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日本軍閥豐臣秀吉以武力統一了戰國時代大名紛爭的日本後，自感實力強大，迫不及待地發動對中國的戰爭。早在戰國紛爭階段，他奉命征伐時，就說過“圖朝鮮，窺視中華，此乃臣之素誌”，1585年時說：“如今為已征服全日本，地位晉升，鄰國在握，財富充裕，已無他求。唯望自己的名聲和權勢遺留後世。待日本諸事穩定後，將讓日本於兄弟，自己為征服朝鮮和中華，決意渡海”。1587年他在給愛妾淺野氏的信中說：“在我生存之年，誓將唐（明）之領土納入我之版圖”。豐臣秀吉在出征前還信誓旦旦地對留守日本的幕僚說：“你們在家裡等著吧！我軍將很快占領朝鮮！三個月後我國將定都北京！半年後我們征服全中國，然後我在杭州定居！”。
日本隻是幾個貧瘠海島組成的島國，菲律賓也是島國國土麵積跟菲律賓差不多，但是菲律賓的自然資源比日本富裕得多，人口和經濟實力也在日本之上，為什麼西班牙人占領的菲律賓沒有入侵中國的打算，而豐臣秀吉對入侵中國如此癡迷，而且如此自信和狂妄呢？原因很簡單，菲律賓本地人絕大大多數是華僑或者華人後裔，華僑和華人都不會攻打自己的祖國。西班牙人占領菲律賓的目的是跟中國做生意，他們並不想跟生意夥伴作對，因此菲律賓不會入侵中國。
日本的最早的土著居民是冰河期末期從東南亞通過海路和陸路遷徙到日本列島的古人類，土著居民在日本總人口中占比很小，日本的大多數非土著居民的祖先是從航海事業發達的中國東南沿海地區渡海而來的華人，正因為如此，日本人的住房、家具、服裝和木屐，喜歡洗澡、吃魚、喝米酒、吃米飯等習俗與中國江南、嶺南等地區人文風俗非常相似，他們語言和文化也跟中國南方非常相似。
而日本貴族和門閥大多數是中國唐、宋、明等朝代因為朝代更迭、社會動蕩而逃亡日本的大陸貴族、門閥和富商的後裔。明朝初年“靖難之變”時，有大批明朝貴族、軍閥和富商逃亡日本，這些明朝初年的遺老遺少在日本社會有巨大的影響力，他們積極參與日本社會的經濟建設和社會變革，他們大力支持和資助了豐臣秀吉的國內統一戰爭，以及對東亞大陸的戰爭，同時，這些明朝初年的遺老遺少很多是中華社黨中人，他們與歐洲和美洲的列強勢力有著千絲萬縷的關係，他們給豐臣秀吉引入了歐洲和美洲列強勢力的技術和幫助。因此豐臣秀吉才會如此自信和狂妄。
1592年明萬曆十九年、1597年萬曆二十五年，豐臣秀吉帶領日軍渡海殺人朝鮮半島，但是最終他們都敗給明軍。
豐臣秀吉雖然失敗了，但是他不計後果的勇敢行為，給日本、東北滿清等中國外部勢力入侵中國提供經驗和信心，從此外部勢力認為，中國並不是那麼強大，隻要方法得當，文武兼備，戰勝任何敵人都有可能。
在豐臣秀吉對東亞大陸的戰爭鼓舞下，盤踞中國東北滿清勢力開始進行全麵的侵華備戰。
1616年（明萬曆四十四年）後金建立，標誌著滿清完成建軍備戰，準備旗幟鮮明地與明朝爭奪天下。
1618年至1683年之間，明清戰爭爆發，戰爭亦演亦烈，最終導致明朝的徹底覆滅！1683年清軍攻占台灣，消滅明鄭王朝，至此清軍消滅所有的明朝殘餘勢力，標誌明清戰爭全部結束。
明清戰爭初期，明朝朝廷的問題全部暴露無遺。第一，朝廷政令不通，朝廷命令無人執行，很多朝廷調往前線作戰的部隊拿不到補給和糧草，這些作戰部隊隻能自謀生路，要麼去搶劫百姓，要麼落草為寇；第二，奸臣當道，勾結滿清，殘害戰將，袁崇煥等戰將被淩遲處死，導致明朝喪失民心和軍心；第三，官商勾結，侵吞國庫，壓榨民間，導致國家無錢、無糧、無物資、無軍備、無兵源，最終導致人民困苦，前線崩潰，國家滅亡！
1627年即明末天啟七年，陝北爆發農民起義，王二、高迎祥、李自成、張獻忠等部農民軍從小到大，從分散到集中，從遊擊流動作戰到運動流動作戰，轉戰大江南北。
1644年即明崇禎十七年三月，李自成率領的大順軍發動北伐，攻占明北京，滅亡明朝朝廷，從此消滅明朝殘餘的戰爭全麵打響。
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崇禎十七年（大順永昌元年，1644年）三月十五日（4月21日），大順軍抵達居庸關，監軍太監杜之秩、總兵唐通不戰而降，同時，大順軍劉芳亮部率領南路軍，東出固關後，真定太守邱茂華、遊擊謝素福出降，大學士李建泰在保定投降。三月十六日，李自成部過昌平，抵沙河。十七日進高碑店、西直門，以大炮轟城，入午攻打平則門、彰義門、西直門。三月十七日半夜，守城太監曹化淳率先打開外城西側的廣寧門，農民軍由此進入今複興門南郊一帶。三月十九日清晨，兵部尚書張縉彥主動打開正陽門，迎劉宗敏所部軍。中午，李自成由太監王德化引導，從德勝門入，經承天門步入內殿。
三月十九日，大順軍攻克北京，明朝崇禎皇帝朱由檢自縊身死，當天大順皇帝李自成進入北京，標誌著明朝的覆亡。
根據散落民間大順朝廷史料記載，大順軍在清點明朝朝廷的財物時，發現朝廷金庫已經空虛，國家文物、文史檔案、科技檔案、《永樂大典》等朝廷藏書全部喪失。大順軍通過對明朝朝廷官員和京城市民得知，在大順軍入城前幾個月，有成千上萬的馬車和牛車將朝廷的各種物資和人員運往天津港，這些物資和人員都乘坐海船去了日本、琉球或南洋，甚至有人說，崇禎皇帝也逃跑了，那個吊死鬼是一個替身。這說明，有海外勢力在有組織有計劃地幫助明朝朝廷人員和物資出逃，這些海外勢力肯定是歐洲和美洲的洪門、共濟會和光明會等秘密社黨。
順治元年（大順永昌元年，1644年）四月七日，滿洲貴族調滿、蒙、漢兵，幾乎傾巢出動，由攝政王多爾袞率領南下。此次清軍的行軍路線，計劃仍采用過去入關南下的路線，即繞過山海關，由長城突入。四月十五日，清軍進至翁後（今遼寧阜新附近），接到鎮守山海關的明遼東總兵吳三桂的“乞師”書，立刻改道向山海關進軍，清軍在明朝將領吳三桂的帶引下大舉進入山海關內。山海關，依山臨海，形勢險要，是明長城東部的”個重要關口。
吳三桂在李自成起義軍攻入北京時，他已率精銳入山海關，李自成曾對其招降，不允，雙方發生激戰。順治元年（1644年）四月二十一日，大順軍數千騎兵進逼山海關西羅城下，城北翼一支明軍起義歸順李自成，山海關城陷在即。
順治元年（大順永昌元年，1644年）四月二十二日，清軍疾馳至山海關，吳三桂開關迎入。在吳三桂與清兵兩軍合力下，李自成起義軍寡不敵眾，隻好撤退，於是山海關大門洞開，清軍大批進關馳入中原。
清兵進關後，見大順軍從北山至海邊排列成一字長蛇陣，多爾袞即令清軍沿近海處鱗次布列，吳三桂軍排列於清軍的右邊，采取重點突破戰術。這時正值大風揚塵，能見度很低，清軍得以從容布陣。少頃，風止，多爾袞一聲令下，清軍呼嘯出擊，萬馬奔騰，飛矢如蝗。大順軍雖拚死抵抗，但強弱易形，兵員同吳三桂軍已鏖戰一晝夜，麵對以逸待勞的清軍很快就被擊敗，陣容大亂，大將劉宗敏也負了傷。李自成立馬小崗阜上見敗局已定，下令急速撤退。行至永平府範家店時，李自成決定將吳襄處斬。二十六日，回到北京，又殺吳三桂家屬三十四口，可見李自成對吳三桂的勾引清兵、叛變欺詐極為痛恨。而吳三桂卻在山海關戰役剛剛結束就率領關遼軍民剃發降清，由多爾袞承製封為平定王。
大順軍敗回北京以後，李自成曾經考慮過據守北京，二十七、二十八兩日采取了備戰措施，責令軍民火速拆除城外羊馬牆及護城河旁房屋。但是，經過斟酌，大順軍領導人終於決定放棄北京，主動西撤。這是因為大順軍在北京地區不可能集中一支足以固守待援的兵力，跟蹤而來的清軍一旦圍城，大順政權的領導人物和敗回兵將就可能成為甕中之鱉；加上城內居民親眼看到大順軍敗陣而回的狼狽情況，訛言四起，潛在的敵對勢力也待釁而動。在這種形勢下，李自成斷然決定二十九日在北京舉行即位典禮後，立即率部西撤。離京前“分付闔城人民，俱各出城避難”，同時下令放火焚毀明代宮殿和各門城樓。大順軍撤退時，“城中扶老攜幼西奔者絡繹不絕”，一些明朝降官如龔鼎孳、塗必泓等人也自動隨軍西行。這說明大順政權在當時仍有相當威望，城中官民對此後局勢的變化尚難逆料。
清軍在山海關地區作了短暫的休整，即向北京進發。四月三十日晚上，多爾袞在薊縣獲悉大順軍已經撤離北京，命令多鐸、阿濟格和吳三桂等帶領精兵火速追擊，目的是進一步重創大順軍，儘量截留被大順軍運走的金銀財物。他自己率領部分兵力於五月初二日由朝陽門進入北京。當時北京城裡的官紳士民並不清楚吳三桂已經投降清朝等情況，紛紛傳說吳軍殺敗大順軍，奪回明太子朱慈烺，即將送回北京即位，因此準備了皇帝的鹵簿法駕出城迎接。沒想到昂然而來的是清攝政王多爾袞，許多人大吃一驚偷偷溜走，少數官僚則將錯就錯地把多爾袞迎入劫後僅存的武英殿，拜倒在愛新覺羅皇室腳下。
五月初八日，清軍在慶都（今河北省望都縣）城東追上大順軍。李自成命蘄侯穀英率兵阻擊，被清軍擊敗，穀英陣亡。接著，清軍又在真定（今河北省正定縣）再次獲勝。大順軍在畿輔已無法立足，經井陘退入山西，留精兵扼守固關。追擊的清軍於五月十二日返回北京。
清軍占領北京之後，多爾袞嚴禁搶掠，停止剃發，為明崇禎帝朱由檢發喪，博得了漢族士紳的好感，然後迎請順治小皇帝赴京登基，很快穩定了占領區內的形勢。順治元年（1644年）六月，多爾袞與諸王貝勒大臣商議決定，遷都北京。清廷遷都北京既是出於統一中原、雄霸九州的目光，也是基於退可出關外的戰略考慮。清廷以多爾袞為首者認為要“以圖進取”，必須遷都北京，隻有占據這個關口才能進而統一全國，“以建萬年不拔之業”。八月二十日，清朝開始遷都。九月，順治帝從盛京（沈陽）到達北京。十月初一，順治帝在皇極門（順治二年改稱太和門）向全國頒布登基詔書，清王朝正式定都北京，開始了以北京為都城的長達260多年的統治。
順治元年（1644年）十月，清軍分南北兩路進攻大順軍：北路由英親王阿濟格、吳三桂、尚可喜率領經大同、榆林、延安南下，南路由豫親王多鐸、孔有德率領經河南進攻潼關。同時，肅親王豪格率領的一部清軍業已占領河南、山東一些地方。翌年（1645年）正月，多鐸在潼關擊敗大順軍，李自成率主力連夜撤回西安。潼關為清軍所占，入陝門戶洞開。阿濟格部清軍進入陝北後，以一部分兵力圍攻據守榆林、延安的李過、高一功部大順軍，自己領兵南下西安。自此，李過、高一功部被切斷了往西安的退路，被迫放棄陝北，取道漢中，由四川入鄂。在清軍兩路重兵合擊下，李自成不得不放棄西安，取道商洛、豫西，轉入湖廣襄陽。
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占領西安後，清廷命多鐸部東進南京，摧毀弘光政權，命阿濟格部繼續追擊大順軍。此時，50萬大順軍已是軍心渙散、紀律鬆懈、指揮混亂，在清軍追擊下，在襄陽、九江等地連敗十三仗，喪失了全部轄地。五月，李自成率兵一部退至湖北通山縣九宮山時，遭當地地主武裝襲擊，不幸犧牲，大順政權遂而瓦解。其餘部30餘萬後來在李過、李來亨等領導下與南明政權聯合，繼續抗清，最後於康熙三年（1664年）失敗。
張獻忠的大西政權由於地處四川一隅，對全局無太大影響，所以清廷在摧毀大順政權和弘光政權之後，開始把注意力轉向割據一方的大西軍。順治三年（1646年），豪格率清軍由陝西入川，征討“大西”政權。十一月，清軍對張獻忠在西充的大營發動了淩厲的攻勢，農民軍兵敗如山倒，張獻忠也在此役中中箭身亡。大西政權隨之瓦解。其餘部在孫可望、李定國領導下南走雲貴，逐步走上聯明抗清的軌道，成為永曆朝的軍事支柱。後來孫可望投清，李定國繼續鬥爭，堅持到清康熙元年（1662年），最後失敗。
明朝滅亡後，福王朱由崧監國南京，後即皇帝位，改元弘光。在麵臨戰爭這個關係命運存亡的問題上，也是舉足失措。他們天天講“討賊”、喊“中興”，報君父之仇，把主要危險和敵人看成是李自成和張獻忠等農民軍，以全力防禦。其實他們對北方的情況一點也不了解，還看不到威脅南明存亡的已不是農民軍，恰恰是清政權。六月間，史可法在《款清滅寇疏》中，還強調：“目前最急者，無逾於辦寇矣。”事實是，農民軍已被清、吳軍擊敗，退到陝西後，一蹶不振了。而清已據有北京及其畿輔地區，正在準備南下。史可法及南明決策人還不以為意，說：“但清既能殺賊，即是為我複仇。予以義名，因其順勢，先國仇之大而特宥其前辜，借兵力之強而儘殲其醜類，亦今日不得不然之著數也。”他們把清入京看成是幫助明朝複仇的友好舉動，主張繼續借用清兵全殲農民軍。與清議和，實行“聯虜擊寇”的方針，是舉朝一致的意見，已成為南明一項國策。
順治二年（1645年）四月辛未，清軍圍攻江北重鎮揚州。督師江北的兵部尚書史可法率城中百姓抵禦清軍，最終揚州在被圍五天後淪陷。清軍攻破揚州之後進行了十天屠殺，史稱“揚州十日”。五月初八己醜，清軍自瓜洲渡江。清軍攻克南京後，多鐸命降將劉良佐帶清兵追擊弘光帝。五月二十二日癸卯，總兵田雄、馬得功、丘鉞、張傑、黃名、陳獻策衝上禦舟，劫持弘光帝，將其獻給清軍。豫王多鐸命去鎖鏈，以紅繩捆綁。五月二十五日丙午，朱由崧乘無幔小轎入南京聚寶門，頭蒙緇素帕，身衣藍布袍，以油扇掩麵，兩妃乘驢隨後，夾路百姓唾罵，有投瓦礫者。多鐸在靈璧侯府設宴，命朱由崧居於北來太子之下。宴罷，拘弘光帝於江寧縣署。
弘光政權覆滅後，東南地區先後又出現了兩個明政權。順治二年（1645年）閏六月二十七日，張肯堂、黃道周、鄭芝龍等舊明官僚擁立唐王朱聿鍵在福州即位，年號隆武，是為隆武政權。次日，張國維、張煌言等另一批舊明官僚擁魯王朱以海監國於紹興，是為魯王政權。兩政權都占有一定地盤，擁有一定兵力，但政治腐敗、內部分裂，相互間不能協同作戰。
順治三年（1646年）正月，清廷命博洛為征南大將軍，南下浙、閩。五月，清軍趁天旱水淺之機渡過錢塘江，魯王江上諸軍皆潰。六月，清軍攻占紹興，魯王逃往台州。不久，浙東政權軍事統帥方國安以及馬士英等降清，寧波、溫州、義烏等地失守，清軍據有浙江大部。魯王逃往海上，先後依靠鄭彩、張名振、張煌言、鄭成功等保護。順治八年（1651年）九月，浙東政權的最後根據地舟山島被清軍攻占。魯王往依鄭成功。順治十年（1653年）自去“監國”號，浙東政權結束。博洛攻占浙江後，立即揮師南下，分兵兩路經衢州、廣信（今江西上饒）撲向福建的隆武政權。金聲桓部清軍則開始攻贛州，進迫福建，切斷唐王與湖廣的聯係。同時，隆武政權掌握兵權的鄭芝龍暗中降清，“儘撤關隘水陸諸防”，使清軍從容越過福建的門戶——仙霞嶺，八閩望風瓦解。朱聿鍵由延平急奔汀州。清趙布泰軍經崇安進占福州，鄭芝龍率11萬軍隊投降。接著，清軍攻占漳州、泉州、興化（今福建莆田）等地。隆武帝又為清兵追騎捕獲，押回福州處死。隆武政權覆滅。福建、江西儘為清軍所占。
順治三年（1646年）桂王朱由榔在丁魁楚、瞿式耜等支持下在肇慶稱帝，是為永曆政權。清軍占領湖南、兩廣後即部署雲貴戰事，但是在順治九年至十三年（1652年至1656年）間，永曆政權在西南以大西軍為主，在東南以鄭成功、張煌言為主，舉行東征和北伐，迫使清廷對雲貴的軍事行動中斷了四五年之久。順治十六年（1659年）二月，李定國在磨盤山（今雲南騰衝、龍陵間）伏擊清軍失敗，被迫退走邊境。永曆帝見大勢已去，遂入緬甸。順治十八年（1661年），清軍以內大臣愛星阿為定西將軍自騰越發兵，分兩路追擊逃緬明軍，南明軍受到重大打擊。十二月，永曆帝被緬人交出，翌年，被吳三桂絞死於昆明。不久，李定國病逝於猛臘。南明政權至此徹底滅亡。清軍從入關到消滅南明政權花了18年的時間，入關戰爭遂告結束，清朝終於建立起對全國的統治。
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