關於時行溫病，龐氏將時行分為時行寒疫與天行溫病論述：將溫病分成傷寒之溫病與四時自感之溫病。龐氏論溫病的重點在於冬溫之毒及四時自感乖戾之氣而成臟腑陰陽溫毒，具有流行性，劇則流行天下，次則一方、一鄉或偏著一家，即天行溫病。他根據四季五行屬性配合臟腑經絡，將溫毒分成青筋牽、赤詠拂、黃肉隨、白氣理、黑骨溫五大類，雖然這種分類有失牽強，很難與今天所認識的傳染病進行聯係，後世對此也鮮有發揮。但重要的是，龐氏所言之天行溫病從病因、病機、證候分類、治法方藥各方麵都完全區彆於傷寒病，使天行溫病具有相當的獨立性。人們將龐安時視為早期溫病學家，當源於此。
二韓祗和與《傷寒微旨論》
韓祗和的《傷寒微旨論》雖旨在廣仲景之法，但已從《傷寒論》中脫胎出來，極少引用原文，而是闡述韓氏本人的臨證心得，書中斷載四十餘首方亦均為韓氏本人的經驗方，隻在“可下”篇中強調了仲景的三個承氣湯。
韓氏對傷寒的認識立足於陰陽二字，如傷寒病因病機，他雖然同意傷寒病熱之說，但認為其原因是始於陽氣內鬱結而後方成熱病。傷寒病的診斷分類，他尤其重視辨彆陰陽虛盛，辨彆的標準以診脈為依據：先察脈之浮沉以彆表裡，再於沉浮中察寸尺虛盛。他指寸脈為陽，尺脈為陰，關脈為界，如關前寸小，關後尺大為陽虛陰盛，反之則為陽盛陰虛，采取不同的治法方藥，其次他非常重視天時氣候陰陽消長，並以此來調整自己的處方用藥。如春夏二季陽氣升發，韓氏於汗法、溫法中均參酌藥力輕清而立方，並將春夏分成三個階段，逐步遞成藥物的溫散而增加藥物的清解力。
總之韓氏的主張是平衡陰陽，反對濫用溫熱藥物，對原《傷寒論》方進行化裁變通。此外，關於陽黃的治法創用溫陽退黃，對後世治黃影響很大。
三朱肱與《南陽活人書》
朱肱的代表作是《南陽活人書》，此書集朱氏隱居旨近二十年鑽研《傷寒論》的心得，初名《無求子傷寒百問》。朱氏用分析綜合的方法類聚傷寒條文，以問答體裁，設問答百題，對傷寒病機，辨證、治法、方藥各個方麵進行論敘，並采擷《千金要方》、《外台秘要》、《太平聖惠方》等書中的有關方劑進行補充。
在病機方麵，朱肱的觀點是以經絡理論釋六經實質。可以認為他是最早具體闡發這一理論者，即以足三陰三陽經絡的通行路線及其生理特點來分析解釋仲景三陰三陽病證的臨床表現及傳變轉歸。如傷寒一二日，認為是足太陽膀胱經受病，以太陽為諸陽之會，寒束陽鬱解釋發熱惡寒，以該經循行路線所經過解釋頭頸強痛、腰脊強等症。他經均作類似說明。此說對後世影響頗深，在辨證方麵，提倡識經絡以辨邪之所在，識脈以分表裡陰陽虛實，層次分明，比較易於掌握。在治法方麵，強調用藥不能偏執涼熱，主張根據四時氣候調整飲食輔助治療；春宜涼，夏宜寒，秋宜溫，冬宜熱。他讚同龐安常使用麻黃、桂枝、青龍各方當因時因地治宜的觀點，春夏之季在上方中加入清熱之品。關於傷寒方藥的研究，朱肱采用以方類證的方法，以《傷寒論》方為條目。彙聚有關條文，一方多用時，則彙集一處。
此外，朱氏對溫病的認識也頗有見地。除冬傷於寒之溫熱病外，還提出了中暑與濕溫兩種病因與傷寒無關的病證。指出中暑外證與熱病相似，治宜白虎湯等，若作熱病治之，複用溫熱藥，必致發黃斑出。濕溫為濕熱相搏，治擬白虎加蒼術清熱化濕，不可發汗，汗出則至變證。
四許叔微與傷寒論著三種
許叔微現存傷寒研究著作有三種，即《傷寒百證歌》、《傷寒發微論》、《傷寒九十論》，三書均脫離原《傷寒論》的體裁編次，博引群書，結合其本人的經驗，旨在說明《傷寒論》的基本原理與臨床應用。
許氏的學術思想主要反映在《傷寒百證歌》中。此書以七言歌訣體裁敘述仲景學術思想，《傷寒論》原文隻在歌訣之間以注解形式出現。書中遇《傷寒論》中有論無方時，選《千金要方》、《活人書》等書補入。論之不詳，則選用《諸病源候論》等書的病機學說加以補充。此書的獨到之處，在於對八綱辯證的發揮。許氏認為人綱之中，應首辨陰陽，陰陽不辨，則表裡寒熱瞪實莫之能辯。他將六經分證與八綱辨證相互聯係。指三田為陽，三陰為陰。而三陽之中，太陽屬表，陽明屬裡，少陽屬半表半裡，三陰皆屬裡，故裡證當有陰陽之彆，陽熱裡證莫盛於陽明，白虎、承氣湯證是其典型病證，陰寒裡證莫盛於少陰、四逆，理中湯證是典型病證。寒熱虛實的分證又各有表裡之不同。至於陽證似陰，陰證陽陽、陰盛格陽則更需要脈證合參，詳加審辨，這樣使八綱辨證更為具體化、條理化，而且與傷寒六經辨證又達成較為合理的統一。因此他的理論在後世傷寒臨床治療中比較通行。
《傷寒發微論》大祗是許氏學習《傷寒論》的心得體會，此書聚集了二十二篇論文，對幫助後學者理解《傷寒論》頗有裨益。《傷寒九十論》是一冊醫案醫話集。許氏選擇了九十種不同的傷寒治驗病案，記載詳細而較為忠實，並包括了十一例死亡之病例，每例之後均予以分析討論，反映了許氏較高的理論水平與治療技藝。對於《傷寒論》理論的理解及中醫臨床工作，至今仍有一定的指導意義。
五郭雍與《傷寒補亡論》
郭雍的《傷寒補亡論》是宋代《傷寒論》研究著作中最接近原書麵貌，引用原文數量最多，文字最忠實的一家，與《注解傷寒論》相比，其主體部分，即傷寒六經證治部分及“平脈”、“辮脈”篇均基本保留原編次麵貌。全書排列先是總論與脈法，次為六經證治，再次為治法、病證，治法仍以“汗吐下溫灸刺水火可不可”來分類。
本書所言之“補亡”即采擷《素問》、《難經》、《金匱要略》、《諸病原候論》、《外台秘要》諸論及宋肱、龐安常、常器之諸家之說來補充仲景《傷寒論》中所闕處。從參考書的選擇、證類排列、論證說理各方麵，郭氏均力求細致全麵。因而此書既反映了《傷寒論》的學術觀點，一定程度上也反映了《傷寒論》前後中醫有關傷寒學術的流傳情況。
郭雍對傷寒病機及辨證的認識，受朱肱的影響極深，對其六經經絡病機說以及分經絡、辨脈二步辨證法幾乎完全接受，溶為已說。因此《傷寒補亡論》的地位恐怕不在於它對傷寒病的診治有何獨到的創見，而在於它在學術流傳方麵所起的作用。
四、運氣學說的興盛
以“運氣七篇”（指王冰次注本《黃帝內經素問》中卷十九至二十二中的七篇論述運氣學說的專著）為標誌的五運六氣學說，雖然形成的時代較早，但在唐代以前它卻是罕為人知的，幾乎沒有什麼實際影響。直到唐·寶應元年(公元762年，王冰將“運氣七篇”補入《素問》之中並加以注解闡發以後，運氣學說才為世人所知，並逐漸受到重視。唐代後期又陸續出現了幾部運氣學說專著和專篇，如《素問六氣玄珠密語》、《天元玉冊》、《昭明隱旨》和《元和紀用經·六氣用藥增損法》等，其中除《昭明隱旨》已佚失外，其餘三部書尚存，這幾部書舊題為王冰撰，但據其內容考證可知，均為唐代後期人士偽托王冰之名而作。
宋仁宗嘉祐至宋英宗治平年間(1057～1067，由“校正醫書局”將王冰重新編次的含有“運氣七篇”的二十四卷本《黃帝內經素問》選作範本，加以校正並頒行全國。“運氣七篇”在王冰次注本《黃帝內經素問》中占有近三分之一的篇幅，它被作為醫學經典——《素問》的重要組成部分由官方頒行全國，這無疑大大提高了它在醫學領域中的地位，擴大了運氣學說在醫界的影響。因此，北宋的醫學校——太醫局以及地方醫學校也將王冰次注本《素問》作為教科書，並將“運氣”列為基本教試課程之一。北宋末年，運氣學說由於受到宋徽宗趙佶的大力提倡和推廣而進入鼎盛階段，《聖齊經》與《聖濟總錄》將運氣學說置於突出地位。這一措施不僅在全國醫界、而且在全民範圍內推廣普及運氣學說知識，運氣學說的影響和應用至此也達到空前的興盛時期。
劉溫舒《素問入式運氣論奧》(以下簡稱《運氣論奧》成書於宋哲宗元符二年(公元1099年。全書共三卷，以圖文並茂的形式分三十個專題，對運氣學說中的基本概念和基本原理進行了闡明和發揮，《運氣論奧》立論比較醇正，不象《玄珠密語》和《天元玉冊》那樣偏僻駁雜，更無占卜災祥的內容。它忠實於“運氣七篇”的基本精神，著重摘取。“運氣七篇”中原有的概念、原理和理論格局，加以闡釋和發揮，該書以相當篇幅對五行生克休旺、十乾、十二支、五行生成數、納音、月建、四時氣候、九宮分野等自然哲學的基本概念和理論加以論述，也是為了闡發運氣學說，使之便於理解。《運氣論奧》是中醫史上的一部較重要的運氣學說專著。
南宋時期，陳言在其《三因極一病證方論》中針對年乾和年支詳細而具體地開出了治療五運太過不及和六氣司天所致病證的十六首方劑。這是將運氣學說的治療原則具體落實到方藥上，繼《元和紀用經》之後進一步發展了運氣治療學說。
宋代運氣學說的另一特點是強調運氣有常有變。最先明確提出運氣的常變之辨者為北宋科學家沈括。
所謂“常”是指經常性的、規律性的變化，“變”為異常的、特異性的變化。沈括認為氣候及其病候的出現有常有變，運氣所決定的是規律性的氣候病候，而在其之外還有特異性的變化；因此在應用運氣學說時就不能膠執於定法，不知變通。而應結合其時其地的具體氣候病候來加以判斷，《聖濟總錄·運氣》也承認運氣有常變之彆，運氣理論格局反映的是其常——“定期之紀”；由於種種原因，運氣也有變異；對於變異的情況，就不可拘泥於常理。
提出運氣有常有變是為了告誡人們要靈活應用運氣學說，將運氣理論格局與具體時間地域的氣候情況相結合，知常達變。這種主張在後世得到了廣泛的響應。