澉浦之戰後，也有少量的元軍戰船往北逃竄，卻不料在長江口又遇見一支霹靂軍艦隊，這支艦隊乃是夏大根所率的東海艦隊。東海艦隊規模比南海艦隊稍小，隻有五十餘艘主力戰艦，但輕護艦和梭鏢魚等小型戰船數量卻超過南海艦隊。在接到樂全安大敗蒙元水師主力的情報後，早已整裝待發的東海艦隊從台北啟航了，目標直指扼守長江航道的焦山。就在不久前，元軍統帥阿術率真阿塔海、張弘範等將領，在此大破張世傑所率的數萬宋軍水師。正是在此戰中，元軍擊破了宋軍最後一絲自信。自此之後，原本以水師為傲的宋軍，也不敢在水上與元軍正麵交戰了。
焦山地於長江航道與大運河十字交彙處，往北可通過瓜洲到達揚州，並北上兩淮；往南可經鎮江沿運河直達臨安；向西不遠處便是真州，溯水而上可直抵建康府。焦山高居江邊，地形易守難攻，但麵積不大，元軍駐兵數量不過五百人。為了封鎖江麵，元軍又在周邊新築了大量防禦設施，並架設了投石機、弩炮和火炮。董文炳率蒙元水師主力南下後，阿術從上遊調來不少兵力，又命降將夏貴派來二千精銳水軍和二百艘戰船。加上原有的守軍，焦山周邊的元軍數量已達二萬餘人，包括二千蒙古騎兵、五千蒙古漢軍，主力是新投降不久的宋軍，其中水軍占了一半。
夏大根曾是霹靂軍最年經的水軍排長，對水戰並不陌生。虛心好學加上聰明過人，讓他在受命統帥東海艦隊之後，迅速進入了角色。作為開創流求事業的五人聯席會議成員之一，他在海軍係統也有著廣泛的人脈。跟隨在歐陽軒身邊的幾年時間內，培養了他平易近人的作風和遠闊的視野，在短短時間內便讓上下折服。與歐陽軒一樣，夏大根也喜歡與基層官兵打成一片，不僅參加日常訓練，也時常與官兵交心談心。久而久之，艦隊官兵皆親切稱呼這名年青的艦隊司令為大根哥，雖然他的年齡並不大，甚至比大部分士兵的年齡都小。
自海入江後，夏大根采納了艦隊參謀部的建議，派人將江麵上的船隻遠遠驅離。話說宋元兩軍已早已將兩岸的民用船隻搜刮大半，剩下的早已躲藏起來，那裡敢在江麵上活動。現在江上活動的民船，要麼與元軍有千絲萬縷的關係，要麼乾脆就是元軍戰船。霹靂軍之所以這樣做，並不是防止元軍偵察，而是防止元軍偽裝成漁船、商船等民用船，靠近後發動突然襲擊。霹靂軍戰艦再堅固，也無法經受敵人的火戰船和爆破船的攻擊。話說東海艦隊此次出動的大小戰艦也有三百餘艘，加上後續送輸陸戰團的運輸船，浩浩蕩蕩綿延數十裡，根本就無法避開兩岸的眼線。
此時的阿術已得到澉浦海戰大敗的消息，大駭之餘急令加強防備。在此之前，他也得到了關中之戰的消息。能將元軍水師主力一戰擊潰，證明霹靂軍艦隊實力比陸軍還恐怖。雖然知道勝算不大，但阿術仍然決定拚死一戰。如果焦山一失，霹靂軍可以順運河南下攻擊伯顏大軍的後方，又能北上奪占揚州，讓苟延殘喘的兩淮宋軍緩過氣來，還能逆江而上切斷元軍北退之路。為此阿術傳令各軍須得死戰到底，退後者斬立決。
阿術心中仍然報有取勝的希望。就在不久前，張世傑率數萬宋軍進攻焦山，其麾下舳艫蔽江，其中不乏船體高大的海船。宋軍以十舟為一方陣，皆在江中拋錨下碇，船與船之間用鐵索相連，形成了一個個水中堅城。針對此陣形，阿術挑選神射手一千人乘船向宋軍的兩翼射擊，自己則率大軍居中進攻，以火箭（箭鏃上束以油布，點燃射出）猛射宋軍。箭雨之下，宋軍戰船的帆檣布篷當即著火，霎時烈火熊熊煙焰蔽江。船上的宋軍欲戰不得，欲走不能，隻好跳入江中，淹死者不計其數。阿術認為，此戰能戰宋軍，除卻對手的失誤，更為關鍵是蒙元軍士英勇、箭術無雙。已方占據上遊，戰船輕快，一旦貼近對方的大海船進行火攻，未必不能取獲。
焦山之戰宋軍慘敗的教訓，也在提醒霹靂軍要防止元軍的火攻。長江水道十分寬闊，但挪騰避讓的空間終比不得大海。東海艦隊的主力戰艦雖然靈活，但終歸是為海戰設計的，一旦被貼身便很難受。而且霹靂軍戰艦不僅比宋軍海船更大，價格更昂貴，操作也更複雜，即便損失幾艘也會是不可彌補之痛。對於焦山之戰，夏大根決定以穩為先。為此他命梭鏢船在前，主力戰艦居中，輕護船在兩翼，用炮火將沿途的元軍防禦設施清除乾淨後，再徐徐溯水而上。
在東海艦隊前行的過程中，元軍不斷派出“水哨馬”前來偵察和騷擾，這種輕快戰船乘員隻有十餘人，十分適合江上活動。元軍的神箭手坐在這種船上，試圖衝入艦隊中間施發火箭，卻被梭鏢船遠遠攔截。元軍並不死心，又在岸邊蘆葦蕩中隱藏起來，試圖襲擊艦隊的兩翼，卻被輕護船上的火炮和水冷重機槍撕成了碎片。在損失了數十艘水哨馬之後，元軍終歸消停了下來。元軍在揚州、鎮江、真州等地水軍都集中到焦山，準備依托地形和岸上防禦工事，與霹靂軍艦隊決戰。阿術的想法是即便不能獲勝，也要儘量摧毀霹靂軍的戰艦，讓其無法獲得長江航道控製權。如果不能做到，也要拖慢其速度，給上遊的元軍爭取時間。
艦隊到達焦山之時臨近黃昏時分。夏大根不願浪費落日前的這半個時辰，當即下令炮擊焦山元軍。霹靂軍的戰艦停在元軍火炮射程之外，便是一通集火射擊。幾輪火炮之後，江中和岸邊的元軍防禦據點皆燃起大火。焦山堡的元軍也吃了幾百發炮彈，投石機、弩炮和火炮多被摧毀。守軍為了防備霹靂軍進攻炮火，在堡外新築了一排粗大的圓木柵欄，又將火炮和弩炮藏在土木工事之後。元軍的這些防備隻能說是聊勝於無。在戰艦重炮的轟擊之下，堡外的防禦工事土崩瓦解，堡中石木亂飛，投石機、弩炮化為齏粉，火炮被炸得零件散落，支離破碎。
眼見暮色沉沉，夏大根命令下錨駐泊，以待明日再戰。由於敵人近在呎尺，隨時可以發動夜戰和突襲，艦隊並沒有上岸紮營，而是在江上過夜。按照霹靂軍行軍打仗的慣例，戰爭期間要有三分之一士兵夜間值守，但實際上艦隊的士兵們隻有一半左右可以休息。這並非是夏大根過於苛刻，而是條件實在有限。由於軍艦空間十分寶貴，有限空間放置大炮後，要優先考慮儲彈藥、糧水艙室，即便是艦長的指揮艙也十分狹小。供水手們休息睡覺的僅僅是一張吊床，而且為了充分利用狹促的空間，這吊床還分為上中下三層。即便是如此窄小的吊床也不是每人一張，而是供未值守的士兵輪流使用。
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