曹誌清所謂三層功夫，就是道家內丹術中的三步練法，是形意拳內功法的根本法則。形意拳之所以又稱為氣功拳（或內功拳），也正是由此而來的。
第一層功夫，謂之煉精化氣，也就是小周天循環法，在形意拳中，謂之兩儀；第二層功夫，謂之煉氣化神，也就是大周天循環法，在形意拳中，叫做三體勢（或三才勢）；第三層功夫，謂之化神還虛，在形意拳中也就是有規但不必再專循於規，有意而不必再專著於意，進入了隨心所欲、得心應手的"拳無拳、意無意，無意之中是真意"的高級階段。
現將三層功夫的練法、要求、注意事項介紹如下。
（一）煉精化氣這步功夫在道家來講，是分為六個步驟來進行鍛煉的。
第一步謂之"煉己"。這是道家金丹術中最基本的功法，同時也是最根本的功法。煉己，就是要擺好姿勢，放鬆身體各部位，排除雜念，使思想保持安靜，讓大腦皮層得以充分地靜養和休息，這步功夫實際上就是鍛煉在意識控製下的"入靜"。因為這步功夫是道家必須首先求練的，所以說煉己是最基本的功夫。如果這步功夫不能真正做到排除雜念、全身放鬆、思想安靜，而是心猿意馬、渾身拘束、雜念紛飛，那麼以後的各步功夫均難以求得，因此說煉己又是最根本的功夫。
第二步為"調藥"。具體的要求就是一念歸中，意守丹田，使呼吸調息入細、引短為長、易促為勻、易淺入深，為的是將口鼻吸入的天空大氣，能夠深深地歸納於下丹田之中，與人體中的水穀精氣充分地混合，並發生化合作用，從而產生出真氣來。所說的"藥"，就是精、氣，因為精、氣是人體健康的重要物質基礎，精氣充則身強體健，精氣通則可除治疾病，所以稱之為藥。
第三步是"產藥"。通過上述兩步功夫的持久鍛煉之後，就會逐漸地在丹田中產生一種熱的感覺。這種熱感在開始時，總是若有若無，似有似無，而且是有熱感時少，無熱感時多。對於這種現象，學者不必著急，隻要繼續堅持正確的練功方法，隨著練功的不斷深入，熱感也就會隨之愈來愈明顯，最後即會產生一種滾動和下行之感，這就是"藥"（真氣）產生的結果。
第四步是"采藥"。就是說在真氣產生、充盈的情況下，下丹田中一旦有了熱感的時候，就要含氣從脈，用意念的導引，將熱感引入任脈，沿毛際下行直至會陰，當這股熱感之氣經會陰通過穀道（即肛門）時，多有欲出虛恭（放屁）的感覺，這時為了不使真氣通過出虛恭而漏掉，就必須在每當真氣通過穀道（道家術語中叫做"下鵲橋"）時，將穀道微微向內提吸，使熱氣能夠順利通過下鵲橋，由任脈之終而接入督脈之始，並使這種熱感之氣繼續沿督脈上行過夾脊（轆轤關）、通玉枕（鐵壁關）而達於腦宮精髓之海。引氣上行督脈（謂之通三關）並不是一件容易的事，為了迫使熱感之氣能夠沿督上行，必要時就需要加強意念的導引和運用武火的方法，這在道家術語中謂之"火逼金行"。
呼吸之法，分為"文火"與"武火"兩種。《大成捷要》中雲："入手功夫，每當半夜子時以後，虛極靜篤，天然醒覺，一陽來時，外腎興起之時，元精吐露，外藥發生之際，即當行調藥之功，運動風吹火煉之玄機。夫風者呼吸之氣，火者虛靈之神，文者無為之風火，武者有為之風火。蓋無為之文風文火，用在調外藥前後兩頭，而有為之武風武火，用在調外藥元精正旺之時也。蓋真氣動時最易下流順出，必用真意眸光，凝入命宮氣穴之中，主照統攝，真氣即下行，而化為元精，非呼吸之息，以風助火，以火銷金，而元精必不能複化為元氣，歸宿坤爐本宮之中矣。然用呼吸之息，在丹田之中，一出一入，必須提起精神，目光窺定，一意不散，萬緣皆空，鼓動巽風，扇開爐焰，使息息皈根，方合猛烹急煉之神功。……借呼吸之機，以為采取烹煉之旨也"。這就明確地告訴我們，文火即是無為之風火，不可加強意念的作用，而是要在開始和最後這兩頭微微以意眸之，呼吸須持細、長、勻、慢，故稱為文風文火，又叫沐浴。武火與文火相反，乃是有為之風火，也就是當外藥歸爐勃陽儘縮之時，須鼓動巽風（呼吸），扇開爐焰，加強意念的作用，並采取吸、舐、撮、閉四字，即鼻中吸氣以接先天，舌舐上齶以迎甘露，緊撮穀道內中上提，閉目上機回光返照。就好象是壺在爐上，加風添火，使水變為蒸氣一般。但武火隻是用於烹煉之時，烹煉之後，仍須以文火沐浴溫養。
第五步謂之"封爐"。《大成捷要》中雲：藥既皈爐，須用真意封固（封固者，閉塞耳、目、口三關），停息以伏神氣（停息者，非閉息也，是不行采藥鼓噓之法），將神氣隨呼入，俱伏於氣穴，略停一息之傾，盤旋於丹田之上，然後再用意率領元氣自坤腹逆上乾頂。所以於封爐之中，仍要繼續用緊撮穀道（也謂身根不漏）、鼻吸莫呼（也謂鼻根不漏）、舌舐上齶（也謂舌根不漏）目不外視（謂眼根不漏）四法，要使一念不生，一意不散，六欲不起，六塵不染，命根方能固矣。
第六步謂之"煉藥"。就是呼吸並用，升則有心，降則有意，吸謂采取，呼為烹煉，使元精儘化為元氣而由坤腹逆上於乾頂，再成甘露而降落口中，隨覺隨咽，送下重樓，複歸宿於中宮（中丹田）。
以上六個步驟的練習過程連接起來，即為"小周天"的功法。這些功法，在形意拳的運用中，並不是原原本本地移用了上述道家練己、調藥、產藥、采藥、封爐、煉藥這六個步驟，而是結合了形意拳的特點，把道家的內功法巧妙地運用在基本樁法中的"無極勢"、"虛無含一氣"、"太極勢"、"兩儀勢"之中的，其具體練法是：
（1）無極勢所謂無，就是沒有的意思。極，是指極度、極點、頂點的意思。無極在形意中的內功樁法裡，目的主要是求其入靜的。
入靜的功夫前麵已經說過，它既是一項氣功中的基本功法，同時也是氣功中的一項根本功法。人在日常生活中，無論是考慮問題還是處理事務，都要經過大腦的思考，思考的本身即屬於"識神"用事，唯有在入靜的狀態下，才屬於"元神"用事。識神，指的是人的意識思維的活動；元神，則具有對人體、尤其是大腦皮層的調節功能。所以，每當入靜以後，才能使緊張活動的大腦皮層得到最佳狀態的靜養和調節，恢複自己的精神和體力，即使是靜養三五分鐘，也會使疲勞得以有效的消除。形意拳經中雲："凡事有動必有靜，動者靜之效，靜者動之源。舍動言靜，其實也枯，離靜言動，其實也枵（xiāo，音哮。空虛的意思）。然靜為動之源，而運動者，必先致力於靜，如是則氣內充，而力外溢也。形意者，以氣行事，而不動姿勢，實為入門之初步，健體清源之道也。"說明了動與靜之間的關係是非常重要的。例如在勞動中要想精力充沛，耐久不乏，就必須首先得到安靜舒適的休息，休息對勞動而言，即謂之靜，所以說不會休息也就不會勞動。
無極勢的練法是（如圖一）：兩足跟並齊，兩足尖各向外分四十五度。頭要正，項要直，不可左歪右斜、前低後仰，身體自然直立，胸微內含，兩臂貼身體兩側自然下垂，不可挺胸拔腹，全身肌肉、關節、筋經等，都要極度地放鬆，不可有絲毫著力用勁之處，兩眼微閉，牙齒輕扣，要排除一切思想雜念，要無思無慮、無形無像、無物無我、渾渾沌沌、空空洞洞、無所向意、毫無所求、一氣渾淪，使大腦思維係統完全處於茫茫無知之中，"茫若扁舟泛巨海，靜似木雞植中庭"。而要達到思想上的安靜，首先必須做到心靜，心靜下來了，才能使神安寧，神寧則心安，心安則自覺清靜，清靜則無感有物，無物則能使氣行，氣行則絕象，絕象則覺明，覺明則神氣相通，萬物才能歸根，這就是無極樁法之妙用。
另外，在練習無極功中，也可以采用三元樁（又稱渾元樁）的站法，即：兩足與肩同寬而平行，兩腿微屈，兩手於臍前環抱，指尖相對，手心向內，兩臂成圓形（抱球狀），含胸塌腰，頭正項直，二目微閉，全身放鬆，排除雜念，自然呼吸，使思想真正安靜下來，大腦得以充分地靜養與休息。（其它要求均與無極勢相同）
（2）虛無含一氣虛無含一氣，是在無極勢真正練好之後所產生的真一之氣。無中可以生有，當無極入靜至頂點時，則會自然產生有極，這就是在任何事物發展到頂點以後，即要向它相反的方向發展的必然規律。所以在無極發展到頂點時，就會產生一線生機，這就是"虛無含一氣"。
所謂"虛無"，就是說從無極剛剛開始生有極時所生的一點真一之氣，就象雲煙一般，若有若無，忽存忽消，虛虛似有，又似無有。初練功者，當偶爾在丹田中產生了一些微熱感時，很快又會變成無有，這是從無到有的自然發展過程，不必急於求成，仍應安下心來繼續練功。這時可以微微著意於丹田，既不要著意過重（因為過重則助，助則生力，力則生滯，滯則難通，就容易使自然流行之氣受到壓抑），又不可以毫不在意（不用意則忘，忘則散，散則不易團聚，且使流行之氣無所依托），因此需要略加意於下丹田，使所生之真一之氣，不致散亂而逐漸歸結於根。
（3）太極勢太，是過或很的意思，如太重，也可以說是過重或很重。極，是極度、頂點的意思。
通過上述無極和虛無含一氣這段功夫的持久鍛煉之後，氣質逐步地改變，真氣也隨著培養起來了，而且隨著練功時間的延長，功夫的不斷深入，丹田中的真氣，也就會由少而積多，由增生到充盈。精盈則氣充，氣充則精盈，這也就是"精滿化氣，氣滿生精"的醫學道理。精不能離氣，氣不能離精，精氣充盈，真氣乃生，真氣的充盈，才會在丹田有愈來愈明顯的熱感，直到丹田中似有濃雲翻滾之時，即為太極功夫成也。
太極勢的練法，是在無極勢和虛無含一氣的基礎上，半麵向左轉，使左足在前，右足在後，左足踵對右足脛骨處，左足順，右足尖外撇四十五度，兩臂仍下垂，兩手置於丹田處，掌心向下，手指相對（如圖二），掌根向下塌勁，穀道向內提吸，舌舐上齶（上牙齒的根部），二目平視前方，並著意於丹田，呼吸仍須自然，且要細、長、勻、慢，吸氣時要隨意深納於下丹田。
（4）兩儀勢所謂兩儀，就是陰陽。這裡所說的陰陽，是指真氣所循行的經脈路線而言。陰，指的是任脈。陽，指的是督脈。關於任督二脈的起止劃分，內功法中所指的任督與醫學上所指的任督起止點略有差異。醫學上講任脈起於會陰，止於承漿穴；督脈起於齒交，止於長強穴。但在形意內功法中卻是將上丹田印堂穴至會陰穴作為任脈，把長強穴至泥丸宮（或稱腦宮）作為督脈來鍛煉的。
兩儀勢是在太極勢的基礎上，用意念將下丹田中的熱感之氣，導引下行於毛際，並達於兩便之間的會陰穴之後，再由任脈之端，接入督脈之始，上通三關（指督脈上的尾閭關、夾脊關、玉枕關）而達於腦宮，這是通督之脈徑。然後複由腦宮下行，經過上鵲橋（口鼻之間），達中丹田土釜黃庭。
所以在形意拳中兩儀勢的動法，就是"小周天"的功法。小周天的氣血循環，是一步十分重要的功夫，因而被形意拳老前輩認為是"攬陰陽、奪造化、轉乾坤、扭氣機於後天之中，返先天之純陽，退後天之純陰，複本來之麵目，歸自己之真性命，而謂之性命雙修"的重要功法。
"性命雙修"一語，原出於道經。心為性之源，腎為命之蒂，練心為修性，練腎為修命。心腎相交，水火既濟，故謂之性命雙修。
在祖國醫學中認為：督脈能夠總督一身之陽經，故稱為"陽脈之海"；任脈能夠總任一身之陰經，所以稱為"陰脈之海"。
真氣在任督二脈的循環過程中，一般地來講，通三田容易，通三關較難。三田在任，三關在督。上丹田泥丸，位於眉心入內三寸，其穴在印堂，乃藏神之處，故言上丹田主煉神還虛之地，在道為煉天元大丹之所；中丹田土釜，位於心下臍上之正中，主煉氣化神之處，在道為煉地元神丹之所；下丹田華池，位於臍後腎前之正中稍下一寸二分處，主煉精化氣之所，在道為煉人元金丹之處。
督脈三關，係指尾閭關、夾脊關、玉枕關。尾閭位於尾巴骨端，"其關通內腎之竅，上行乃是一條髓路，名曰：漕溪，又曰：黃河，此陽氣上升之路"（見《大成捷要·關竅秘訣》篇）。真氣通過尾閭關（即由會陰至長強穴間的下鵲橋）時，最容易通過出虛恭而使真氣底漏；第二關為夾脊關，又稱轆轤關，位於兩肘平行線與督脈垂直線的交點處，這一關也比較容易通過；第三關為玉枕關，比較難打通，因此一直被佛、道、拳三界譽為"鐵壁關"。
打通玉枕關的具體輔助辦法有三條：一是用意念將百會穴向上領起（在內家拳中叫做"虛領"），因為百會穴向上提起後，會使督脈舒展；二是助以武火，用意將真氣繼續向上逼行（也謂"火逼金行"），以便使用真氣本身的衝力催開鐵壁而使真氣達於腦宮；三是用意將耳後高骨（又稱完骨）向上提起，這是幫助打通玉枕關最為有效的辦法。無論采用哪種方法，或是三法並用，都必須緊撮穀道，正如拳經中所講"緊撮穀道內中提，明月輝輝頭上飛"是通督之要訣。
當任脈三田、督脈三關全部打通以後，就能在一念之中、呼吸之間引真氣循環一周，這就說明小周天的功夫已開始練成了。"打開二六連環鎖"之後，這隻是完成了第一步功夫——煉精化氣。