通州之戰的結果讓元廷震動。如果說三萬精銳騎兵敗於二萬五千霹靂軍步兵還能勉強接受，那麼雙方之間的戰損比卻遠超出元軍的想像。此戰中，元軍共損失一萬餘匹戰馬和三千餘名騎兵——包括佯攻通州損失的騎兵，而霹靂軍的損失稱得上是微乎其微，隻損失不到五百人馬。霹靂軍的步兵並沒有損失，因為蒙軍騎兵甚至沒有衝進箭程以內。傷亡的人馬皆是第一師騎兵，在他們的攔截下，突襲通州城的元軍騎兵無功而返。當聽到這個傷亡比例時，元廷高官皆沉默不語。更重要是，此戰是號稱戰神的兀良合台指揮的，如果是其他將領率軍前往通州，結果隻會更慘。
聯想到關中、澉浦、焦山、江陵和鄂州之戰，霹靂軍也是以極小的代價獲得大勝，想到嚴忠範、宗王禿哥、董文炳等人一戰身死，元廷高官們便不寒而栗。他們知道，即便阿術、塔出、博羅歡和安童的援軍到達大都，即便大都城齊聚二十萬精銳，也隻能短暫守住大都。曹軒所部主力已進抵朔州，兵鋒直指大同府，以真金麾下的兵力難以抵擋其攻勢，第一軍的另一路已經井陘越過太行山，與昝萬壽第二軍的一部在真定路彙合，距大都不過六百裡的距離。在歐陽軒口中，真定路還有一個名字——石家莊。三路合圍之下，大都斷然守不住。
糧草匱乏也是大都難以堅守的原因。為了支撐攻宋大軍的後勤，蒙元政權將諸行省的糧草搜刮一空，儘皆送往襄陽、鄂州、建康、澉浦等地，這些後勤物資很大部分又被霹靂軍繳獲。大都作為帝國都城雖然存糧頗豐，但為了應對霹靂軍的進攻，元廷從急征調來十餘萬軍隊，使得糧草一下緊張起來。一匹戰馬的消耗相當於五個人，而元軍騎兵多是一人兩馬或三馬，僅戰馬所需就就相當於百萬人。大都城中糧食雖多，但也供應不起如此龐大的消耗。
實際上糧草匱乏不僅是大都麵臨的問題，真金來信中也稱糧草不足是大同府難以堅守的重要原因。蒙元治下的幾大產糧區中，關中和河中被霹靂軍控製，山東路的餘糧都經兩淮送往前線，眼下唯有河北路可以征糧，但在霹靂軍的騎兵截擊之下，這個任務顯然難以完成。蒙元政權現在控製的大江南土地十分富饒，可以做到一年二熟或三熟，故征宋大軍不缺糧食，也有不少餘糧。可現在長江航道和海路被霹靂軍徹底控製，伯顏想率軍北返已是不可能，更遑論要運糧回來。
躺在病床上的忽必烈頹然無語。他眼下真正明白了歐陽軒的腹黑——驅虎吞狼，坐收漁利。霹靂軍明明有滅宋或蒙元的實力，卻一直隱忍不發。他們對於元軍滅宋裝著一副事不關已的姿態，卻趁伯顏主力南渡之後以雷霆之勢出擊關中，又突然出動海軍擊滅元軍水師，徹底控製長江航道和海路，再派兵登陸直撲大都，將自己逐出中原。歐陽軒分明是要借自己之手滅掉趙宋，以免背同室操戈的罵名。在此之後霹靂軍還想驅趕自己向西，與察合台、窩闊台乃至欽察汗國惡鬥，充作其攻城掠地的馬前卒。
雖然看清了霹靂軍的謀略，蒙元政權卻找不到應對辦法。在雙方實力差距過大的情況下，這是一個無解的問題。如果堅守北方漢地，結果便是逐城逐地被攻陷，落得如同金人一樣身死國滅，皇族被屠戮待儘的下場。待霹靂軍掃平北方漢地之後，自然會騰出手來對付江南的幾十萬元軍。伯顏謀略再強，也難以抵擋霹靂軍的進攻，更何況江南不少地區仍忠於福建的趙宋小朝廷，更有不少州縣已經公開依附霹靂軍。
元廷中的蒙古貴族已經傾向於兀良合台的意見，即退回世世代代生活的草原以待時機，就像曾經的匈奴、鮮卑、柔然、突厥人一樣，而且要儘早退回。留在漢地時間越久，兵力消耗的越多，如果虛弱不堪時再退往草原，會被其他勢力所吞並。按照草原上的傳統，失敗者將會被處死甚至滅族。既便同為黃金家族的海都饒過了他們，草原上的其他勢力也會乘機滅了他們。更何況海都根本不會放過他們。在窩闊台、察合台和欽察汗國的蒙古貴族看來，背叛了蒙古傳統的蒙元貴族比其他敵人更可恨。
元廷中的色目官僚和漢人世侯都不想退到草原之上，卻也有了北退之心。以阿合馬為首的色目官僚極其愛財，草原上那些窮苦的牧民又臭又硬，根本搜刮不到油水，還會惹滿一身腥膻味，自然舍不得離開富饒的漢地。可他們敲骨吸髓的壓榨，逼得大量百姓家破人亡，留在漢地，霹靂軍肯定不會放過他們。漢人世侯更不想前往草原，他們世居在此，契丹人來了效忠契丹，金人來了效忠金人，蒙古人來了效忠蒙古，政權更迭並不影響其榮華富貴。霹靂軍極其痛恨漢奸，也絕不會輕饒他們。兩害相權取其輕，比起草原上的苦寒之罪，還是小命更要緊。
雖然有了退往草原之心，但蒙元朝廷卻不甘心就此退去，他們要爭取最大的籌碼。忽必烈派了最信任的漢臣姚樞前往通州，向霹靂軍提出了和議條件。第一是霹靂軍立即退兵，不僅要退出通州，而且要退出河北之地。第二是元軍可以撤出大都城，但須在金秋十月為真金太子舉行登基大典之後。忽必烈眼下重病在身，深知自己時日無多，怕身死之後諸王子爭位，決定提前讓出皇位。第三是要求霹靂軍開放通道，讓兩淮元軍和伯顏的征宋大軍北返。第四是兩國以燕雲十六州為界，霹靂軍據漢地，元軍仍據有漠南及遼東，雙方互不侵犯。第五是雙方開展互市貿易，元軍用毛皮、牛羊交換糧食、鐵器和火器。第六是雙方和親，忽必烈將十四歲的月烈公主嫁給歐陽軒。
茲事體大，吳青根本不敢擅自做主，但他仍當場否決了蒙元的第一項和議條件。霹靂軍絕不可能退出通州，更不要說退出河北之地。當然他也沒有繼續向大都城進發，而是命令以通州城為中心建立營壘。對於元軍的其他和議條件，吳青命人詳細記錄下來，連回忽必烈的信件一同送往揚州。歐陽軒曾告訴前線將領，蒙元方麵要傳達的信息可通過信件，而不必由其使臣前來。這並不是怕元使刺探情報，而是怕路途遙遠，一來一回太誤時間。霹靂軍控製長江航道的後，歐陽軒隨即率總參謀部前往揚州，並將大本營設在此城，以方便指揮戰事。
吳青之所以沒有繼續向大都進軍，一方麵是歐陽軒曾告訴過他，戰事要服務於政治的需要，元軍有服軟求和意願時，不可將之逼得太急。至於有人擔心元廷以和議為借口的緩兵之計，歐陽軒並不以為然。在絕對的實力麵前，任何計謀都是可笑的。另一方麵他也是擔心後勤補給跟不上，因為後方的濟州島和小流求發生變故了。
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