談到消化生理，與《泰西水法》所說不同，主張口、胃、肝“三化論”，反對“外之火化”，卷3還介紹了血液循環原理；卷4論感覺係統，談到視、聽、嗅、味、觸諸覺，還論及涉記之職，卷7論睡眠及夢，嘗8論心及心囊，采用亞裡士多德之說，還介紹了肺、鬲、氣管，討論呼吸與循環的關係。書中介紹了蓋倫的靈氣說，四德、四液與五臟、四季相配等理論。
&nartinusmrtini1614～1661的《真主靈性理論》，論及人體骨骼數目及其生理功能。德國傳教士湯若望(p.j.adamsclvonbell1591～1666著《主製群證》2卷。上卷論人身骨骼數目和功用，肌肉數目，血液的生成，在論及生養之氣和初覺之氣時，將微細管與神經相混淆；介紹了靜脈、肝靜脈、肝門脈、心大動脈和心大靜脈；談到腦和腦神經生理。解剖生理多本蓋倫學說，與上述諸書大同小異，可能是由所據藍本相同造成的。葡萄牙傳教士博汛際(p.francisusfurtado，1587～1653的《寰有詮》和《名理探》，提到心臟和視覺功能，論及人與四體液的關係，提出大腦具有控製知識、記憶、意誌及情緒等作用。
瑞士傳教士鄧玉函(p.joaerrenz，1576～1630，是傳教士中最博學者，他是一位醫生、哲學家和數學家，是伽裡略和布魯諾的好朋友。他的精湛醫術，得到皇宮貴族的賞識，35歲時加入耶酥會。萬曆四十六年(1618離裡斯本，到印度、交趾和中國、途中收集了大量礦物、動物和植物標本，研究了氣候學和人種學，均記入旅行筆記。
天啟元年(1621，鄧玉函達澳門行醫。同年8月26日，他寫信給lincei研究院，談到他解剖日本ymexie神父的屍體事。謂ymexie生前嗜煙過度，常覺燥熱難敖，經解剖發現其肺臟乾枯如海棉，上麵藍點很多。這是西方醫生在華剖驗屍體的最早記錄。
鄧玉函進京後，專門研究編修《崇禎曆法》，晚年曾想向中國介紹西方解剖學，經他翻譯校閱的有《人身說慨》和《人身圖說》。
二傳教士的醫學譯述
外國傳教士在介紹西方科學技術翻譯的著作中，專論醫學的僅有兩部。《泰西人身說概》鄧玉函所用底本是瑞士巴塞大學的解剖學家、內科學家和希臘文教授包因(carspardbanhin著的《解剖學論》。分為兩卷、上卷：骨、脆骨、肯筋、肉塊筋、皮、亞特諾斯、膏油、肉細筋、絡、脈、細筋、外複皮、肉、肉塊、血等15部。下卷：總覺司、附錄利西泰(即利瑪竇記法五則、目司、耳司、鼻司、舌司、四體覺司、行動、語言等內容。該書是以希波克拉底、亞裡士多德和蓋倫的醫學理論為依據的，還沒有現代醫學的係統分類。
《人身圖說》，附於《人身說概》之後，原由鄧玉函、龍華民
p.nicolaolonbardi，1559～1654合譯，羅雅各(p.jacobuspho，1593～1638續譯完。分上卷圖說和下卷圖形加說兩部，優於《說概》處為圖形精美。生理學內容也大為增加，但仍沿襲希波克拉底和蓋倫的學說。本書有詳儘的解剖圖，新增有內臟情況、泌尿生殖及胚胎介紹，均為《人身說概》所無。對每一局部的解剖情況，列述尤明。《人身圖說》隻有抄本流傳，但從明末起仍有一定影響。清代劉獻庭《廣陽雜記》載的“女變男”傳說，便是據《人身圖說》的某些生理觀點提出的。
三早期西洋醫學機構的介紹與建立
1、傳教士譯著中的西方醫事製度
在傳教士譯著中，偶可見零星的關於西方醫事製度的介紹，在艾儒略《西學凡?醫學》中說，醫學是西方大學四學科之一，共讀六年。
《西方答問》卷上“濟院”一節中介紹了歐洲慈善機關的設置情況，雲分五等：一為普通病院，一為傳染病院，一為殘廢病院，一為育嬰堂，一為收容無依旅客者，稱“施舍之院”。
2、葡萄牙在澳門設置的醫事機構
嘉靖三十六年(1557，葡萄牙政府在澳門設置官吏，成為它的領土，西方醫生、傳教士便在那裡醫務活動。隆慶三年(1569，澳門主教加奈羅(melchiorcarreiro建醫院二所，一收教友，一收教外人。院名為santacazademizericodia,不久澳門又建聖拉斐爾醫院(st，rap\\\"s，來澳的外國旅行者多在此求醫。祟幀十三年(1640、清康熙六年(1667曾二次重建此院，乾隆十二年(1747進一步擴建。院中有高牆，分男女二部，有病床40張，非教徒也能在醫院看病。該院要求醫院對病者一視同仁，命令裹紮傷口的助手負責配製藥劑。萬曆七年(1579左右澳門置麻風病院1所。萬曆二十二年(1594設澳門聖保羅醫院，並附設實習班。教授神學、哲學、拉丁文學，有圖書館、觀象台及藥房等，是在中國設立的最早西醫學校。清乾隆二十八年(1763葡萄牙王命令封閉，後於道光十五年(1835毀於大火。
四中西藥物交流
1、中國藥物輸向歐洲
萬曆三年(1575，西班牙傳教士拉達(martinderade,1533～1578受菲律賓殖民政府派遣，到福建沿海活動，購回大量書籍，有“關於草藥的許多書籍，為治療疾病而投以草藥的方法”。中醫藥知識假傳教之手，向西歐傳播。定居在中國內地的傳教士，在這方麵起得作用更大。
&nic，1612～1659，波蘭人，任過波蘭王sigismond的首席禦醫。在華期間，留意中國藥物學，用拉丁文寫出《中國植物誌》(florasinensis，實際是《本草綱目》的節本，是目前所知向西方介紹中國本草學的最早文獻，清順治十三年(1656在維也納出版。他還著有《醫論》(clavismedica，全書共六部分，譯有王叔和《脈訣》、中醫舌診和望診，收集了近300味中藥，有木版圖143幅，銅版圖30幅。當時耶酥會與荷蘭印度公司有隙，書被改名為《中醫示例》(spemediesinicae，以cleyerdecassel名義於康熙二十一年(1682出版。至康熙二十五年(1686才恢複卜彌格的名字，用原版本刊印。卜彌格未刊稿中還有《中國醫學家》(medicussinensis，但未見。這些著作領受西方學者注意，吸引他們研究中醫藥。
2、西洋藥物學的傳入
西洋藥物中金石為多，草藥中有不少製成藥露。因無特彆療效，傳入數量不多，影響不大。明代與歐洲的醫藥交流對醫學發展，並未產生深刻影響。這一時期的中西醫交流可以說是平行的，還沒有可能和機會發生交鋒和碰撞，包括象王肯堂這樣與傳教士有過私人交往的醫家。
四、中國與東南亞醫藥交流
明代，中國與東南亞的醫藥文化交流更加頻繁。公元1405～1433年，明朝派鄭和率船隊七下西洋，每次隨行醫官醫士180多人，還有善辨藥材的藥工，對各國貿易的藥材進行鑒定。他們帶去的中藥有人參、麝香等，受到沿途各國的歡迎；帶回的有犀角、羚羊角、阿魏、沒藥、丁香、木香、蘆薈、乳香、木鱉子等藥。婆羅，於永樂三、四年相繼派使入貢玳瑁、珍珠、降真香。渤泥國派使贈送大片龍腦、米龍腦，降真諸香藥。其後民間通商貿易輸入中國的龍腦、梅花腦、降真香、沉香、速香、檀香、丁香、肉豆蔻、犀角等。彭亨國(今馬來西亞東部曾多次派使向明朝贈送片腦、乳香、檀香、蘇木等。明成祖令鄭和兩次出使其國以禮回訪。
與印度尼西亞的醫藥交流：洪武間(1370～1378，三佛齊國王馬哈刺劄八刺卜、怛麻沙阿等先後六次遣使並送肉豆蔻、丁香、米腦，以及其它許多香藥。永樂七年(1409蘇門答臘老王鎖丹難阿必鎮率使臣來中國，居三年方回本國。此後兩國關係密切，該國不斷遣使入明、帶來的藥物有蘇木、丁香、木香、降真香、沉香、速香、龍涎香等。《大明會典》記載了爪哇輸入中國的藥材有犀角、肉豆蔻、白豆蔻等數十種。明代，廣東、福建一帶人有不少僑居印度尼西亞，帶去了中國醫藥文化。
《明文?暹羅傳》記載，暹羅(今泰國多次入貢的藥物有犀角、片腦、米腦、糖腦、腦油、腦紫、薔薇等數十種，其中洪武二十三年(1390僅蘇木、胡椒、降香即多達十七萬斤，暹羅的藥用酒類也引起了中國醫家的重視。