然而，侯於趙實地查看後，卻提出了一些實際的問題，認為應該先開鑿良城伏石，事先修好豐、沛的堤防，再慢慢商議動工開挖河的事。
主管此事的工部在呈報中的說法，也與侯於趙一樣，“謂開非數年不成，當以治河為急”。
萬曆皇帝聽後，很不高興。
責備侯於趙等人阻礙這件事，對其勘察的奏議表示質疑，並說這和傅希摯的奏議大不相同，指責他們是“不能靠其辦成大事的人”。
但實際上仍聽任了他們“先治黃河後開“的想法，使開之議再次泡湯。
至此，“開河”之議已成為一個燙手的山芋，對朝廷來說拿不起又放不下，朝臣們對此更是忌憚慎言，再不敢觸碰這個話題。
這種情況持續到萬曆二十一年，黃河又決口下漫沛縣、徐州，漕運再次被阻。
當時舒應龍任總河尚書，他借宣泄微山湖及其魚台等縣積水的議題，奏準在韓莊開一支渠，從韓莊向東，引湖水經過彭河走。
韓莊支渠開挖雖然仍沒有解決運河避開黃淤的問題，但它卻在很大意義上揭開了開挖河的帷幕。
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之後在萬曆二十五年和二十八年黃河大水之際，黃河又在徐州黃決口，河道向南遷移，徐州、呂梁以下河段幾乎斷流。
到此時，開挖迦運河已經由考慮變成必須，朝中大臣這才開始支持此議。
在劉東星主持下，於原來舒應龍開挖的韓莊支渠基礎上，對河槽加寬加深。
劉東星排除種種困難，終於在萬曆二十九年開通了河。
並於韓莊向北在湖東開河四十五裡，以便纖挽船隻，避免湖中行船風險。
河雖然初步開通，但尚不能通運，僅能通行小船：“河身尚淺，水二、三尺不等，江浙、湖廣糧船重大，艱以通航”。
萬曆三十一年，時任總河侍郎的李化龍再一次提出開挖河通運，並於次年正月上《請開河酌浚故道疏》，其中提出開河的“六善”、“二不疑”說，更全麵闡述了開通運和避黃的必要性及益處，言之具體而現實，深得萬曆皇帝的讚成。
詔命即刻集中力量開工，為漕運大計做好長遠的打算。
李化龍循舊跡，自夏鎮南李家口向東經種口，漸轉東南郗山，至韓莊折向東，經台兒莊轉東南至邳縣直河口入黃河，全長二百六十裡，統稱河，至萬曆三十二年五月通航。
至此，後世可見的京杭大運河才算徹底確定下來，直到新中國建立，運河依舊保持著現在的河道，再未改變。
實際上，迦運河的開通，基本上解決了黃河水患對漕運的阻礙，用清代治河專家、河道總督靳鋪的評價說：“有明一代治河，莫善河之績。既避黃河之險，又資泉湖之利”。
綜觀明代圍繞山東南部的治河保運，朝廷大臣在主張上形成兩派：即“借黃行運”派與“避黃行運”派。
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