一、《黃帝八十一難經》
簡稱《難經》或《八十一難》。舊題秦越人撰，該書不但《史記·扁鵲倉公列傳》未提及，劉向、劉歆父子及李柱國校醫書時也不曾記載，直到東漢未年張仲景著《傷寒雜病論》時才在序文中提到《八十一難》，三國時吳太醫令呂廣是最早主譯《難經》的人。因此，研究者多認為：《難經》成書西漢末期至東漢之間。該書也帶有這一時期某些文化印記。《難經》共3卷（一說5卷），是一部以問難形式解釋古醫藥的理論著作：關於《難經》書名的含義。曆代學者有著不同的理解和認識，一種觀點認為，以“難”字作為問難之“難（nan，發音為四聲）”，清·徐靈胎《難經經釋·自序》說：“以靈素之微言奧旨，引端未發者，設為問答之語，俾暢厥義也。”另一種觀點認為，以“難”字作為難易之“難（nan，音同“男”，二聲）”。唐·楊玄操《難經注·序》說：“名為八十一難，以其理趣深遠，非卒易了故也。”以上兩種理解都有其代表性，從該書體例和文義分析，前一種說法似更符《難經》一書內容之本義。
《難經》的基本內容包括脈診、臟腑、陰陽、五行、病能、營衛、俞穴、針灸、以及三焦、命門、奇經八脈等理論疑難問題。涉及到人體正常生理、解剖、疾病、證侯、診斷、針灸與治療，以及陰陽五行學說等種種疑難問題的論述，內容十分豐富，在闡發中醫學基本理論方麵占有重要的地位。
《難經》現存本以明經廠刻醫要集覽本與日本武村市兵衛刻宋·王九思《黃帝八十一難》集注本等較早，曆代注釋，發揮者約50家。
《難經》不但在理論方麵豐富了祖國醫藥學的內容，而且在臨床方麵頗多論述，除針灸之外，還提出了傷寒有五的理論，對後世傷寒學說與溫病學說的發展產生了一定的影響。《難經》對診斷學、針灸學的論述也一直被醫家所遵循，對曆代醫學家理論思維和醫理研究有著廣泛而深遠的影響。
二、《神農本草經》
又名《神農本草》，簡稱《本草經》、《本經》，是一部重要的藥物學典籍。最早被梁《七錄》所著錄，六朝文獻中也有一些關於此書的引述，梁·陶弘景《本草經集注》中指出：“舊說稱神農本經，餘以為信然，……今之所存，有此四卷，是其本經，所出郡縣乃後漢時製，疑仲景元華等所記。”雖未署撰寫者姓名和年代，但書中所記載藥物郡縣產地名稱最晚的設置是“永昌”郡（見木香、犀角、波子等條），《後漢書，明帝紀》：“永平十二月春下月，益州激外夷哀牢王相率內屬，於是置永昌郡，罷益州西部都尉。”因此，不少學者據以認為《神衣本草經》成書當不早於東漢。同時，必須指出，《神家本草經》的藥物產地更多記有先秦古地名、秦漢地名等，也反映了該書的形成是一個不斷完善和繼承發展的過程。說明《神農本草經》的成書恐非一時一人之手，在秦漢之際或先秦已有該書原始資料是正確的，但若認為該書已成於此期，則尚乏較充分的根據，《漢書·藝文誌》未載該書，但東漢時期神仙方術、服石煉丹盛行時期的印記多處可見。
《神衣本草經》分為”序錄”（1卷）和正文（3卷）兩大部分，“序錄”是關於藥物學的總論，論述了上、中、下品分類、藥物的君臣佐使；七情合和、性味產地、真偽鑒彆、各種劑型、臨床用藥宜忌、用藥劑量、服藥時間、諸藥製使等，正文部分以三品逐一對360種藥物的名稱、性味、主治病證、產地（山、穀、川、澤等）、彆名，進行分類記述。
《神衣本草經》經過長期的輾轉傳抄，有《神農本草》、《神農本經》、《神農藥經》、《神農經》、《本草經》、《本草》、《本經》、《正經》、等不同名稱。
三、《治百病方》
1972年11月，在甘肅武威旱灘坡發掘了一座墓葬，經研究鑒定，墓主人可能是一位年長的醫生，隨葬品除醫藥簡牘外，還有鳩首仗、五銖錢等，其時代當是東漢早期，共有92枚手寫醫藥簡牘，初名《武威漢代醫商》，但因簡中有“治百病方”的字樣，遂改名為《治百病方》。
《治百病方》內容相當廣泛，包括內、外、婦，兒、五官各科的疾病。記述了咳嗽、哮喘、傷寒、諸癃、血瘀、目疾、齒痛、耳聾、伏梁病、潰瘍、出血、痹證、久泄、不孕症；大麻瘋等病證的病因、病理、證侯。所載藥物近百種，其中植物藥63種、動物類藥12種、礦物藥16種，酒類等液體藥物9種。這些藥物有69種見於《神農本草經》，有11種見於《名醫彆錄》，還有20種未見於其它本草書記載。書中還記述了藥物的炮製，以及湯、丸、膏、散、醴、滴、栓等不同的劑型，共有醫方36首、有的方名標明是”公孫君方”、“建威耿將軍方”、“東海白水侯所奏男子有七疾七傷方”等，概為傳方人姓名及官職。在服藥時間上，有先飯、宿食旦飲、暮吞、吞等區彆。內服藥有酒飲、米汁飲、酢漿飲、鼓汁飲、含咽汁、醇酒和飲等。外用藥有敷目、塞耳、指摩、塗、灌鼻、塞鼻等。在針灸治療上，還記載了灸的的穴位，留針的方法，針灸宜忌與病人年齡關係。有的簡牘還記有藥價等。此外，有些方藥，醫療技術反映了匈奴等少數民族醫藥的一些經驗。
《治百病方》已體現了辨證論治的思想，尤其是同病異治的情況較多，組方配藥比較嚴謹，治療上藥物與針灸並重。本書不是一般的醫藥文獻整理之作，而是醫家實踐經驗和吸取當時醫藥經驗的總結。全書體例多為一病一方，每條條文列方名、病名或證候、藥方名稱、藥量、製藥、服法、禁忌等。涉及醫理論述則較少，比較樸實簡明。雖然《治百病方》篇幅不大，文字不多，但對研究漢代醫學有著重要的意義。
四、《傷寒雜病論》
東漢未年張仲景撰，漢末建安間，疫癘流行猖厥，死亡甚重，張仲景在論述自己編撰該書的背景、動機和依據時指出：“餘宗族素多，向徐二百，建安紀年以來，猶未十稔，其死亡者，三分有二，傷寒十居其七，感往昔之淪喪，傷橫夭之莫救，乃勤求古訓，博采眾方，撰用素問、九卷、八十一難、陰陽大論、胎臚藥錄，並平脈辨證，為《傷寒雜病論》，合十六卷”。此書撰成未久，即遭戰亂而散佚，後經太醫令玉叔和重新整理編次，得以流傳。林億等《傷寒論·序》說：“自仲景於今八百餘年，惟王叔和能學之。”晉·皇甫謐認為：“近代太醫令王叔和撰次仲景選論甚精，指事施用”：宋·李昉《太平禦覽》引高湛的觀點：“王叔和編次張仲景方論，編為三十六卷，大行於世”：明清醫學家也多給予肯定和讚成。因此，學者多認為《傷寒雜病論》——分為《傷寒論》與《金匱要路》二書者，乃王叔和整理之功。此後，該書的書名、卷數及分合屢有變更，至北宋初，始見書分為二。“開寶中，節度使高繼衝曾編錄進上，其文理舛錯，未嘗考證。”此指《傷寒論》，又，“翰林學士王洙在館閣日，於蠹簡中得仲景《金匱玉函要略方》三卷。上則辨傷寒；中則論雜病，下則載其方，並療婦人”（孫奇等，《金匱要略方·序》），此為《金匱要咯》的祖本。英宗治平二年（1065），校正醫書局孫奇、林億等重加訂定，即成為宋以後所廣泛流傳的《傷寒論》和《金匱要略》二書，前者專論傷寒，後者專論雜病。至於《傷寒雜病論》與一分為二的宋以前原貌，已不可確知。
《傷寒論》全書10卷，22篇。六經病脈證並治是該書的主要組成部分，是專門討論急性外感熱病——傷寒病的專著。張仲景吸取了《素問·熱論》中的六經分證法，以六經為綱。將病者的病狀、脈候，根據其虛實表裡寒熱來劃分為六個不同的病類，三陰三陽內連臟俯，外屬經絡，由於邪氣強弱以及病人體質的不同，又有不傳、直中、循經傳、越經傳以及合病、並病等不同情況，確立了傷寒病辨證的綱領。在治療方麵，依據其四診八綱所得的資料以及病因病理認識，確定治療大法，將汗下吐和溫清補消八法靈活地運用於治療過程之中，或單用，或同用，立法謹嚴，然後選方用藥，用藥80餘種，其方劑多選藥精當，配伍有度，主治明確，療效顯著，被後世人尊為“經方”。由於《傷寒論》的巨大成就，後世研究者很多。其注本約有成無已係（《注解傷寒論》）、方、喻係（方有執《傷寒論條辨》、喻嘉言《尚論篇》）、錢塘二張係（張誌聰《傷寒論集注》、張錫駒《傷寒論直解》）三大注本體係。曆代包括日本等注釋、發揮、方論、歌括、雜著等670餘家，足見其影響之大。
《金匱要略方論》，簡稱《金匱要略》，係討論內傷雜病的專著。全書3卷，25篇，係統論述了急性熱病之外的各科、各類疾病之病證的理、法、方、藥等。第一篇為臟腑經絡先後病脈證，是全書立論基礎，主要是以臟腑經絡學說為基礎，闡明各類證侯的發生變化及其與臟腑經絡的關係。第二至第二十二篇分彆論述百合狐惑陰陽毒病、瘧病、中風曆節病、以及妊娠病、產後病、婦人雜病等20餘種、類病證。所述病證以內科雜病為主，兼及外科婦科病證各有專篇。在病因方麵，《金匱要略》明確地劃分為三類，認為：“千般難，不越三條：一者，經絡受邪入臟腑為內所因也；二者，四肢九竅，血脈相傳，壅塞不通，為外皮膚所中也；三者，房室、金刃、蟲獸所傷。以此詳之，病由都儘。”對後世病因學說有直接啟示。
《金匱要略》現存最早版本為元刻，注本頗多。以元代趙以德的《金匱方論衍義》較早，而以清·尤怡的《金匱要略心典》最為著名，據統計曆代注釋、發揮、方論及歌括也有百餘家之多。
《傷寒論》、《金匱要略》不但在國內曆代注家、研究著作有數百家之多，為曆代研究、治療急性熱病的醫學家所遵循，成為他們發展、發揮醫學理論和醫療技術的基礎、依據和教育後學的課本。在國外也有著廣泛而深入的影響，例如日本，不但收藏和刻刊許多《傷寒論》之珍本，並由日本再傳中國而發揮了巨大的影響，而且日本學者研究、注釋《傷寒論》的著作，僅就先後傳到中國而現存者也有60多家。再如《金匱要略》較好版本也有收藏於日本者，日刻本也不少，日本醫學家之研究《金匱要略》而有專著流傳至中國者，有10餘種之多。關於將《傷寒論》《金匱要略》並作重編、方論者，日本名家之專著並流傳中國者有近20種，由此可見張仲景《傷寒論》與《金匱要略》在日本的影響之廣泛和深遠。在日本現代醫學昌盛的今天，日本學者仍給予張仲景《傷寒雜病論》的研究以特殊的重視，許多醫學家在臨床醫療中，仍然十分重視該書原有方之應用，並取得很好效果，運用該書中成方製造的成藥，也為日本醫界所信賴。