秦國朝堂，君臣議事。
秦王聞聽王猛之諫，大悟而喜：先生之計大妙。若非王公提醒，朕幾自誤！
因此馬上改口，即從燕使之請，遣洛州刺史鄧羌引兩萬精卒前來救燕。
初秋七月，燕國大將慕容垂、傅末波率八萬大軍前來抵抗晉軍，兩軍對峙於枋頭。諸將見晉軍勢大，各懷懼意，紛紛議論，莫衷一是。
司徒左長史申胤說道：以桓溫聲勢，似能有為者。然由我觀之，其必無成功。
黃門侍郎封孚大奇，問道：公何謂如此？
申胤：晉室衰弱，桓溫**其國，朝臣皆不與同心，必將乖阻以敗其事。桓溫又驕而恃眾，怯於應變。今既驅大軍深入，需知兵貴神速，彼卻乾犯兵家大忌，值此可乘之機，反倒逍遙於中流，不趨其利，反欲持久，坐取其勝，天下寧有此事哉！若遷延時日，從秋至冬，休說水枯舟滯，便是糧草一旦不繼，則必不戰自潰，此自然之數也，某故預知其敗。
封孚聽罷此論，大為讚佩。
慕容垂升帳，謂諸將道：國事危矣，惟有決死一戰。公等各宜儘心竭力，以報朝廷。
諸將：便請殿下派將，我等無不從命。
慕容垂點頭，喚過範陽王慕容德：桓溫大兵儘集於此，糧草需經漕運，必經石門運來。將軍可引重兵前去緊守石門，不必與之出戰，隻需令其糧草不入，便是大功一件。
慕容德領命，自引一萬精兵去了。
慕容垂又取第二支大令，付予偏將軍李邽：桓溫若見石門不通，必使人從旱陸運糧。將軍可引一軍抄山徑險道，埋伏於險隘，務必儘得其糧草，以供我軍使用。
李邽得令，自引本部軍兼道埋伏去了。
先說慕容德一路，引一萬兵至於石門，晉軍尚未到達。
慕容德謂部將慕容宙道：將軍可引一千軍前去哨探，能戰則戰，不能戰則回。
慕容宙：晉軍向來輕佻，怯於攻堅陷陣，追擊逃兵時又不計其敗。某可引少數軍去，則必能誘其前來。
慕容德稱善，便使其引二百輕騎前去哨探，將餘軍分作三處埋伏。
慕容宙依計而行，引二百輕騎前哨至五六十裡，果遇袁真引前鋒大軍前來，二軍相遇。袁真見燕軍兵少，儘驅大軍來戰，慕容宙稍一接戰，回馬便走。
袁真揮兵奮追，未出三四十裡，燕軍伏兵大起，慕容宙複引二百騎回戰。袁真兵大敗走回，又被燕軍伏兵出截，三下夾攻。
袁真隻顧單騎逃回本營，然後收攏餘眾，見折去五千人馬，於是士氣大挫。
桓溫聞報石門兵敗，不驚反怒，於是令將戰船停於黃河北岸，引步軍皆都上岸列陣。
慕容垂聞晉軍登岸，亦領軍出，兩軍在河岸對圓。
桓溫領先出馬，單叫慕容垂出陣，以馬鞭點其額而叫道：某出兵不到百日，已儘得淮北及徐、豫二州，兵指鄴都，不足百裡。今大兵至此，你胡虜焉敢對抗天朝？識時務者，若能舉國以降，尚不失封公封侯之位也。
慕容垂並不發怒，從容笑答：公不聞強弩之末，其勢不能穿魯縞者耶？趁此河中有水，公若退兵尚留臉麵，若遲些時，恐片甲不歸，悔之何及！
桓溫大怒，回首問道：誰敢出馬，與我擒此逆賊？
先鋒軍中有燕國降將段思，乃被廢太妃段氏之弟，一見慕容垂兩眼冒火，挺槍而出，叫道：讓某見此頭陣，取慕容氏首級，與我家姊報仇。
桓溫允之，撥馬回陣觀戰。
慕容垂見來者是段思，不由大怒，便要親自出戰，擒此叛國之賊。
隻聽背後馬掛鸞鈴響處，似一聲炸雷響在耳邊道：殺雞焉用宰牛刀，有事末將服其勞。殿下請退，將此賣國之賊交予咱家！
一騎踏雪烏騅飛馳而至，讓過慕容垂，攔住段思，交馬隻一合，已將段思擒拿過鞍，複回馬回陣，將段思擲於地上，令軍士綁了。自出馬至擒將回陣，直瞬間之事。
兩軍皆大駭，慕容垂看時，見出馬者正是參軍愛將悉羅騰。
桓溫大驚失色，回顧左右：彼軍中竟有如此猛將耶？爾等原外國降將，不可輕易臨陣，枉自壞了性命，且損我軍威。
話音未落，軍中惱了一人，也不請令，暴叫聲中出馬，直入敵方軍陣，從斜刺裡向悉羅騰背後殺至，欲搶回被擒段思。
桓溫及諸將看時，卻是原後趙降將李述。想是不忿桓溫方才之語，這才奮勇而出。
說時遲，那時快，頃刻之間，李述已至敵軍陣前，手中一杆銀槍隻在悉羅騰背心弄影。燕軍一齊鼓噪，有人叫道：將軍小心背後，有人暗算！
悉羅騰在馬上回身，大叫一聲，使一招順水推舟春秋刀法，寒光閃處，李述首級已離身而起，旋轉飛向空中，與屍身同時砰然落地。
李述坐下馬背上無主，跑回本陣，連主人也不要了。
桓溫見瞬間折了兩員上將，不由心中著慌。
慕容垂將手中鞭梢一指，令擊鼓吹號而進，上前衝殺。晉軍大敗，保著主將桓溫走奔回船，駛離江岸，燕軍這才不追，得勝還營。
桓溫見首戰不利，於是引軍還於南岸，二軍複又相持。
轉眼之間，已入仲秋，天旱不雨。果不出郗超所料，汶水、清水及新開三百裡河道漸淺，運行不暢，隻容小舟往來。
桓溫倒也不慌，命令豫州刺史袁真，引本部軍進攻譙郡、梁國，鑿通石門，連接睢水與黃河，用以運糧。
袁真領命，亦欲將功折罪，於是引兵力戰，不幾日即克譙郡、梁國，但因工程浩大，石門一時未能鑿開。
慕容垂小勝數陣，已扭轉屢敗之勢，穩住陣角軍心。此時見桓溫久持不戰，料其必是分兵前往石門。慕容垂於是將計就計，命在大營中多增鼓角，虛插旌旗，並令一千騎兵分為兩班，每日輪換，在江岸驅馳挑戰，以惑晉軍；卻暗將手中大部騎兵一萬五千人儘行交付己弟慕容德，令其趁夜潛行，越出桓溫之後，直逼石門，以阻撓晉軍開鑿水路。
自己仍然留守枋頭，以牽製桓溫本部大軍。
桓溫因見燕軍每日搦戰，且有時慕容垂親出躍馬江岸，故此絲毫不疑，隻在寨中淺斟慢酌，等待袁真捷報，一麵遣使回朝催促糧草。
轉眼又至九月暮秋，慕容德到達滎陽，與袁真戰於石門。
袁真未料燕軍竟忽然在此出現，倉促持兵迎之，一陣而潰，狼狽逃回譙郡。事到如今，鑿通石門方案完全失敗。
石門兵敗消息傳至枋頭大營，桓溫長歎一聲，後悔不及。此時前進不得，糧草將儘，不敢坐困於此，隻得下令悄悄收拾，預備全師而退。
十九日，因水淺難以行舟，桓溫命令焚燒艦船輜重，全軍棄舟登岸，由陸路向南撤退。恐燕軍聞信來追，於是安排大將各引精兵斷後，緩緩而退。
前燕眾將見南岸火光大起，晉軍船艦儘焚，急入帳請戰：桓溫**戰船，必是糧儘退軍。請殿下發令急追，必擒桓溫，一戰而定。
慕容垂笑道：桓溫極善用兵，諸公不可造次。其大軍初退惶恐，必嚴設警備，簡其精銳以為後拒。我等此時擊之未必得誌，且有敗兵之憂，不如緩之。彼若慶幸我軍並未追來，必儘撤其伏而晝夜疾趨；我俟其士眾力儘氣衰之時，然後引輕騎擊之，則無不克。
於是整點軍馬，趁黃河斷流引三軍涉溪而渡，進軍河南，並使人兼程南下，於路放出風來，說晉軍南撤途中河流、水井，都已被慕容德率騎軍下過毒藥。
桓溫聞之，雖有猶疑，但寧信其有，不信其無，命令士兵遠離河流，鑿井而飲。
如此桓溫大軍一麵撤退，一麵遺井與追擊燕軍，南撤七百裡。
慕容垂聞而大喜，將步兵輜重皆留之於後，隻親率八千騎兵在後麵慢慢跟隨，與桓溫亦步亦趨。晉軍以為燕軍不敢深入，於是整隊探路而行，每日隻走五六十裡。
如此走了十多日，終至襄邑。晉軍眼見淮河在望，乃心中大定，不複防備。
桓溫到此，亦長舒一口氣，見天色已晚，下令就地臨水傍林結營，休息一宵，明早起行。
三軍安營已畢，爭鍋奪灶，一陣喧鬨，傳餐方罷便即進帳，放倒身軀便睡。因連日行軍鑿井，皆疲累已極，又見將及故國，故各營諸將皆鹿角不豎，崗哨不設，放心大膽已極。
當夜將至三更，忽聞馬蹄頓地而來，猶如地動山搖。
慕容垂引八千久逸精騎奔到，直殺入晉營放火殺人，便似砍瓜切菜，輕易至極。
晉軍直被斬殺萬餘，方猛醒披衣應戰，睜眼看時，四麵皆是燕國鐵騎，眼前儘為滴血馬刀，自家軍將殘肢斷臂，零落滿地；中傷士眾，倒地輾轉呼號——怎一個慘字堪說！
早有部將趁亂，從睡臥中扯出大將軍桓溫；來不及頂盔貫甲，隻扯過一床毛氈，胡亂裹在身上，扶其上馬，不分東西南北，隻望著淮水狂奔。
晉軍損兵萬餘，此時猛醒，餘眾仗著地埋精熟，亦隨後向南奔逃，慕容垂追之不及。
桓溫眼見河岸在望，自知河中必有自家戰船，於是心中大定，緩下馬來，以等後麵步軍。正在此時，路左忽然響起一通火炮，號角長鳴。
炮號聲裡，密林中一彪騎兵奔上坡來，迎麵截住晉軍，不分青紅皂白，又是一通狂殺。桓溫大驚，急問是何處兵馬。
親軍來報：是燕國騎兵，旗號上書燕驃騎將軍慕容字樣，乃是慕容德兵馬殺來也！
桓溫驚呼：此賊不在滎陽，卻如何卻到了這裡？如此，孤命休矣！
原來早在桓溫南撤之時，慕容德見袁真被自己所敗，則晉軍糧道已斷，必然南返敗撤，故率騎兵星夜兼程，早早趕到襄邑設伏以待，至此已等了十日之久。
其未料晉軍行程如此之慢，桓溫若再不來時，正欲引軍北返，卻於此時等個正著。
桓溫正在危急之間，一彪人馬從斜刺裡殺來，蕩開慕容德騎兵。
為首大將正是前鋒都督袁真，叫道：主公快走，某來斷後！
慕容德這一陣好殺！直殺得人頭滾滾，血滿溝渠，晉軍又折三萬。
到至江邊，桓溫回顧部眾，僅餘七八千人。由是心中淒惶，令人催軍前行，步軍疲累至極，卻已走之不動。桓溫無奈，令眾軍坐於泥地裡稍息，以待後軍。
正在這時，忽聽後麵鼓聲動地，不知又有哪裡兵來，左右皆驚駭欲死，複催軍起身。眾軍不起，桓溫令禁軍以馬鞭抽之，卻是抽起這個，那個複又坐倒，怨天恨地。
隻見一軍飛來，為首者正是郗超，叫道：秦王苻堅遣苟池、鄧羌二將來接應燕軍，從洛陽殺來，我三萬軍皆被其與燕軍絞殺。今袁真將軍拚死殿後，若再不走，俱為齏粉矣。
晉軍聽了，無須再加鞭打，爬起來就逃。
後麵秦軍果來，又被裹去三千步卒，隻餘五千兵馬，回至譙城。秦兵追殺二十餘裡，收兵還國，桓溫隻得收集散卒，屯於山陽。
燕軍還師歸國，舉國歡騰。慕容恪乘勝揮軍西進，略地至崤穀、澠池。
燕王隨即以慕容築為洛州刺史，鎮守金墉，慕容垂都督荊、揚、洛、徐、兗、豫、雍、益、涼、秦十州諸軍事，鎮守魯陽。
桓溫深以此敗為恥，又恐朝廷見責，於是使人上疏，皆歸過於袁真，稱其為前鋒總督失略，致敗三軍，宜問重罪，念其前功，可貶為庶人。
晉帝從奏，詔命黜袁真為庶人，複令桓溫還於本鎮。
袁真軍為桓溫指揮所誤，後又拚死救他性命，至此反為所讒，自然大怒。
遂據壽春叛變，並暗中勾結秦、燕二國，欲儘奪淮南之地。
至此朝廷大慌，複恐桓溫亦因羞惱而反，不但不敢追究兵敗之責，另命侍中羅含帶牛酒於路勞軍，並命其子桓熙為豫州刺史。
桓溫遂先還軍江陵，後又移鎮廣陵。
燕主慕容暐聞袁真寄書來降，不由大喜，詔署其為使持節、散騎常侍、都督淮南諸軍事、征南大將軍、領護南蠻校尉、揚州刺史，封宣城公。
袁真二子袁雙之、袁愛之分彆殺梁國內史朱憲、汝南內史朱斌，亦舉兵叛晉。
來年二月癸酉，袁真不幸病死。陳郡太守朱輔立袁真之子袁瑾繼嗣，自稱豫州刺史，固守壽陽，求救於燕主慕容暐。
夏四月辛未，桓溫部將竺瑤攻擊袁瑾於武丘；八月癸醜，桓溫再擊袁瑾於壽陽。
太和六年春正月，秦王苻堅遣大將王鑒、張蠔來援袁瑾，卻被桓溫部將桓伊、桓石虔擊敗。不久桓溫攻破壽春，俘獲袁瑾。
於是命造檻車，將袁瑾、朱輔及其宗族數十人全部送往建康斬首。袁瑾妻女被賞賜將士為奴，其所侍養之數百乞活軍則被活埋。
從此豫州徹底落入桓溫之手，桓溫再次掌握建康北門鎖鑰。
曆史真相：桓溫自負才能過人，久懷異誌，因此屢次發動北伐，望效當初魏武帝曹操，先為國家建立功勳，然後回朝接受九錫，從而奪取政權。前兩次得勝即歸，不能徹底鞏固戰果，是恐自己長期遠離朝廷，被朝中大臣反製。但因至此第三次北伐失敗，桓溫在朝中便聲望大減，終至圖謀不成。
壽春之戰後，桓溫曾問郗超：此勝可雪枋頭兵敗之恥乎？
郗超搖頭道：未也。將軍不如效仿伊、霍，廢立皇帝，以重立威權。
桓溫甚善其言，至此方知郗超對自己十分忠誠，並未因自己奪其父軍心懷恨怨。
太和六年十一月，桓溫帶兵入朝，劍履上殿，威逼褚太後廢除司馬奕帝位。百官凜懼，並無一個敢言。
褚太後大驚問道：皇帝並無過錯，何無故廢之？
桓溫：天子驕奢淫侈，縱欲傷身，患有瘺病，滿朝皆知。因其無後，卻使寵臣相龍、計好、朱炅寶等人與後宮美人私通，所生三子，皆充皇子建儲為王。如此汙穢宮掖，傾頹社稷，混淆王嗣，如何容得？
司馬奕因縱欲患有瘺病是實，褚太後反駁不得，且懼桓溫之勢，隻得集百官於朝堂，詔廢司馬奕為東海王。
而後桓溫親率百官至會稽王邸，迎司馬昱入朝，擁立為帝，是為簡文帝，改元鹹安。
桓溫既行廢立，自思權臣惡名已經坐實，遂對朝中異己力量大加廢徙。
武陵王司馬曦好習武事，又在朝中擔任太宰重職，桓溫便以“聚納輕剽，苞藏亡命”為由彈劾，免去司馬曦與其子官職，令其返回封國。又逼新蔡王司馬晃自首，稱與司馬曦、司馬綜、著作郎殷涓、太宰長史庾倩、散騎常侍庾柔等人謀反，將其收付廷尉，請予誅殺。
簡文帝不許，但終將司馬曦、司馬晃廢為庶人，殷涓、庾倩、庾柔等人皆被族誅。
潁川庾氏乃是晉朝高門望族，勢力強盛，庾希、庾倩等兄弟六人皆為朝中顯貴，深為桓溫所忌；庾倩、庾柔被誅後，庾蘊飲鴆自儘，庾希則與弟庾邈、子庾攸之逃入海陵陂澤。
青州刺史武沈是庾希表兄，暗中為其供應糧餉。