回到新蜀州後，朱清立即投入了緊張的戰後建設。特諾奇提特蘭城帶回來的那五萬勞動力，被安置在了新蜀州周邊的數十個臨時營地之中。這些臨時營地以後將成為新蜀州的衛星城鎮。這些勞力將先設屯墾點，接下來則分彆從事種植、伐木、采礦、修路、築堡等工作。至於造船、冶煉等技術含量的工作，則需要較長時間的培訓，才能成為探險隊員的助手。
這五萬人的管理，雖然繁瑣但也並不困難。阿茲特克人極其信奉神明，對於神使的命令執行非常堅決，根本不需要監工，更不擔心他們叛亂。如果沒有血腥的人殉祭祀製度，阿茲特克人其實十分善良溫順，又吃苦耐勞，是優秀的建設者。他們的農業耕種技術十分先進，加之地峽一帶光熱資源豐富，盛產糧食作物，加之又有許多熱帶果類，故並不存在缺糧問題。
為了鞏固治理效果，朱清又從軍事政治經濟文化上采取了一係列舉措。在軍事上，為了防止叛亂和內部爭鬥，他從各部落抽調了精壯武士，組成了一支千人的常備軍。這支軍隊除了配備黑曜石武器外，還配備了少量的鐵製刀矛，再加上嚴格的訓練，其戰力遠超美洲虎和雄鷹戰士。除此之外，戰時新蜀州還可以征調各部落的土著士兵，以蕩平敵對勢力。
從政治上，新蜀州也賦於了各部族極大的自治權，還定期召集部族酋長議事，成立部族聯盟會議。各部族之間發生矛盾，在自行協商不成的情況下，提交聯盟會議進行裁決。除此之外，朱清還鼓勵與各部族進行聯姻，他自己便娶了最大部族的酋長女兒為妻。在他的帶頭示範下，其不少下屬也娶了各部族酋長或長老之女。話說朱清雖然是個大老粗，卻無師自通掌握了漢唐“和親”的精髓，知道血緣能有效粘合政治關係。
在經濟方麵，朱清充分利用了鐵器。鐵製武器和農具比土著部落的石製刀斧和農具實在優越太多，被各個部族視為“神器”。隻是探險隊的鐵器並不富餘，根本滿足不了熱切的需求。為了拉攏親善部族，也因為售賣鐵器實在是暴利，朱清咬牙勻出了少量的工具和刀槍進行售賣，換得了大量的糧食、棉布和金銀。除此之外，朱清又派人尋找鐵礦，開始大規模土法煉鐵，以爭取生產更多的鐵器。
在文化方麵，隨軍的幕僚根椐“車同軌、書同文”精神，提出了從語言和文字著手的建議，朱清深以為然。阿茲特克帝國並沒有文字，內有大小部落上千個，語言也有幾百種，相互之間也往往雞同鴨講。隻有漢語言和文字，才能成為通用語言和各部族的粘合劑。為此，朱清下令各部族選送聰明伶俐的青年到新蜀州，分批學習漢語和文字。他們學成之後，一部分留下協助管理，一部分成為各部落學習漢語的教師。
做完這一切之後，朱清便考慮派人返回流求之事。雖然流求派出的探險船隊為數不少，但由於季風、洋流和風暴等因素，不少船隻並沒能如期抵達地峽。實際上，自從餘福從新大陸返航，獲得了巨大的榮譽和財富之後，不少探險船隊對地峽的興趣便下降了不少。眼下地峽北方的野牛大陸和南方的羊駝大陸才是探索的重點，甚至有探險隊放棄了新大陸，轉而前往南洋更南方，去探索歐陽軒草圖上的袋鼠大陸。
朱清命人將兩隻狀態最好的大船拖上岸進行修理，在修繕完畢後啟程返回流求。除了清除船底的藤壺，更換船蛆蛀空的木頭外，還要對船帆和船體破損部位進行修理。雖然現在已經有了成熟的海圖，沿線也配套了補給點，但回到流求海上行程有上萬裡。準備的越充分，應對就越有底氣。探險隊的其餘船隻，在經過滔天惡浪之後，已不適合長途遠航。況且新蜀州的發展和保衛，也需要大型船隻，不宜全部返回。
三個月後，返回流求的船隻啟航了。兩船除了操船的水手外，還有幾十名土著，其中還包括阿茲特克貴族和幾個部族的酋長。隨船的物資則是新大陸的各種特產，特彆農作物。隨船的金銀隻有數萬兩，隻占探險隊所獲金銀的很小一部分。事實上，特諾奇提特蘭城之戰中繳獲的黃金、白銀和寶石數量眾多，加上貿易所得的金銀，足足堆滿了新蜀州的幾間庫房。朱清之所以沒有將這些金銀運回流求，一方麵是船艙有限的容量要優先裝載食物、淡水、藥品等必須物資。另一方麵也是怕路途上不安全。
朱清沒有帶隊返回流求，而是讓人帶回了一封長信。在信中，他詳細介紹了探險隊的經曆，又向餘柱提出了四個請求。第一個請求就是派船隊來運輸金銀。這些財富實在太大，實在經不起損失。海上的風浪等意外是一方麵，也會因消息走漏引起亡命之徒的鋌而走險，進而在半途進行截殺。霹靂軍的抗蒙事業對資金需求十分大，需要儘快運回。
第二個請求是派來工匠、教師、醫生等技術人員。當下新蜀州最需要的是煉鐵和工具、武器製作的人才。隻要有了鐵製的工具，必將促進生產效率呈幾何級數增長。雖然新大陸人口因疫病的原因在下降，但其龐大的勞動力數量，將會促進各項建設的大規模開展。教師和醫生的重要性不言而喻，朱清要求至少要各派五十名。
朱清的第三個請求是派來軍隊。雖然阿茲特克帝國已經崩潰，但其周邊仍有不少野蠻部族。這些部族與阿茲特克人文化和宗教差異極大，並不會理會“神使”這一說法。“距離差生美”，隨著與探險隊員接觸的加深，不少部族也會對新蜀州的神性產生懷疑，因為他們會發現這些神使也會生老病死，也會流血。除了有發出電閃雷鳴的武器和許多奇怪的物品外，與自己並無多大差彆。
當盲目崇拜消褪之後，相互差異極大的各部族必然會出現不聽號令的情況，發生此起彼伏的內鬥，甚至會將矛頭指向新蜀州。此時有一支強悍的軍隊便必不可少，餘柱的建議是從流求派來一個團的火器部隊。在艦隊方麵，隻需十艘中型船隻即可。這些軍力加上征調的土著士兵，足以應對新大陸出現的任何威脅。
朱清提出的第四個請求則是派遣官員前來。他雖然不缺政治智慧又有幕僚協助，但畢竟出身草莽，加之不識字，並不擅長處理政務。遠征特諾奇提特蘭城，朱清做得極為得心應手，但隨之而來的善後和建設，則讓他焦頭爛額，痛苦不堪。他更喜歡帶領手下，率領船隊沿海岸進行探索。按照歐陽軒手繪的草圖來看，地峽隻是新大陸很小的一部分，資源也遠不如野牛大陸和羊駝大陸豐富。朱清的打算是待流求派來政務官員，他便可抽身前去探索，以實現如餘福那樣的成就。
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