俘虜放回去三日之後，城門並沒有打開。國王和貴族並不相信俘虜們的話，或者說他們不願意交出權力。在朱清看來，既然特諾奇提特蘭城不肯自動投降，那麼就不要怪自己動用武力了。之所以要鏟除阿茲特克勢力，並不是因為他們攻打新蜀州，也不是因為城中財富。在阿茲特克對殘酷壓榨下，各部族過得豬狗不如，卻讓特諾奇提特蘭城積累了天量的財富。更慘無人道的是，他們每年要屠殺上千上萬的人血祭。
朱清得到消息是，城中的倉庫之中，玉米、土豆、莧菜等糧食堆積如山，棉布等織物也數量眾多，此外還有武器倉庫、金銀倉庫和寶石礦物倉庫。朱清已經承諾，糧食、織物及武器全部分給隨征的各部落，金銀寶石則歸新蜀州。事實上，那些隨征的部落對探險隊員所用的鐵製刀劍和工具更感興趣。朱清已答應他們，戰後，各部落可以用金銀來換取鐵製品。
雖然小炮的威力不大，但十門齊射的聲勢也著實不小。朱清眼見城門不開，便命令進行集火射擊以壯聲勢力。硝煙過後，特諾奇提特蘭城牆上的阿茲特克人都如中了魔怔，有的呆在原地，有的跪伏在地，還有的轉身便逃之夭夭。朱清正欲下令攻城，卻發現已方的土著盟友士兵也趴伏在地上，個個臉色蒼白渾身顫栗。雖然已經見識過火炮的威力，但此次近距離轟擊，仍然極大震憾了他們。神使召喚的法術實在太強了。
緩過神後，土著盟友士兵用長梯和繩索攀上了特諾奇提特蘭城的城牆，並打開了城門。這種原始的攻城方式要是放在宋蒙戰場，那無異於送人頭。城門一開，大軍順著長堤源源不斷攻入了城內。在此過程中，大部分阿茲特克人仍呆若木雞，並沒有進行激烈的抵抗。那些放回來的貴族宣稱城外大軍乃是神使所率，是替神來拿回自己的權力，他們本半信半疑。如今神使已展示的電閃雷鳴的法術，正與傳說中的一模一樣。
阿茲特克人極度尚武，但攻城大軍進展卻異常順利。事實上，特諾奇提特蘭城中士兵不管在數量還是武器上都超過攻城的軍隊。朱清所帶的百餘人雖然武器先進，但畢竟人員太少，對戰局並不會起決定性的作用。真正阿茲特克人兵敗如山倒的，是其精神脊梁被打斷了。為了摧毀他們的戰鬥意誌，朱清讓人將火炮搬到了城牆之上瞄準城中開火。小炮的射程有限，炮彈皆落入湖中。但正是巨大的聲響和衝天的水花，讓大部分阿茲特克士兵拋下武器，趴伏在路邊，恭迎神使的到來。
朱清放將俘虜中的阿茲特克貴族放回去時，不少人擔心是放虎歸山，事實證明這些擔心是多餘的。實際上，正是放回去的貴族加速了戰事的進程。阿茲特克國王和貴族都居住在城中的一個小島之上，又有上千名精銳武士的守衛，要拿下此地也是極難。他們對於被俘貴族關於神使到來的話半信半疑，最終商議的結果觀察兩日再作決定。
國王的決定惹惱了釋放回來的貴族。在他們看來，國王的這個行為無疑是褻神，會給整個阿茲特克人帶來滅族之災。當下他們便暴起發難，用國王和祭祀的血獻祭了神。饒是朱清見多識廣，當走進阿茲特克王宮之時，也被驚呆了。他驚愕地不是死屍遍地，也不是因阿茲貴族因內訌而死傷殆儘，而是看到死去的人皆被挖心破肚，就連國王也不例外。阿茲特克剩下為數不多的貴族，不少人還坐在鮮血之中，大口啖著心臟。
朱清和手下強忍著心中的翻湧，而簇擁著朱清進入皇宮的土著士兵卻是兩眼放光。他們就像貓見了魚一樣，迫不急待撲了上去，也開始大口撕咬起來，讓朱清及手下又是一陣惡寒。這些土著雖然恨阿茲特克人，卻深受其文化的影響。他們相信，吃了阿茲特克國王和貴族的血肉，特彆是心臟，能獲得其力量。
出征之前，便和隨征的各盟友部落約法三章，其中最重要的便是不能濫殺無辜，不能縱兵劫掠，也不能破壞城中房舍財產。各部落的土兵畏於神使威嚴不敢違令，否則這特諾奇提特蘭城便是要化為一片火海和瓦礫了。要說阿茲特克人帶給各部落的傷害實在是太大了。不準吃敵人的血肉，並沒有在約法條款之中。朱清眼見土著士兵吃得歡快，思量了半晌，終究還是絕了要追加此條禁令的想法。
拿下特諾奇提特蘭城，朱清的手下並沒有傷亡，就連隨征的土著部落士兵也隻傷亡了幾百人，說成摧枯拉朽也不為過。雖說對勝利有著十足的預期，但以如此小的傷亡奪得這個上千萬帝國的都城，也出乎朱清的意料。相比攻方的輕微損失，城中的阿茲特克人的死傷數量卻不少，這當中大部分是自相殘殺造成的，少數因踐踏傷亡或落入湖水溺斃。
摧毀了這個血腥邪惡帝國之後，防止權力真空導致的秩序混亂是當務之急。朱清隨即以霹靂軍的名義下達了政令。實際上在新大陸以何種名義與當地土著打交道，流求公司曾有爭議。有的認為應有探險公司名義，有的認為應以流求的名義，但無一例外的是沒有人提議以大宋的名義。最終還是歐陽軒的回信一錘定音：以霹靂軍的名義。
朱清第一條政令是宣告阿茲特克帝國的滅亡，原有權力轉移到霹靂軍，其在新大陸的治所便是在新蜀州城。特諾奇提特蘭城仍由阿茲特克人居住，但不再有國王，而是由親霹靂軍的貴族會議統治。為了防止帝國勢力死灰複燃，朱清下令從阿茲特克及其盟友特斯科科人和特拉科潘人中，抽調五萬男丁前往新蜀州。在那裡，他們將從事道路、房屋、堡壘、港口修建及屯墾、開礦等勞役。
第二條政令是廢除血祭等苛政。阿茲特克帝國頻繁發動戰爭和征收大量的貢奉，進行殘忍的人殉，都是為了取悅神。這無謂的消耗，使得大量的財物和寶貴人口被浪費，也最終導致其滅亡。霹靂軍治下，今後各部落承擔的，隻是道路、橋梁、港口等公共設施的修建和維護。除此之外，新蜀州所需其他東西，也需要遵守公平原則進行交易。朱清為了讓此政令得到貫徹，便聲稱這是神的旨意。
第三條政令則是大力推廣衛生防疫舉措。疫病流行之下，各部落人口均死傷慘重。朱清曾聽餘柱講過，歐陽軒曾在信中告訴他，外來疾病在新大陸的流行無可避免，唯有的就是儘量減少土著死亡。對此政令要求各部落要花大力氣挖排水溝、建公廁，用白石灰刷牆刷屋，還清理垃圾、燒開水喝。同時，朱清還命各部落選送人員到新蜀州城，學習用草藥防治疫病。
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