臨走前，小剛再次向喬伊小姐告白，也再次毫無意外地被發出魔性笑聲的蛙哥用毒擊乾倒並拖走。
就這樣，尼比道館史上最大的危機被解決了。
而另一邊，與小光和小剛都分彆了的小智，回到了真新鎮的家裡。
在跟媽媽花子，還有大木博士，以及寄放在大木研究所後院裡的寶可夢們打過招呼後，小智在家裡待了幾天。
這次的神奧地區之旅大約過了7個月的時間，從自己穿越過來到現在，已經過了整整兩年零8個月左右了。
幾天後，大木博士來找小智和花子，說是他應邀要去合眾地區出席一個學術會議，要前往合眾地區。
而在會議之外的時間，都是空閒時間，所以想要邀請小智和花子一起去旅行。
花子和小智都表示願意。
花子是因為很久沒有一起出去旅行了，而小智則是身不由己，他本來是不太想去合眾地區的，
但是因為寶可夢檢察組織最近改革了，更名為寶可夢監察局，pokéency，簡稱為pia。
仍然隸屬於寶可夢聯盟，小智不僅職位沒變，還升了一級。
並且組織上得知合眾地區當地的等離子團最近正在蠢蠢欲動，所以派遣小智前往合眾地區搗毀它。
小智當即接令。
合眾地區，是位置相較關都，城都，豐緣和神奧地區都非常遙遠的一個地區。
其海上有一個藍莓學園。
其名字，意為在合眾地區，雖然有多種多樣的寶可夢，多種多樣的人，但大家都作為生物共處同一種生態係。
與其設計原型的國家一樣。
合眾地區被河流分隔成中央區域，東方的半島與西方的陸地，河川本身則通往南方的海洋。
除了村莊橋周邊地方以外，由於橋梁較高，人們不能在河裡衝浪。
天箭橋，帆巴吊橋，圓筒橋，奇幻橋和村莊橋五條橋梁分彆從中央區域通向東西兩邊。
有兩個道館位於東南區域，對想要參賽聯盟的訓練家很重要。
東北區域則偏向休閒觀光。
中央區域包含了和眾兩座最大的城市飛雲市和雷文市，以及正北方的雙龍市，這三個城市都設有道館。
西方區域包含一些中型城市，這裡能看到和其他區域不相同的風景。
西方區域也有三個道館，是寶可夢訓練家必須前往的地區。
合眾地區包括鄉村與城區，有十五個各有特色的聚落。
很多城市建有像現實世界的建築物，如三曜市和飛雲市。
而其它城市則更接近其他地區中的城市，例如合眾最大的都市飛雲市，紅豆杉博士居住的鹿子鎮等等。
雖然合眾地區的技術似乎比其他地區較先進，但是區域之間的發展並不平衡。
本來我很是不想寫合眾地區的，因為合眾地區的動畫質量在所有寶可夢動畫中是墊底的存在，直到旅途動畫出來之後，超級願望才榮升為倒數第二。
而且後麵的卡洛斯地區實在是太亮眼了，但還是寫吧，我不喜歡不代表你們不喜歡，苦了我也不能苦了你們啊。