一、溫病學說的發展與成熟
溫病學說是中醫在漫長的歲月裡，沿著中醫理論體係的發展與外感發熱性、流行性疾病作鬥爭得來的中醫學寶庫中的瑰寶之一。
吳有性之後研究溫病的學者逐漸增多，戴北山之《廣瘟疫論》及喻嘉言、陳平伯之論溫以及餘師愚之論疫、周揚俊論溫熱暑疫等等。他們於溫熱的病因、症狀、治療等有一定認識，但在病機理論上仍未能統一。
溫病學說發展至清代已盛行於大江南北，葉天士、薛生白、吳鞠通、王孟英是溫病學派成熟階段的傑出代表，故有人稱他們為“溫病四大家”。
明清時期的溫病學家，多產生於以蘇州為中心的江蘇、浙江地區，主要與該地區當時經濟、文化、科學的發達，以及河流密集、交通便利、人口流動大，溫病流行頻繁等因素有密切關係。正是由於這時期溫病學家以及其他醫家對溫病的醫療實踐和理論上的發展，使溫病在理、法、方、藥上自成體係，形成了比較係統而完整的溫病學說，從而使溫病學成為獨立於傷寒的一門學科，它既補充傷寒學說的不足，又與傷寒學說互為羽翼，使中國醫學對外感熱病的理論、診斷與預防等，向著更加完善的方向繼續發展。
清代溫病學說的主要成就，可歸納為：
一確立了溫病的辨證論治體係
1、葉天士創立衛氣營血辨證。葉桂首先提出：“溫邪上受，首先犯肺，逆傳心包。肺主氣屬衛，心主血屬營”，“大凡看法，衛之後方言氣，營之後方言血。”明確指出了溫病的病因、病機、感邪途徑、發病部位，同時把溫病的整個病理過程，劃分為衛、氣、營、血四個不同階段，以此作為辨證論治綱領，揭示了溫病由衛到氣，自營入血，由表入裡，自淺入深發展變化的傳變規律以及它們之間獨特的表裡、內外、先後、深淺及順逆傳變的內在聯係，反映了臨床證候的動態規律，確立了在衛汗之可也，到氣才可清氣，入營猶可透熱轉氣，入血就恐耗血動血，直須涼血散血的一係列治則，確立了溫病各病變階段相應的治療大法，提出了“在表初用辛涼輕劑”、“或透風於勢外，或滲濕於熱下”，對邪氣“始終在氣分流連者”用戰汗透邪的方法，對氣病有不傳血分，而邪留三焦用分消上下的方法。“救陰不在血，而在津與汗，通陽不在溫，而在利小便”以及“務在先安未受邪之地”等獨特見解，從而建立了溫病的辨證論治體係，標誌著溫病學說至此已趨向成熟。葉天士在《臨證指南醫案》中有各種溫病的大量啟示，對後世溫病學的發展作出巨大的貢獻。
2、吳鞠通確立三焦辨證。吳鞠通廣泛汲取《傷寒論》、《溫疫論》、《臨證指南醫案》的成功經驗，融彙貫通，根據葉天士所說“河間溫熱，須究三焦”，提出“溫病自口鼻而入，鼻氣通於肺，口氣通於胃，肺病逆傳，則為心包。上焦病不治，則傳中焦脾與胃也。中焦病不治，傳下焦肝與腎也，始上焦，終下焦。”
三焦辨證並不排斥衛氣營血辨證。衛氣營血分辨表裡，三焦辨證分辨上下，一橫一縱，相互配合、補充，相得益彰，使溫病的辨證更加準確與具體化，益趨完善與成熟，成為溫病辨證論治體係的重要標誌。直至今日，這兩種辨證方法仍被廣大醫者結合運用於臨床。
二提出了溫病的獨特診斷方法
在溫病的診斷方麵，清代醫學家提出了許多獨持的方法，總結了豐富的臨證經驗，不僅對溫病辨證很有價值，對內傷雜病亦有不少貢獻，豐富和發展了中醫診斷學。
1、察舌觀察舌質、舌苔的變化，《廣溫疫論》提出積粉苔是瘋疫的重要標誌之一。《溫熱論》強調觀察舌質、舌苔的色澤和潤枯的變化，為辨彆病屬衛氣，或屬營血的重要依據。認為舌苔可分為白苔、黃苔、黑苔；舌質分為絳舌、紫舌、淡紅舌。提出凡溫熱傳營，舌質必絳。
2、驗齒驗齒作為溫病獨特的診斷方法，首倡於《溫熱論》。葉氏闡述了溫病驗齒的理論依據，並根據齒齦周圍的血色區彆陰陽，認為陽血屬邪實胃熱，陰血屬腎液虧損，一實一虛，故治法亦有重在祛邪和重在救陰之異。
《溫熱論》根據齒的枯潤、結辨的顏色齒垢的有無，以及有無齒痛、咬牙等表現來辨識溫病，通過驗齒來判斷熱邪的輕重、津液的存亡這一獨特的診法，是對溫病診斷學的一大補充和發揮。
3、辨疹斑疹是某些急性傳染病的特證。餘霖《疫疹一得》強調辨識斑疹應當注意形色兩個方麵，認為斑疹以鬆浮為吉，緊束為凶。斑疹之色以紅活溶潤，散布洋溢為佳境，而顏色深重，乾滯嬌豔，多是熱毒深重之象。葉氏於斑疹的辨識亦積累了豐富的經驗。凡斑疹初見。點大而在皮膚之上者為斑，雲頭隱隱，或瑣碎小粒者為疹。認為斑屬血分為多，疹屬氣分不少。
三確立了溫病的清熱養陰治則
在吳有性溫疫熱邪解後宜養陰忌投參術的思想影響下，清代對溫病的治療確立了清熱養陰的治則，其臨床運用更加豐富多彩，尤以葉天士、吳鞠通為代表；葉氏對溫病養陰和診治有很多創見，把養陰步驟分為甘寒養胃津、鹹寒滋腎之法。同時葉天士發揮了李東垣脾胃學說，立養胃陰一法，不但用於溫病，而且廣泛運用於治療某些虛勞、肝病、胃病、久嗽、血證等，亦收良效。吳由通繼承並發展了《傷寒論》清熱保津、瀉下存陰之法，提出了清絡、清營、清宮三法，吸收了吳有性對溫病內熱煩渴給服梨汁、藕汁、西瓜等經驗，吳鞠通從理法方藥方麵，全麵闡述了清熱養陰治則在溫病治療全過程中的重要意義及其臨床運用，製定了一係列養陰名方，為溫病的治療學、方劑學增添了新的內容。這些理論和方法，不但在外感熱性病中至今仍有重要指導意義，應用不衰，而且廣泛運用於內科雜病治療中亦取得很好的療效。
二、預防與保健
（一）人痘接種術的推廣與曆史意義
1、官方的重視與推廣：人痘接種術自發明以後，一直在民間秘密流傳，口傳心授，筆之於書甚少。當時安微寧國府太平縣(今黃山市為全國人痘接種中心，種痘師多半來此習得其術並購買痘苗。
清初滿族人入關之前，尚無天花。清兵入關，有一大批兵士遭受天花傳染，原因是北地寒冷，未受天花侵襲，他們多不具有免疫力。清朝的第一位皇帝福臨(順治，即是死於天花。這件事的直接後果是其子玄燁(康熙因未出痘而被隔離於紫禁城外，不能儘孝，乃成終天之恨。即位之後，當他知道有種人痘可預防天花時，馬上下詔征集種痘醫師，並加考選。江西的朱純嘏和陳瀅祥二人，於是成了皇家種痘師，不但為皇子孫種痘，而且赴蒙古科爾沁、鄂爾多斯等地治痘及為諸藩子女種痘，康熙皇帝為此特賜府宅和授官爵予朱純嘏。康熙皇帝在《庭訓格言》中對自己推廣種痘成績特彆滿意。
朱純嘏著《痘疹定論》無經受此激勵，到乾隆朝撰《禦纂醫宗金鑒》，作為國家欽定醫學教科書，第一次收入“幼科種痘心法要旨”一卷，這也充分表明了官方提倡和推廣的態度，亦使種痘法標準化了。
這種官方的推廣，至少使官宦大臣富有之家的兒童，普遍實行了種痘，但庶民貧寒階層未必儘能得益。經過數十年乃至百年的官方和民間醫生推廣，至此人痘之術，漸漸深入人心。民間種人痘之術，一直到本世紀上半葉還流行不殆。
2、人痘接種的技術改進
人痘接種在發明之時究竟所用何法，因乏資料，今不得而知。《張氏醫通》記載的有痘漿法、痘痂法、痘衣法，其中痘痂法又分旱苗、水苗兩種，故合計共四種方法，推測痘衣法為最原始粗糙一種，不過簡便易行，隻要將患天花小兒所穿內衣脫下，令未病小兒穿之即可造成一次傳染接種，但成功率較低；痘漿法或亦早期所曾施行，將患兒痘皰挑破，直取其漿接種，傳染既烈，且損患兒甚重，所以被斥為“不仁”。後來的事實，痘衣法尚間有之，痘漿法則基本杜絕。
水苗法可能是痘漿法改良而來。按照《醫宗金鑒》的描述，是將新棉攤成薄片，將痘癡研細調以淨水，裹於其中，然後塞入鼻孔，男左女右，係以紅線，免被吸入或咽下。六個時辰(12小時後取出。此一種法安全可靠，特彆是說“既種之後，小兒無受傷之處”。
水苗法又稱“塞鼻法”，旱苗法則另稱“吹鼻法”，較水苗法為晚起。《醫宗金鑒》雲：“旱苗種法，用銀管約長五、六寸，曲其頸，碾痘痂極細，納於管端，按男左女右，對準鼻孔吹入之”。此法可靠性不如水苗法，輕吹則不入，重吹則迅烈難當，涕多則苗隨涕去，因此還是“獨取水苗”。
苗種的選擇、保蓄、精煉，也是人痘成功與否的關鍵。所謂“丹苗”，即是最好的苗種，按照現代科學的意義，是人天花經過傳代培養保存的純種疫苗。鄭望頤《種痘方》中說：
“必要用種出之痘，發下之痂、謂之‘種苗’。……若其出天花之痂，謂之‘時苗’。”
“種苗”又稱“熟苗”。朱弈梁《種痘心法》中指出，此種“熟苗”是由“時苗”經傳代培養精練而得出的。
“若時苗能連種七次，精加選煉，即為熟苗。不可不知。”
“其苗傳種愈久，則藥力之提撥愈精，人工之選煉愈熟，火毒汰儘，精氣獨存，所以萬全而無患也。”
這一過程與現代醫學原理完全一致。活疫苗反複傳代培養，可以保留免疫抗原性而減低其毒力。唯現代疫苗製品是經動物傳代培養而不是在人體傳代。
收取苗種，要及時用紙包固，納小竹筒中，並塞其口，不令泄氣，或者貯於新磁瓶內，以物密複，置潔淨之所，清涼之處。依法藏蓄，春天可保存三四十日，夏天可保存二十餘日，冬天可保存四五十日。李約瑟博士進一步指出這樣的藏苗過程，還是一個減毒過程（李約瑟：中國與免疫學的起源，參見《中國藥學報》5：10，1983）。