三國以後，與外國的陸上、海上交通均已逐漸發達，交往逐漸開展，其間自然也帶來了醫藥衛生方麵的交往。
一、中印醫學交流
中印兩國，都是古代的文明古國，各有自己的民族文化。兩國的醫學在古代都已十分發達。早在後漢時期波斯籍佛徒安世高開始翻譯佛經，其中即有涉及醫學的一些內容，如關於胚胎發育的內容，就出現在《地道經》中。古印度醫學是吠陀時期出現的，稱為“壽命吠陀”，或稱阿輸吠陀，其內容大致有八個方麵，體現在後代古印度醫學遺留的一些醫學著作中如伐八他氏（vagbhata）的《八支心要集》，此八支的內容包括內科，又稱身病醫方又稱之為身患），外科，小外科又稱利器醫方，鬼病方科，小兒科或稱看童法，毒藥科又稱惡揭陀藥科論，亦即解毒學，長壽科及性醫學。由於兩晉時代佛學已經陸續輸入我國，而古代印度佛學中有五明學，其中之工巧明即包括壽命吠陀在內，這就難怪兩晉以後，印度醫學曾在我國產生一定的反響。如佛學講究四大學說，葛洪《肘後備急方》經梁陶弘景整理後，就把它更名為《補闕肘後百一方》，並且提出：“人用四大成身，一大輒有一百一病，是故深宜自想。”這些都是受印度的“四大”學說的影響的。我國對印度的醫學上曾有過一些影響，如六世紀的高僧宋雲在其《行紀》中，就介紹了華佗醫術在印度傳播的情況。我國的藥物，早就通過絲綢之路輸入印度，被譽為“神州上藥”，這從唐代僧人赴印度取經歸來所寫的著作中可以見到。
二、中日醫學交流
中國與日本是一衣帶水的鄰邦，早就有友好往來。早期的日本在與中醫學的接觸方麵，主要是通過古代朝鮮進行的，其後，我國與日本的往來就比較頻繁。日人木宮泰彥在《日中文化交流史》中指出：“《宋書》和《南史》中所載日本和南朝的往來雖然主要出自政治關係，而來往於漢人的文化中樞南朝首都建康前後既達八次之多，親眼看到中國宮庭中莊嚴的儀式禮節和漢人的燦爛的文化生活，必然帶回一些新知識，對日本文化的發展發生很大的影響。應該說，在本時期的早期，中醫時日本的影響主要是間接的，如日本仁德天皇時，當時朝鮮的韓醫方即傳入日本”。（史世勤《中醫傳日史略》，華中師範大學出版社1991），後來，允恭天皇、雄略天皇（五世紀）、欽明天皇（六世紀）曾先後向朝鮮求醫，有的是因為皇室成員或天皇本人患病，有的是時疫病流行。朝鮮曾應請分彆派出金波鎮、漢紀武及其他醫家去日，以“韓醫方”開展治療，而當時之韓醫方即是中藥為主的醫療體係。
公元562年，日本欽明天皇時期，吳人知聰攜《明堂圖》共一百六十四卷到日本，對該國後來古代醫學，尤其是針灸醫學的發展，產生重要影響。此後，日本的醫學發展很快，出現了一些著名的醫家和醫著，如公元808年出雲廣員的《大同類聚方》，是為最早的日本漢醫方，深江輔仁有《掌中要方》、《本草和名》等，也都較有影響，其他醫家還有和氣廣世、小野根藏等，也都是有名漢方醫家。這些都與這時期漢醫方的傳入所打下的基礎密切相關。
三、中朝醫藥交流
中朝兩國山水相連，自古以來文化交流十分密切，早在西漢時期，中國與朝鮮之間醫、藥、衛生等方麵交流已經開始。
中朝醫藥交流到了兩晉南北朝時期更頻繁和深入。早在公元四世紀中葉，中國僧侶順道、阿道、摩羅難陀和墨胡子等攜漢譯文佛經相繼到高句麗（公元372年）、百濟（公元384年）和新羅（公元422年）。由於佛典“五明”中就有“醫方明”，所以僧侶本身知醫藥會施療（金鬥鐘：《韓國醫學史》，第42，36，37，41，48頁，韓國探求堂，1966年版）。
據朝鮮《三國遺事》卷三“順道肇麗”，“阿道基羅”條的記載，當時去朝鮮的中國僧侶順道、阿道、墨胡子等會施醫療，出入於宮廷，邊傳教，邊施療（然禪師撰《三國遺史》，第200，203～205頁，韓國學友社刊，1964年改訂版）。加之，以施療為主的僧醫也逐步增多，曾一度在朝鮮頗盛行僧侶醫學。隨後葛洪《肘後方》、陶弘景《本草經集注》也相繼傳去，中國養生法及煉丹、煉金術，朝鮮稱它為“仙道術”，陶弘景《本草經集注》：“金屑，辟惡而有毒，不煉服之殺人，高麗……成器煉熟可服”（陶弘景：《本草經集注》）。百濟把葛氏《肘後方》的治肺癰方和治丁腫方收載於《百濟新集方》裡（金信根：《韓醫藥書考》第1頁，漢城大學校出版部，1989年初版），據《周書》載，百濟“兵有弓箭、刀梢……其秀異者頗解文，又解陰陽五行……又解醫藥卜巫占相之術。”（《二十五史》，“周書”，第84頁，上海古籍出版社，上海書店，1986年版）。時隔二十年後，中國陳文帝天嘉二年（561），吳人知聰攜內外典《本草經》、《明堂圖》等164卷醫藥書赴日，途中路經高句麗，在高句麗傳授了漢醫學，（阪本太郎等校注，《日本古籍文學大係》分卷，“日本書記”（下）“卷19”,第126頁，岩波書店，1965年版），更進一步地促進了朝鮮醫學的發展。醫事製度方麵，朝鮮百濟按照中國南北朝時期將醫者與藥者分工成為太醫丞和藥藏丞的作法，設置了醫博士和采藥師。（金鬥鐘：《韓國醫學史》，第12，36，37，41，48頁，韓國探求堂，1966年版）。
本時期，中朝兩國間的藥品交往亦較密切，陶弘景撰《本草經集注》裡收載的高句麗、百濟所產和使用藥材就有人參、金屑、細辛、王味子、款冬花、白附子、蜈蚣、昆布、蕪荑、銀屑等，且對藥材形狀和藥性做了詳細記述，如對人參記述“乃重百濟者，形細而堅白，氣味薄於上黨；次用高句麗，形大而虛軟，不及百濟……”，再如對款冬花記述“第一出河北，次出高麗，百濟，其花以大菊花。”（陶弘景《本草經集注》）
四、與其他國家的醫學交流
古代的越南屬交州轄地，兩晉南北朝時期，有一些有關交州的記載。如賈思勰《齊民要求》，晉?稽含《南方草木狀》等，都載有交州的物產，其中有些與醫藥有關。如：《異物誌》提到交州的椰樹，說它”實如瓠……食之美於胡桃味也。膚裡有汁鬥餘，其清如水，其味美於蜜，食其膚，可以不饑；食其汁，則愈渴。”《齊民要術》引《南中八郡誌》說：“交趾特出好桔，大且甘，而不可多啖，令人下痢。”書中還提到諸如扶留蘖、桶子、檳榔、鬼目等也都可供藥用。當時越南輸送到中國的香藥有沉香蘇合香等。南齊時，蒼梧道士林勝在越南行醫，以溫白丸治，下腹脹滿頗效驗。《南齊書》還載有“林邑國傳”，其中有關於喪葬等衛生習俗的內容，如說人死後“燔屍中野以為葬，遠界有靈鷲鳥，知人將死，集其家食死人肉儘，飛去，乃取骨燒灰投海中水葬。”《南史》記載、扶南（即今柬埔寨）國王遣使送中國以鬱金、蘇合香等。乾陀利國、婆利國（即今印度尼西亞的加裡曼丹島）輸送給中國物品內有香藥。
我國醫學在這一時期也傳入阿拉伯地區。如西晉王叔和《脈經》，就曾傳到該地區，後來阿拉伯醫聖阿維森納的《醫典》中。就反映了《脈經》中關於脈象的內容。另外，我國還從其他國家輸入一些醫方書。如《隋書?經籍誌》所載的《乾陀利國治鬼方》十卷、《新錄乾陀利治鬼方》五卷，據考證。此乾陀利在劉宋時為乾陀利，即今之印度尼西亞蘇門答臘。其中之治鬼方或與印度八支中之鬼病科相似（範行準：《中國醫學史略》中醫古籍出版社1986）。