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1449年發生“土木堡事變”事變之後，明朝進入衰退期。
朱棣稱帝後，明朝遷都北京即燕京。燕京遠離中原，位於蒙古高原東麓與華北平原的交彙地區。從古至今燕京到燕京西偏北的張家口一線，是蒙古草原的遊牧民族進入華北平原的便捷交通要道。因此燕京之地經常被蒙古草原遊牧民族掌控，蒙古人統治的元朝在燕京建都的主要目的是從燕京去蒙古草原非常方便，因為元朝朝廷除了統治中國，還統治蒙古草原、西域、中亞和歐洲等廣大地區。
朱棣遷都燕京是漢人大一統朝廷第一次在這裡建立首都，主要原因是南京被戰火毀滅了，明朝廷必須遷都。由於首都是國家首腦所在地，是全國運行的指揮管控中心，因此具有良好的防禦性和交通便利性。
當時，在防禦性和交通便利性方麵燕京都不具備成為中華都城的基本條件，由於地理格局的限製，在中華之地滿足建都條件的地方很少，往往防禦性好的地方，都位於偏僻之地，而交通便利之地，往往都四通八達、一馬平川，沒有防禦性可言。因此，朱棣隻能選擇他和他的朝廷熟悉的燕京建都，他們經營燕京十幾年，已經習慣燕京的氣候和生活方式。
明朝建立初期，燕京就是扼守燕雲十六州長城防線，守衛張家口和山海關的軍事重鎮，燕京是一個戰爭風險非常高的城市，將這裡設為國家首都，就是把明朝廷擺在一個火山口上，它被草原民族攻擊是遲早的事情。
明朝遷都後，朱棣舉全國之力整修長城，加強長城防線的兵力部署，防禦蒙古和滿清。朱棣多次帶兵深入蒙古草原清剿北元勢力，但是由於蒙古高原廣闊無邊、四通八達、環境惡劣，以步兵為主明軍很難追擊以騎兵為主的蒙古軍隊，明軍稍不留神就會落入蒙古軍隊布下的伏擊圈，因此明軍對北元軍事行動收效甚微。加上盤踞東北的滿清勢力日益做大，明朝廷要想過安穩日子確實太難了。
為了堅強海防，明朝將廣西沿岸地區劃歸廣東布政使司管轄，防止西南人民出海謀生，以海盜勾結。在全國沿海地區重要港口及海防要地，設立水師衛所和海防炮台，防禦東洋倭寇、南洋海盜和西方武裝商貿集團。
土木堡事變後，明朝廷的文武百官都感覺國家已經風雨飄搖，因此他們開始結黨營私，給自己找後路。戍邊禦敵衛所長官利用軍事外交的機會，與境外敵對勢力達成秘密的攻守同盟；負責海防的衛所長官與倭寇、海盜和走私商人勾結，謀取暴利，導致國家喪失海防、經濟損失；負責經濟監管的文官，與奸商勾結，蠶食國家專營產業，掩護奸商逃避稅賦和勞役等，因此導致國庫空虛，皇帝和朝廷無錢可用；負責朝廷物資、文物和典籍管理的文官，經過做假賬、以次充好、扣發物資等國家的重要物資轉賣給商人謀利。由於海外勢力覬覦中華文物、文化典籍和科技典籍，因此負責這方麵管理的文官，就待價而沽，將明朝廷的文物和典籍偷偷賣給海外的求購者，根據史料記載，李自成攻入北京後，他們發現明朝庭國庫、文物和藏書等全部不翼而飛！
由於明朝廷文武百官組成的東林黨等會黨，受到海外洪門、共濟會和光明會的支持和操控，因此明朝廷腐敗和賣國亦演亦烈，可以說明朝的滅亡就是這些奸黨一手造成的！
葡萄牙人於1510年占領印度果阿，又於次年占領香料貿易中心馬六甲（滿剌加）。數年後，葡萄牙人開始在東南亞的香料主要產地馬魯古群島（即摩鹿加群島，又稱香料群島，今菲律賓）構築築堡，以控製香料貨源地。
明正德七年（1513年），葡萄牙人歐維治從馬六甲航抵廣東珠江口屯門澳，與當地居民進行了香料貿易——這是第一位到達中國的葡萄牙人【明嘉靖十四年（1535年），葡萄牙人通過賄賂廣東地方官吏的方式，取得在澳門碼頭停靠船舶和進行貿易的權利。明嘉靖三十二年（1553年），葡萄牙人以曝曬水浸貨物為由上岸居住，並於嘉靖三十六年（1557年）起在澳門定居】。
此後，葡萄牙人通過馬魯古群島——馬六甲航道獲取香料，用來供應中國、印度、阿拉伯和歐洲市場，成為新的香料貿易壟斷者。由此，東南亞香料大規模進入歐洲，利潤最高可達十餘倍。
為尋求同樣具有高額利潤的瓷器、生絲及其他中國商品，1513年，果阿葡萄牙殖民總督阿爾布克爾克派遣喬治·歐維士一行，攜帶一批貨物乘中國商船到達廣東珠江口外的屯門。
廣州地方官員準其進行貿易，但不許上岸居住。葡萄牙人在中國商人的協助下，推銷貨物並收購回程船貨，在當地逗留了半年才離去。喬治·歐維士的船隊通過此次貿易獲取了巨大利益。
1517年，葡萄牙殖民當局再派啡瑙再次率艦隊前往屯門，並以朝貢的名義派遣使節托梅·皮雷斯與明廷談判，要求通商。一年後，啡瑙的兄弟西芒接替了他的職位，開始在屯門構築炮台、城壕，聚集軍艦掠奪往來商船，甚至擄掠人口販賣到海外為奴。
葡萄牙人在廣州沿海的海盜行為，以及滿刺加使節向明廷控訴葡萄牙人強占滿刺加王國的罪行，引起明朝的反製。1521年，海道副使汪鋐指揮明朝海軍進攻屯門，最終在圍困近一年後利用暴風雨天氣將葡萄牙人擊退。
1523年，明海軍又在新會西草灣發動突襲，擊敗了由麥羅·哥丁霍率領的前來援助屯門的武裝船隊。葡萄牙人被逐出廣東後，轉向浙江和福建沿海尋求貿易機會，並以浙江寧波附近的雙嶼港為基地。
他們與沿海的中國走私海商及倭寇勾結，從事走私貿易，在浙江和福建沿海亦商亦盜，挑戰明帝國的海上權威。1548年，浙江巡撫朱紈派兵剿滅雙嶼港各海盜勢力。據稱，此役有800名左右的葡萄牙人喪生。
此後，葡萄牙人重返廣東沿海活動，他們吸取了在浙江和福建的教訓，換了一副“恭順”的態度，繼續貿易。1553年，葡萄牙船長索薩到廣東向海道副使汪柏行賄，於1554年後以晾曬貨物為名，獲準進入澳門居停貿易，並逐漸在澳門泊船築屋，建立定居點。
從此，澳門逐漸成為廣東與海外貿易的中轉港口，中外海船群集。廣東當局派遣“守澳官”及軍隊駐紮澳門，管理港口船舶出入，收取商稅，可以說澳門成了大明帝國的一個“特區”。
1580年，葡萄牙人在日本長崎建立商館。他們依托果阿、馬六甲、澳門、長崎的據點和商館，壟斷香料產地，最終控製了印度洋與中國南海之間的主要航道和貿易，並向出入這兩個海域的亞洲商船征收過路費。
他們在澳門收購以絲綢為主的中國商品，轉販到盛產白銀的日本，然後用日本的白銀再到澳門購買暢銷歐洲市場的中國絲綢，和到馬六甲購買香料，運回歐洲銷售。
這樣，其運回歐洲的香料等貨物的貨款以及運費，竟能用東亞區間貿易所獲得的利潤支付。由此，葡萄牙在東亞貿易中賺取的巨額利潤吸引了其他歐洲航海強國。
西班牙人不甘於香料貿易為葡萄牙人所壟斷，他們的艦隊穿過美洲南端的海峽，也來到了東南亞。1521年，西班牙人闖入了葡萄牙人的勢力範圍——馬魯古群島，企圖與葡萄牙爭奪香料貿易市場。
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不過，根據雙方於1529年簽訂的《薩拉戈薩條約》，西班牙人同意將活動範圍限製在馬魯古群島東部。之後，西班牙人不斷增加在馬魯古群島以北地區的影響力。
1542年，西班牙遠征艦隊為了向王位繼承人菲利普二世(feipe2)表達尊敬，將這片區域命名為“菲律賓”。但是，1545年至1548年，墨西哥和秘魯發現了銀礦，於是，西班牙人將注意力集中到了美洲。
1564年西班牙人重返東方，他們占領了菲律賓中部米沙焉群島的宿務，正式在菲律賓建立起第一個殖民地。574年，西班牙人又占領了呂宋的馬尼拉，大力招福建商人和日本商人前往貿易。
西班牙人還開辟了馬尼拉——阿卡普爾科航線，通過“大帆船貿易”，連接東南亞與美洲的貿易市場。
當時，西班牙商人從墨西哥阿卡普爾科港出發，攜帶大量銀元到馬尼拉，然後再到葡萄牙人控製的澳門購買以絲綢為主的中國商品，最後經馬尼拉回到墨西哥的阿卡普爾科港。約一半的絲貨將被運往歐洲，其餘的則在西屬美洲銷售。
經過西方早期殖民者的努力，大航海時代的世界性的全球航運網就此成型。但是，隨著西方殖民者陸續進入亞洲地區，明帝國與亞洲各國通過朝貢貿易建立起的“宗藩”關係已難以維持。同時，私人海外貿易迅速發展起來，明帝國禁而不止。
於是麵對世界貿易的壓力，再加上嘉靖後期，倭寇問題得到基本解決，海禁政策帶來的種種弊端已為時人詬病，社會各階層要求開禁的呼聲也越來越高。
明帝國不得不順應時代的要求，相應地開始調整僵化的海禁政策。隆慶元年（1567年），明廷最終在福建漳州月港宣布部分開放海禁，準許私人海外貿易船申請文引，繳納餉稅，遠販東、西二洋（但因倭患不許去日本）。
月港開禁以後，明朝東南沿海私人海上貿易從地下轉為地上，得到迅猛發展，出現一派繁榮局麵。
這樣，以澳門與月港兩個不同性質的港口作為中國海外貿易的緩衝口岸，依賴澳門——日本、月港——馬尼拉這兩條重要的航運線平衡協作，東亞和東南亞新形勢下的貿易格局被建立起來。
但這個貿易格局很快卻因荷蘭人的東來而遭遇嚴峻的考驗。荷蘭作為大航海時代的後起之秀，曾是西班牙的附庸國。自1556年西班牙國王查理五世傳位菲利普二世後，尼德蘭開始為爭取獨立而公開叛亂。