如果織田信長成功，他將建立織田幕府。那麼天主教將成為日本的重要宗教。
可惜，耶穌會一百多年的發展和苦心謀劃，最終隨著織田信長的死去，而化為泡影。
而豐臣秀吉在戰國時代，對耶穌會也是極儘拉攏之能。畢竟，誰都知道，隻有不擇手段的壯大自己，才是亂世的生存之道。
但等到豐臣秀吉統一了東瀛之後，他從支持者，幾乎在一夜之間變成了迫害者。
天正14年6月19日，秀吉頒《伴天連追放令》，宣布驅逐傳教士。
但是，他顧忌影響海外貿易，實際上法令並沒有徹底落實。英國學者貝利指出，《令》頒布後，10餘名傳教士依然滯留在長崎並擔任葡萄牙商船長崎貿易的向導，130餘名耶穌會士仍在九州布教，教徒數量仍在迅猛增加，而以西班牙方濟各修道會為代表的其他勢力也開始進入日本。
但是，秀吉的動機，深深的影響了德川家康。德川家康統一日本後，對秀吉宗教和貿易分離的政策，深以為然。
他禁止天主教，為的是防止關西信教諸侯，勾結海外勢力作亂，也為了限製他們通過外貿壯大自己的實力。
從這時候開始，幕府對教徒的迫害逐步開始加劇。慶長2年，秀吉下令把日本信徒及方濟各會修道士總計26人在長崎釘死在十字架上，次年，豐臣秀吉病死在伏見城。
慶長18年，在家康已經明令禁止家臣信教的情況下，大名有馬晴信的宗教信仰敗露，旋即被剝領流放。
隨即被迫讓家臣殺死。慶長19年1月，退居幕後的德川家康授意二代將軍德川秀忠，組織起草了新的《伴天連追放令》，即
“慶長禁教令”。宣布驅逐日本所有傳教士，其中包括89名耶穌會士、4名方濟各會修道士、2名多明我會修道士、2名奧古斯丁會修道士。
德川家康病死後，二代將軍秀忠的禁教措施愈發激進，開始不斷創造借口，處死教徒。
“京都大殉教”、
“元和大殉教”相繼發生。元和9年三代將軍德川家光上台後，再次炮製了
“江戶大殉教”、
“平戶大殉教”與
“東北大殉教”等慘桉。更是出現了
“雲仙地獄”與
“踏繪”等諸多針對信徒的措施。學者井上清統計，1614—1635年，被迫害死亡的信徒高達28萬人之眾。
吉利支丹信徒們，麵對屠殺忍無可忍。終於在1637年發動了島原之亂。
島原之亂由於實力對比懸殊，被殘酷鎮壓下去，隨即，全日本開始了屠滅信徒的運動。
1644年，也就是明朝滅亡的那一年，日本最後一位耶穌會士殉教，
“無神甫時代”開始，日本的
“吉利支丹時代”徹底終結。而楊凡早在1627年，接見桃子夫人時，就意識到，十年後的這場大動亂，是查收東瀛最好的機會，也就是從那時起，他開始布局在東瀛的一切。