古人早已養成良好的洗浴習慣。至元代，人們不僅懂得溫浴的衛生價值，而且懂得冷浴對健康的意義。《馬可波羅遊記》第76章則載杭州“一些街道有冷浴澡堂，由男女服務員為您服務，這些澡堂的男女顧客從小時候起。就習慣於一年四季洗冷水浴，認為這對身體健康大有裨益。”冷水浴對增加肌體抵抗力是有益的。
環境衛生方麵，元代繼承前代的優良傳統，仍然重視河水的保護，曾定期疏浚河道，元代使用痰盂的範圍較漢代專供皇帝有所擴大，這對於防止病菌傳播是有意義的。
這一時期，統治者提倡佛教，尤其是信奉喇嘛教和禪宗。民間也有不少佛教信徒，他們死後都實行火葬。據考古發現，沈陽、山西大同、北京等地都有遼金元火葬墓。據《馬可波羅遊記》記載，北京、契丹省南部哈寒府、景州、西州、寶應州、襄陽、常州、太平府、泉州等地居民，死後多實行火葬。
《馬可波羅遊記》還記載：“在皇帝陛下左右伺候和辦理飲食的許多人，都必須用美麗的麵紗或綢巾，遮住鼻子和嘴，防止他們呼出的氣息，觸及食物，”這種用來遮住口鼻以防傳染的麵紗或綢巾，實際上起到現代口罩的作用，可視為口罩的濫觴。
金元時期，李東垣、宋丹溪、忽思慧等醫學家對飲食衛生提出許多新的見解。忽思慧撰寫的《飲膳正要》是我國現存的第一部營養學專著。本書以正常人的膳食為標準，製定了具有營養學價值的食譜，書中強調飲食在保健延壽中的價值，認為“飲食為養生之首務”，並列出飲膳的製作方法和滋補藥的形態、性味、功效以及飲食禁忌等等。另一部營養學專著是元末賈銘的《飲食須知》。書中選取食物250餘種，簡述其性陳宜忌，也有一定的參考價值。
關於房室衛生，元代李鵬飛將前人關於性衛生的論述加以收集、整理，撰成《三元延壽參讚書》。提出一係列頓有見地的主張。李氏認為男女相需合乎自然之道，提出“欲不可絕”。同時，又總結出節欲三論：辨證地提出性生活的適度、節製，於人體有著重要的養生意義。
氣功養生方麵，金元時期出現了以王重陽為始祖的道教北宗煉養派。他們主張性命雙修，先性後命，這一道派，又稱全真道或全真教，王重陽把斷絕“酒色財氣，攀緣愛念，憂愁思慮”作為修道的根本法則，這種“清修”思想，對後世道教養生者有一定影響。