這事兒因為他影響力不夠，宣告破產。
隨後他又像是轉了性子。
1925年，餘雲岫受邀參加遠東熱帶病學會議。
在會上，他以實際案例證明中醫在某些疾病的診斷和治療方麵具有獨特優勢。
指出，唐代醫書《崔氏彆錄》中關於瘰鬁與肺癆的記載，比西方醫學早了一千多年，這一觀點引起了與會專家的極大興趣。
這時候他像是重新認可的中醫。
但是在同年，中國教育界先後在長沙、太原召開會議，通過了相關議案，決定將中醫納入學校體製中。
此事報請教育部批準時，餘雲岫卻突然殺出，聯合多人上書教育部，堅決抵製。
當時教育部以此為借口，斷然拒絕了中醫進入大學學科體係的要求。
中醫界多年努力功虧一簣，此後中西醫界之關係迅速惡化，兩大陣營間水火之勢漸成。
真正讓他為眾人所熟知的，是在幾年後的一次會議上。
民國十八年召開第一屆中央衛生委員會會議，在會議前，餘雲岫就起草了《廢止舊醫以掃除衛生事業障礙案》。
餘雲岫對廢止中醫之理由、原則及具體辦法作了明確規定，他認為中醫在衛生行政上毫無地位，應當立即廢止。
其舉出四條廢止的理由，這四條理由餘氏之結論為：“舊醫一日不除，民眾思想一日不變，新醫事業一日不向上，衛生行政一日不能進展。”
大會上當時在場討論了這一議題，除醫學外行次長和兩個參事抱有懷疑態度外，其餘人員更是滿場一致通過。
值得一提的是，此次會議上沒有一個中醫人士參加。
隨後在2月26號滬上《新聞報》首先將此事公之於眾，幾天後，餘雲岫主編的《社會醫報》出版中央衛生委員會特刊公布。
此案一出，各界震動。
當時全國中醫人士嘩然而起，群情激憤。
無數南北中醫世家，眾多中醫館醫師，或走上街頭抗議，或來到報社前靜坐。
有名的中醫，還有社會各界人士，都開始陸續在報紙上為中醫發聲。
中醫界開始在滬上《新聞報》、《申報》、《時事新報》上發表在滬上召開全國醫藥團體大會之通告、通電。
這些報社也陸續發表社評，跟蹤報道中醫界抗議集會動向，並給予輿論支持。
有了輿論界之支持和響應，中醫界舉行的各種抗議集會及反對廢止中醫案的文電接連在各大報刊上發表，形成了聲勢浩大之輿論攻勢。
當時，國民政府內部對中醫存廢問題意見並不統一。
其中以汪精衛、褚民誼為代表之部分政要主張廢止中醫，而以譚延闓、於右任、林森、陳果夫、焦易堂等國民黨政要，則主張保存中醫。
中醫界掀起的全國性抗爭活動，引起了全社會的關注，也影響著社會安定與政府威信，剛剛統一全國之南京國民政府，不願意因為一些無關緊要的事件而引起社會較大動蕩。
加上支援中醫界的人實在太多了。
於是，當中醫界掀起大規模抗爭後，出於政府統治穩定的考慮，國民黨多數政要對西醫界利用中央衛生會議廢止中醫案這一舉動公開表達了不滿。
至此，順理成章，廢止中醫案以失敗告終。
為慶祝這次勝利，從1929年起，3月17日被定為“中國國醫節”。
國家成立了國醫館，WH市設立了分館。
第二次，餘雲岫的計劃，也就這樣再次胎死腹中。
此事過後，餘雲岫又再次偃旗息鼓，他開始致力於中西醫結合教育的改革，編寫了一係列新型教材，他主張在保留中醫精華的同時，吸收西醫的科學方法。
這期間他培養了一批被他灌輸思想的學生。
接著就是第三次，也是最有名的一次。
1950年8月，第一屆全國衛生大會在首都中山堂隆重召開。
會議第三天上午，輪到餘雲岫發言，當時72歲的他站在主席台上，再次當著全國衛生工作者的麵，提出了廢除中醫的議案。
一時間再次震驚全場。
他闡述了三點理由：第一，中醫理論缺乏科學依據，陰陽五行學說屬於封建迷信；第二，中醫教育缺乏規範，師徒傳承模式落後；第三，中醫診斷方法主觀性強，難以形成統一標準。
此言論一出，當即在會場引發軒然大波，一些西醫當場表示認同。
而中醫則是群情激憤，想起了這位前兩次的“光榮曆史”，實在是沒想到這麼多年過去，他又蹦出來老調重彈了。
不過當時擔任衛生部副部長的賀誠和王斌，對餘雲岫的提案表示了支持。
賀誠在討論中指出，蘇聯醫療體係完全采用西醫，取得了顯著成效。
接著王斌則提議參照蘇聯模式，逐步淘汰舊醫。
隨後衛生部接受餘雲岫的思想，規定中醫必須通過西醫考試才能執業。
事已至此，餘雲岫幾乎成功。
不過隨後，鄧鐵濤帶頭發文做出了反擊。
其餘隨之紛紛響應，一時間聲勢再起。
消息很快傳到教員耳中。
得知這一消息後，他老人家立即召開會議，討論此事。
隨後更是明確指出中醫是傳統文化遺產，不能輕視。
舉例延安中央醫院在抗生素極度缺乏的戰爭年代，中醫藥在傳染病防治中發揮了重要作用。
當日，賀、王兩位副部長被免職。
餘雲岫他第三次廢除中醫的計劃，再次失敗。