷尾求生啊。
另外兩個方向的先鋒營被阻隔開，隻能讓開位置讓主力艦主炮攻擊，這需要一些時間。
王新這一隊成功進入核心區域，但是到處是回縮回來的星係部隊，暫時有點編製上的混亂，亂中才能取勝，王新利用主係統中靈智粒子的靜默隱蔽，得到了新的識彆碼和編製情況，有了答案去做題，簡單很多，一層層向核心前進，與此同時另外的秘密小隊也在靠近，這是要將核心區域徹底封閉起來。
而支支援的星係飛船在途中遭到了天魔飛船和護衛艦的埋伏，猝不及防之下，王新掌控的飛船也損失了三十多艘，立刻讓飛船們脫離埋伏，保存些實力，不然之後他們這一營將有可能沒有太空保駕的力量。
接連又損失了幾十艘飛船，王新可操控的飛船直接變成了四十艘，麵對護衛艦的強力打擊和天魔飛船的預先攻擊，星係方麵是損失慘重，最後大約有幾十艘自殺式攻擊，斷後成功，一百多艘飛船帶傷回援太空堡壘。
王新收到數據是心又痛了一次，自己掌握的飛船被消滅，靈智粒子還可以依附其它飛船，而單兵王就很少能夠成功脫離，依附於係統太深。
如果是單兵王35就可以解決這個問題，可惜都在星艦係統中，和靈智粒子在入侵指揮係統，這也是核心中的核心，靈智粒子進入核心係統才發現，這裡的防禦是超強的，可分段移動的防禦衛兵，擁有物理防禦的強悍和係統移動的靈活，靈智粒子根本就不能將其直接複製同化或改造。
一個新的難題出現了，這關係到之後去攻打太空堡壘麵臨的同樣問題！
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