此次行動，以等離子隊的完勝而告終。
見到有等離子隊的人來攪局，小智幾人也不得不放棄行動，先逃離大廈。
五分鐘後，憤怒的阪木在安全地帶大罵富林多等人無能，竟然會讓等離子隊的人潛伏進來，而且晚夜隕石的碎片還被搶走了。
富林多當即跪地請罪，並且主動提出要將功贖罪，帶人乘著直升機追了上去，誓要奪回晚夜隕石碎片。
等離子隊的人本想開著直升機直接開回總部，但是在半路上被火箭隊的人追上，
雙方展開了一場激烈的空戰，各自的損失都不小。
與此同時，小智等人正坐在帥哥的直升機上，饒有興致地看著麵前這狗咬狗的一幕，
不管是哪一方贏了，小智都開心，最好是打個兩敗俱傷。
但是，在雙方激戰的過程中，強大的能量波動影響到了晚夜隕石，
這使得隕石內的能量爆發出來，其能量之強，讓等離子隊的隊員們不得不暫時先在附近地麵上的一個廢棄機場裡降落。
空戰打完，火箭隊的人也跟著降落，並與等離子隊的人在地麵上展開激烈戰鬥。
帥哥也操縱著直升機降落，幾人躲起來，打算來個鷸蚌相爭，漁人得利。
幾分鐘後，由國際刑警組織的警員們，君莎小姐手下的合眾地區的警員們，還有pia組織的成員們，三大組織的成員組成的大部隊趕到。
小智一行人跟大部隊彙合後，留下一個小隊保護鬥子，鳴依，紅豆杉博士等非戰鬥人員之後，小智便帶人發動攻擊，一馬當先，身先士卒。
小智，君莎小姐，帥哥，三人各自帶領各自組織的部隊，同時對火箭隊和等離子隊發起攻擊，
霎時間，三方大會戰一觸即發。
等離子隊一方敗退最快，因為他們在現場的最高級人員就隻是一個小乾部，
首領魁奇思，太子爺n，博士兼智囊阿克羅瑪，七賢人，黑暗鐵三角等等高級人員一個都沒到場參戰。
而火箭隊那邊也沒好到哪裡去，最強戰力也就一個不擅戰鬥的富林多，阪木和其他人都還沒來。
現場根本就沒有人是小智的一合之敵，
小智派出皮卡丘，噴火龍，蜥蜴王，路卡利歐，耿鬼，巨金怪，在反派陣營當中大殺四方，
小智本人也手握波導彈，殺了個七進七出。
一切都在朝好的方向發展，但是，在激戰過程當中，
小智的皮卡丘卻不小心被晚夜隕石活性化途中溢出的能量擊中，
被奇跡般的光芒附著的皮卡丘，技能威力也得到了大幅提升，
擔心皮卡丘不知道會不會出事的小智急忙抱著皮卡丘下火線，退回後方。
經過紅豆杉博士的檢查，發現是因為皮卡丘吸收了晚夜隕石的部分能量。
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