宋高宗對於秦檜的行為也隻是默許，後期由於秦檜權勢太大，引來宋高宗的警覺，宋高宗親下命令，使秦檜的孫兒失去狀元，秦檜的權勢日漸下降。
紹興二十五年（1155年），秦檜病重，他又策劃讓其子接替相位，被宋高宗否決，不久就一命嗚呼。
秦檜去世後，宋高宗一方麵打擊其餘黨，一方麵重用投降派官員，宋高宗因喪失生育能力，他從太祖趙匡胤的兩名後裔趙瑗和趙璩中選擇繼承人。
紹興卅二年（1162年），趙瑗被立為太子，並改名趙昚。
紹興卅一年（1161年），金海陵王完顏亮南侵，被虞允文在采石擊退，此事讓宋高宗萌生退意。
紹興卅二年六月，五十六歲的高宗下詔退位，太子趙昚即位，是為宋孝宗，高宗自己則稱太上皇，居德壽宮，高宗成為太上皇後，縱情享樂，花費巨大。
宋孝宗即位後，改革朝政，力圖恢複，宋朝相對進入到一個興盛時期，宋孝宗平反嶽飛冤獄，起用主戰派人士，銳意收複中原。
隆興元年（1163年）四月，宋孝宗令李顯忠、邵宏淵等出兵北伐，北伐雖然一度勝利，但由於各路將領不和，加上輕敵思想，北伐曆時僅二十日就告失敗。
之後，宋孝宗不得已與金和談，隆興二年（1164年）十二月，宋、金正式簽定和議，史稱隆興和議。
但宋孝宗仍然念念不忘恢複中原，繼續整頓軍備，而由於虞允文等一批主戰派將領的辭世，最後北伐事業不了了之。
在內政上，宋孝宗積極整頓吏治，裁汰冗官，懲治貪汙，加強集權，重視農業生產，總體說來，宋朝的內政形勢有所改觀。
宋高宗死後，宋孝宗對政治日益冷感，最後決定讓位於其子趙惇，也就是宋光宗，然宋光宗即位不久就患了精神疾病，加上他對自己非常不孝，讓宋孝宗十分傷感，紹熙五年（1194年）七月，宋孝宗去世。
宋光宗好猜忌，非常不信任其父孝宗的周遭大臣，因此他即位兩年後就日漸瘋癲，宋孝宗病死後，宋光宗竟然不服喪。
臨安城內混亂不堪，局勢不穩，宗室趙汝愚和趙彥逾便開始秘密策劃立新君，最後，太皇太後下詔，宋光宗被奉為太上皇，他的兒子趙擴即位，是為宋寧宗，改元慶元（1195年）。
六年後，宋光宗去世。
史載宋寧宗“不慧”，智商低下，宋寧宗一朝都被兩名權臣——韓侂胄和史彌遠操控，儘管宋寧宗智商低下，但總體而言尚算一名忠厚之主。
開禧二年（1206年），韓侂胄貿然進行北伐，結果很快就遭到了失敗，北伐的失敗讓韓侂胄成為眾矢之的，他的政敵史彌遠借此與主和派和韓的反對派集結成聯盟，而金人又以殺韓侂胄作為和談條件之一。
開禧三年（1207年）十一月三日，史彌遠等偽造密旨，將韓侂胄殺死，從此之後開始了史彌遠專政時期，史彌遠與楊皇後勾結，大權獨攬。
宋寧宗本有八子，但都夭折了，於是他立沂王的兒子趙竑為太子。
而趙竑對史彌遠的專政非常不滿，因此史彌遠廢趙竑太子之位，改立趙昀為皇位繼承人。
嘉定十七年（1224年）閏八月三日，宋寧宗去世，趙昀接替即位，是為宋理宗，但是，史彌遠繼續其的專政，而宋理宗也奉行韜光養晦的策略。
紹定六年（1233年）十月，史彌遠去世，宋理宗終於擺脫了史彌遠的陰影，次年，宋理宗改元端平，實施一係列改革措施，史稱“端平更化”，理宗將史彌遠舊黨儘數罷斥，朝政一度得到了改觀。
同時在北方，金朝正麵臨蒙古的步步緊逼，麵臨亡國，朝中的對外政策也分成了兩派，一派認為應該聯蒙抗金；另一派認為應該銘記唇亡齒寒之道理，以及海上之盟的教訓，援助金朝，讓金成為宋的藩屏。
紹定五年（1232年）十二月，蒙古遣使來商議宋蒙合作夾擊金朝，當朝大臣大多讚同，隻有趙範反對，宋理宗答應了蒙古的要求，蒙古也允諾滅金之後將河南還給宋朝，但是這隻是口頭協定，沒有留下書麵協定，因此埋下了後患。
金哀宗得知後，也派使節來宋朝陳述厲害，希望聯合抗蒙，但被宋理宗拒絕，宋理宗任命史嵩之主管滅金事宜。
紹定六年（公元1233年），宋軍攻克鄧州，端平元年（公元1234年）五月，蔡州被攻克，金哀宗自縊，金朝滅亡，宋將孟珙將金哀宗遺骨帶回臨安，宋理宗將金哀宗遺骨供奉於太廟，以告慰徽、欽二宗在天之靈。
金朝滅亡後，蒙軍北撤，河南空虛，理宗意圖據關、守河、收複三京，光複中原，端平元年（1234年）五月，理宗任命趙葵為主帥，全子才為先鋒，下詔出兵河南。
六月十二日，全子才收複南京。
七月五日，宋軍進駐開封，但由於糧草不濟，貽誤戰機，宋軍進攻洛陽時被蒙軍伏擊，損失慘重，各路宋軍全線敗退。
端平入洛宣告失敗，宋在此役中損失慘重，大量精兵與物資付諸流水，也為之後蒙古侵宋提供借口。
端平入洛之後，宋理宗怠於政事，沉迷於聲色犬馬，朝政大壞。
宋理宗兩子早夭，因此最後理宗擇其弟趙與芮之子趙禥為皇儲，由於趙禥其母曾在懷孕期間服用過墮胎藥，因此趙禥先天不足，景定元年（1260年）六月，理宗下詔立趙禥為太子。
景定五年（1264年）十二月廿六日，宋理宗去世，趙禥即位，是為宋度宗。
端平二年（1235年），蒙軍首次南侵，被擊退，蒙軍並不甘心失敗，於次年九月和第三年兩次南侵，其前部幾乎接近長江北岸，由於宋軍奮勇作戰，打敗蒙軍，再一次挫敗蒙軍度江南下的企圖，而後，南宋軍民又在抗蒙將領孟拱、孟瑛、餘玠等人的指揮下，多次擊敗蒙軍，使其不得不企圖繞道而行。
開慶元年（1259年），蒙古大汗蒙哥在征戰合州時，受宋軍的流矢所傷因而死於軍中，其弟忽必烈正於鄂州與宋軍交戰，聽到消息後，立即準備撤軍以便奪取大汗之位，賈似道借機派人與忽必烈議和，以保太平。
鹹淳七年（1271年），忽必烈在大都建國號為元。
鹹淳十年（1274年）七月九日，年僅35歲的宋度宗去世，宋度宗去世後，其長子趙顯即位，為宋恭宗，當時，宋朝的統治已進入癱瘓狀態。
德祐元年（1275年）春，元軍攻克軍事重鎮安慶和池州，威逼建康，長江防線崩潰，朝野大震，各界都冀望賈似道能出征，結果宋軍大敗，賈似道被貶，在赴任途中被監押官鄭虎臣所殺。
同年十一月二十日，常州淪陷，元軍舉行大屠殺，不久平江也告淪陷，臨安人心惶惶。
德祐二年（1276年）二月初五，臨安城裡舉行受降儀式，宋恭宗被俘，南宋滅亡，宋室和廣大的愛**民始終沒有投降，拚命抵抗。
趙顯之弟趙昰和趙昺被大臣保護逃出臨安，趙昰在福州即位，是為宋端宗，改元景炎（1276年），文天祥在陸地組織軍民反抗元軍侵犯，而朝臣陳宜中、張世傑、陸秀夫等人護送趙昰和趙昺乘船南逃，和宋室在海上漂泊，組成行朝。
景炎三年（1278年）春，小朝廷抵達雷州，四月十五日，年僅十一歲的趙昰去世，陸秀夫與眾臣擁戴趙昺為帝，改元祥興。
在元軍猛攻下，雷州失守，小朝廷遷往崖山，元軍在漢人將領張弘範領軍，緊追在後，對崖山發動總攻，宋軍全線潰敗。
趙昺隨陸秀夫及趙宋皇族八百餘人，集體跳海自儘，張世傑率領水軍餘部突圍而出，來到海陵山腳下，聽說陸秀夫背負帝昺共同殉國的噩耗，張世傑悲痛不已，墮身入海，愛**民紛紛投海自儘。
至此，宋朝至此宣告徹底滅亡，張弘範特於此立“張弘範滅宋於此”碑。